Vitenskapsåret 1689 er en oversikt over hendelser, prisvinnere, fødte og avdøde personer med tilknytning til vitenskap i 1689.

• Utgivelsen av den første astronomiske bok i Japan, «Tenmon Zukai» (天文圖解) av Tsunenori (eller Jōhan) Iguchi i Osaka.

• Johann Weikhard von Valvasor, en pioner innen studier av karst i Slovenia (og medlem av Royal Society i London) introduserer ordet karst for å beskriver landformen med underjordiske elver i beretningen hans om Cerknicasjøen.^[1]

• Jakob Bernoulli utvikler integralregning, introduserer uendelige rekker og Store talls lov, publisert i Acta Eruditorum, Leipzig.

• Denis Papin finner opp sentrifugalpumpen.
• Hans Sloane utvikler en melkesjokolade-drikk på Jamaica.
• 25. september − USAs første avis, «Publick Occurrences Both Forreign & Domestick», blir utgitt i Massachusetts.
• Den eldste kjente baklader rifle i England blir produsert.

• Pierre Magnol får utgitt verket «Prodromus historiae generalis plantarum, in quo familiae plantarum per tabulas disponuntur» ("Forstadier til en generell plantehistorie, hvor plantefamiliene er plassert i tabeller") i Montpellier, den første eksempel på en naturlig klassifikasjon av plantefamilier basert på morfologiske karakteristikker.^[2]

• Walter Harris får utgitt læreboken «De Morbis Acutis Infantum» (Om akutte sykdommer hos barn) i London; den forblir et standardverk om pediatri i neste århundre.^[3]

• Isaac Newton blir medlem av Det engelske parlamentet.

• ca. 16. oktober – Robert Smith (død 1768), engelsk matematiker og musikkteoretiker.

• 29. desember – Thomas Sydenham (født 1624), engelsk lege.