Vitenskapsåret 1699 er en oversikt over hendelser, prisvinnere, fødte og avdøde personer med tilknytning til vitenskap i 1699.

• Den engelske legen Edward Tyson utgir Orang-Outang, sive Homo Sylvestris: or, the Anatomy of a Pygmie Compared with that of a Monkey, an Ape, and a Man, et pionerverk innen sammenlignede anatomi.

• 26. juli – William Dampiers ekspedisjon til Ny Holland (Australia) i HMS Roebuck når Dirk Hartog-øya ved munningen på det han kalte Shark Bay i Vest-Australia og begynte å lage den første kjente detaljerte nedtegningen av Australias flora og fauna.^[1]
• (ca. 1699) Isaac Newton utvikler en oktant.

• Abraham Sharp beregner π med 72 sifre ved hjelp av arctan-sekvens (selv om bare 71 er korrekte).

• Edward Lhuyd utarbeider den første utgitte vitenskapelige avhandling om det som nå er kjent som en dinosaur, beskriver og navngir en sauropod tann, "Rutellum implicatum" funnet i Caswell, nær Witney, Oxfordshire, England.^[2][3][4]

• 23. mars – John Bartram, naturforsker og oppdager ansett å være «grunnleggeren av amerikansk botanikk» (død 1777)
• 17. august – Bernard de Jussieu, fransk botaniker (død 1777)
• 12. september – John Martyn, engelsk botaniker (død 1768)

• 21. mars – Erhard Weigel, tysk matematiker og en som populariserte vitenskap (født 1625)
• 18. november - Pierre Pomet, fransk farmasøyt (født 1658)