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果子貍SARS冠狀病毒

果子貍SARS冠狀病毒
病毒分類 编辑
（未分级）： 病毒 Virus
域： 核糖病毒域 Riboviria
界： 正核糖病毒界 Orthornavirae
门： 小核糖病毒门 Pisuviricota
纲： 小南嵌套病毒纲 Pisoniviricetes
目： 套式病毒目 Nidovirales
科： 冠状病毒科 Coronaviridae
属： 乙型冠狀病毒屬 Betacoronavirus
亚属： SARS乙型冠状病毒亚属 Sarbecovirus
种：
嚴重急性呼吸系統綜合症相關冠狀病毒
Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus
毒株：
果子貍SARS冠狀病毒 Civet SARS-CoV

果子貍SARS冠狀病毒（Civet SARS-CoV[1]）是感染果子貍的嚴重急性呼吸系統綜合症相關冠狀病毒（SARSr-CoV），與感染人類、造成2002年至2003年SARS事件的严重急性呼吸道综合征冠状病毒（SARS-CoV）高度相似，基因組序列相似度約99.8%。由於疫情初期染病的幾名病人都曾在市場中與果子貍接觸，果子貍可能是人類SARS冠狀病毒的直接來源；2003年底中國廣州又有四人染疫，經序列分析發現與果子貍的病毒相似度達99.9%，亦為SARS冠狀病毒由果子貍傳染給人的案例。

後續研究普查中國各地飼養的果子貍，除少數個案外均沒有發現SARS相關病毒，顯示果子貍可能並非SARS冠狀病毒的自然宿主，僅是促使病毒從自然宿主（蝙蝠）散播至人類的中間宿主[2]。果子貍SARS冠狀病毒雖與人類SARS冠狀病毒高度相似，但刺突蛋白的受體結合結構域（RBD）中有少數位點差異，編碼輔助蛋白的ORF8也比人類病毒多出了一段長29nt的序列，病毒跨越物種障礙感染人類時在這些區域發生變異，可能與適應新的宿主環境有關。

發現

果子貍

SARS事件爆發後，研究人員檢測中國廣東深圳市場中販售的野生動物，發現果子貍、貉與鼬獾帶有SARS冠狀病毒，並從果子貍的鼻腔樣本得到了SZ3與SZ16兩個完整的SARS冠狀病毒基因組序列，與人類SARS冠狀病毒Tor2的序列相似度為99.8%[3]，且對常接觸果子貍的市場工作人員進行的血清試驗結果發現他們帶有SARS抗體的比率高於一般人群，顯示果子貍可能是SARS冠狀病毒的直接來源[4]。2003年5月，為控制疫情，廣東市場中的果子貍遭到撲殺，直到8月底禁令解除後才重新上架販賣[5]。

2003年12月，在世界衛生組織宣布SARS疫情已受控制的半年後，廣州又爆發新一波疫情，有四人被感染，當地市場與餐廳中販售的果子貍也檢測出SARS冠狀病毒（Civet007、Civet010、Civet014、Civet019、Civet020），其序列與兩名病人（餐廳的服務生與顧客）的SARS冠狀病毒序列相似度為99.9%，顯示感染這四人的病毒並非2002年至2003年疫情的人類病毒，而是來自果子貍，為果子貍SARS冠狀病毒再度感染人類的案例[6][7]。因疫情再起，廣州市場中的果子貍再次因防疫而遭到撲殺[5]。

2004年底有研究人員調查廣東、湖南與河南農場中的果子狸，僅在廣東汕尾一座農場中發現有部分個體具有SARS冠狀病毒的抗體（表示曾接觸病毒）[8]。隔年有研究普查了超過1000隻中國12個省份飼養的果子貍[5]，另有研究調查香港的野生果子貍[9]，皆沒有發現任何個體感染SARS冠狀病毒[註 1]，前者調查的對象包括河南一處供貨給廣州市場的果子狸農場，在市場中果子貍檢測均為陽性，但河南農場中所有個體均為陰性，顯示果子貍應是在市場才被感染[5]。此外在實驗室中以人類SARS冠狀病毒感染果子貍後可見其出現典型臨床症狀，這些研究顯示果子貍雖可能是人類SARS冠狀病毒的來源，但應不是其自然宿主，而僅是加速病毒從自然宿主散播至人類的中間宿主，其本身也是被別種動物感染才帶有病毒[2]。

與人類SARS冠狀病毒的差異

果子貍SARS冠狀病毒與人類SARS冠狀病毒的基因組序列高度相似，差異之處包括編碼輔助蛋白的ORF8中一段長29個鹼基的插入序列，以及刺突蛋白和宿主細胞受體ACE2結合的受體結合結構域（RBD）少數位點的差異[12]。

受體結合結構域

有研究顯示2002年至2003年SARS事件中的人類SARS冠狀病毒（TOR2）、2003年底廣州再次出現的人類SARS冠狀病毒與果子貍SARS冠狀病毒之刺突蛋白（S）中的受體結合結構域（RBD）皆可有效率地與果子貍細胞表面的ACE2受體結合，但三者中僅TOR2可結合人類的ACE2[13]。果子貍作為SARS冠狀病毒的中間宿主，可能提供其逐漸變異的環境，大多數果子貍SARS冠狀病毒刺突蛋白的第479個胺基酸為離胺酸，人類SARS冠狀病毒的這個位點則為天門冬醯胺或絲胺酸，人類的ACE2無法與此位點的離胺酸結合，但果子貍的ACE2可結合離胺酸或天門冬醯胺，因此果子貍病毒可能是SARS從自然宿主傳播給人類的過程中重要的中間型態；另外刺突蛋白的第487個胺基酸在2002年至2003年的病例中均為蘇胺酸，在2003年底的病例以及絕大多數果子貍冠狀病毒中則為絲胺酸，後者與人類ACE2的結合力比前者低了約20倍，僅有一個果子貍病毒的序列在此位點為蘇胺酸，且該序列刺突蛋白的第479個胺基酸為天門冬醯胺，這種少見的胺基酸組合可能對適應人體環境、造成有效率的傳染相當重要[13][12]。

ORF8

果子貍SARS冠狀病毒在編碼輔助蛋白的ORF8序列中有一段長29nt的插入序列[註 3]，人類SARS冠狀病毒則僅有5個疫情初期病例（GZ02、HGZ8L1-A、HSZ-A、HSZ-B與HSZ-C[6]）[註 2]體內的病毒具有此插入序列，絕大多數皆無[2]。人類SARS冠狀病毒的ORF8因為此29nt的缺失而被分成8a與8b兩個較小的開放閱讀框，ORF8序列的改變可能與SARS冠狀病毒跨越物種障礙、對人體環境的適應有關[14]。

來源

2005年起，許多研究陸續顯示中華菊頭蝠、馬鐵菊頭蝠等多種蝙蝠體內帶有SARS相關病毒，故蝙蝠可能才是SARS冠狀病毒的自然宿主，經由果子貍間接將病毒傳給人類[2][15]。2017年，有學者提出果子貍SARS冠狀病毒的來源可能是WIV16病毒與Rf4092病毒株發生基因重組而形成的病毒株[14][16]，前者是迄今發現與人類/果子貍的SARS冠狀病毒基因組序列相似度最高的中華菊頭蝠病毒株，但在ORF8的相似度不高[17]；後者則是ORF8與人類/果子貍SARS冠狀病毒高度相似（僅有10個鹼基不同）的馬鐵菊頭蝠病毒株[16]。

演化樹

截至2021年1月 (2021-01)，SARS-CoV與相關病毒株的系統發生樹：

 
 

16BO133 與SARS-COV相似度82.8 % · 马铁菊头蝠 · 韓國全羅北道 （2016年採集、2019年發表）[18]

 
 
 
 

Rf1 87.8 % · 马铁菊头蝠 · 中國湖北宜昌 （2004年採集、2005年發表）[15]

 
 

BtCoV HKU3 87.9 % · 中华菊头蝠 · 香港、中國廣東 （2004年採集、2005年發表、2010年又發表若干新病毒株）[2]

 
 
 
 

LYRa11 90.9 % · 中菊头蝠 · 中國雲南保山 （2011年採集、2014年發表）[19]

 
 
 

Rp3 92.6 % · 皮氏菊头蝠 · 中國廣西南寧 （2004年採集、2005年發表）[15]

 
 
 

SL-CoV YNLF_31C 93.5 % · 马铁菊头蝠 · 中國雲南禄丰 （2013年採集、2015年發表）[20]

 
 

SL-CoV YNLF_34C 93.5 % · 马铁菊头蝠 · 中國雲南禄丰 （2013年採集、2015年發表）[20]

 
 
 
 
 
 

SHC014 95.4 % · 中華菊頭蝠 · 中國雲南昆明 （2011年採集、2013年發表）[21]

 
 

WIV1 95.6 % · 中华菊头蝠 · 中國雲南昆明 （2012年採集、2013年發表）[21]

 
 
 

WIV16 96.0 % · 中华菊头蝠 · 中國雲南昆明 （2013年採集、2016年發表）[17]

 
 
 
 

果子貍SARS冠狀病毒 99.8 % · 果子狸 · 中國廣東[2]

 
 

SARS-CoV 100 %

 
 
 
 
 
 
 
 

SARS-CoV-2 79 %

 
  蝙蝠病毒
  果子狸病毒
  人類病毒


註腳

  1. ^ 中國科學院武漢病毒研究所的研究人員在湖北養殖的果子貍中發現SARS冠狀病毒，為在市場以外的果子貍中發現SARS冠狀病毒的極少數個案[10][11]。
  2. ^ 2.0 2.1 另外有4個初期病例在ORF8有一段長82nt的序列缺失[10]。
  3. ^ 湖北養殖的果子貍中發現的病毒為唯一例外，該病毒株的ORF8有一段長82nt的缺失，與4個疫情初期病例[註 2]中的人類SARS冠狀病毒相同[10]。

參考文獻

  1. ^ Civet SARS CoV 007/2004. Uniprot. [2021-01-27]. （原始内容存档于2021-02-16）. 
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甲型冠狀病毒屬
（α-CoV）
甲型冠狀病毒1型
甲型冠狀病毒2型
雪貂冠狀病毒（FRECV · FRSCV） · 水鼬冠狀病毒（MCoV）
229E病毒
人類冠狀病毒229E（HCoV-229E） · 羊駝冠狀病毒（ACoV） · 單峰駱駝229E樣冠狀病毒 · 蝙蝠229E樣冠狀病毒
NL63病毒
人類冠狀病毒NL63（HCoV-NL63） · NL63相關蝙蝠冠狀病毒（英语：NL63-related bat coronavirus strain BtKYNL63-9b）
長翼蝠冠狀病毒HKU8（Bat-CoV HKU8） · 長翼蝠冠狀病毒1型（Bat-CoV 1A/1B） · 褐扁顱蝠冠狀病毒HKU33（Tr-BatCoV HKU33）
蝙蝠冠狀病毒HKU10（Bat-CoV HKU10） · 马铁菊头蝠甲型冠状病毒HuB-2013（英语：Rhinolophus ferrumequinum alphacoronavirus HuB-2013） · 中華菊頭蝠冠狀病毒HKU32（Rs-BatCoV HKU32） · 蝙蝠冠狀病毒CDPHE15（BatCoV CDPHE15） · 高頭蝠冠狀病毒512（Sc-BatCoV-512） · 猪流行性腹泻病毒（PEDV）
其他
鼩鼱冠狀病毒T14（Sa-CoV T14） · 文成鼩鼱病毒（WESV） · 鹿城褐家鼠冠状病毒（LRNV）
乙型冠狀病毒屬
（β-CoV）
Embecovirus（英语：Embecovirus）
（支系A）
乙型冠狀病毒1型（β1CoV）
牛冠狀病毒（BCoV） · 人類冠狀病毒OC43（HCoV-OC43） · 馬冠狀病毒（ECoV） · 豬凝血性腦脊髓炎病毒（PHEV） · 犬呼吸道冠狀病毒（CRCoV）
兔冠狀病毒HKU14（RbCoV HKU14） · 黃鼠冠狀病毒HKU24（ChRCoV HKU24） · 龍泉黑線姬鼠冠狀病毒（LAMV）
鼠冠狀病毒（M-CoV）
鼠肝炎病毒（MHV） · 大鼠冠狀病毒（RCoV）（大鼠涎淚腺炎病毒SDAV · 帕克RCoV）
人類冠狀病毒HKU1（HCoV-HKU1） · 龍泉羅賽鼠冠狀病毒（LRLV）
Merbecovirus（英语：Merbecovirus）
（支系C）
刺蝟冠狀病毒（EriCoV） · 東北刺蝟冠狀病毒HKU31（Ea-HedCoV HKU31） · 扁颅蝠冠状病毒HKU4（Bat-CoV HKU4） · 伏翼蝠冠状病毒HKU5（Bat-CoV HKU5） · 中東呼吸綜合症冠狀病毒（MERS-CoV） · 祖魯棕蝠冠狀病毒（NeoCoV） · 灰伏翼冠狀病毒HKU25（Hp-BatCoV HKU25）
Nobecovirus（英语：Nobecovirus）（支系D）
果蝠冠状病毒GCCDC1（Ro-BatCoV GCCDC1） · 果蝠冠状病毒HKU9（Ro-BatCoV HKU9）
Hibecovirus（英语：Hibecovirus）                            
普氏蹄蝠冠狀病毒ZJ013（BtHp-BetaCoV/ZJ2013）
Sarbecovirus（支系B）                            
SARS-CoV-1 · SARS-CoV-2 · 变种 · 蝙蝠SARSr-CoV（詳见Template:SARSr-CoV）
丙型冠状病毒属
（γ-CoV）
Cegacovirus
鯨豚冠狀病毒（白鯨冠狀病毒SW1 · 瓶鼻海豚冠狀病毒HKU22）
Brangacovirus（英语：Brangacovirus）
Igacovirus（英语：Igacovirus）
禽冠狀病毒（傳染性支氣管炎病毒） · 禽冠狀病毒9203（火雞冠狀病毒）
丁型冠狀病毒屬
（δ-CoV）
鵯冠狀病毒HKU11（BuCoV HKU11） · 鶇冠狀病毒HKU12（ThCoV HKU12） · 文鳥冠狀病毒HKU13（英语：Munia coronavirus HKU13）（MuCoV HKU13） · 猪丁型冠状病毒（PdCV） · 繡眼冠狀病毒HKU16（英语：White-eye coronavirus HKU16）（WeCoV HKU16） · 麻雀冠狀病毒HKU17（SpCoV HKU17） · 鵲鴝冠狀病毒HKU18（MRCoV HKU18） · 夜鷺冠狀病毒HKU19 · 鴨冠狀病毒HKU20（WiCoV HKU20） · 紅冠水雞冠狀病毒HKU21（英语：Common moorhen coronavirus HKU21）（CMCoV HKU21） · 隼冠狀病毒HKU27（FalCoV UAE-HKU27） · 翎頜鴇冠狀病毒HKU28（HouCoV UAE-HKU28） · 鴿冠狀病毒HKU29（PiCoV UAE-HKU29） · 鵪鶉冠狀病毒HKU30（QuaCoV UAE-HKU30）
 
SARSr-CoV
SARS-CoV-1相關病毒
人類病毒
蝙蝠病毒
HKU3 · Rm1 · Rf1 · Rp3 · Rs672 · SHC014 · WIV1 · LYRa11 · YNLF 31C · YNLF 34C · WIV16 · 16BO133
其他
SARS-CoV-2相關病毒
人類病毒
變異株
需要关注的变异株（英语：SARS-CoV-2 variant of concern）（VOC）
Omicron（B.1.1.529）
子谱系：BA.1、BA.1.1、BA.2、BA.2.10.1、BA.2.12、BA.2.12.1、BA.2.75、BA.2.75.2、BA.2.86、BA.3、BA.4、BA.5、BA.5.2.1、BF.7、BQ.1、BQ.1.1、CH.1.1、EG.5、EG.5.1、JN.1、XBB、XBB.1、XBB.1.5、XBB.1.9.2、XBB.1.16、XBF、XE（西班牙语：Variante XE del SARS-CoV-2）
原需要关注的变异株
Alpha（B.1.1.7）（带E484K版本）（書面挪威語：Lineage B.1.1.7 with E484K） · Beta（B.1.351） · Gamma（P.1） · Delta（B.1.617.2）
原需要留意的变异株（阿拉伯语：متحور مثير للاهتمام）（VOI）
及监视下的变异株（阿拉伯语：متحور قيد المراقبة）（VUM）
Zeta（英语：SARS-CoV-2 Zeta variant）（P.2） · Theta（英语：SARS-CoV-2 Theta variant）（P.3） · Epsilon（英语：SARS-CoV-2 Epsilon variant）（B.1.427、B.1.429（書面挪威語：Lineage B.1.429）、CAL.20C） · Kappa（B.1.617.1） · Iota（英语：SARS-CoV-2 Iota variant）（B.1.526） · Eta（英语：SARS-CoV-2 Eta variant）（B.1.525） · Lambda（C.37） · Mu（B.1.621）
曾監視的變異株（FMV）
AV.1 · AT.1 · R.1（西班牙语：Variante R.1 del SARS-CoV-2） · B.1.466.2 · B.1.1.519 · C.36.3 · B.1.214.2 · B.1.1.523（西班牙语：B.1.1.523） · B.1.619 · B.1.620（書面挪威語：Lineage B.1.620） · B.1.1.318（書面挪威語：Lineage B.1.1.318）/AZ.5 · C.1.2（他加禄语：SARS-CoV-2 Lineage C.1.2） · B.1.630 · B.1.640 · XD
其他变种
B.1.1.207（書面挪威語：Lineage B.1.1.207） · B.1.1.317 · B.1.616（書面挪威語：Den bretonske koronavarianten） · B.1.618（書面挪威語：Lineage B.1.618） · B.1.640.2（德语：B.1.640.2） · Deltacron（書面挪威語：«Deltacron»） · XF · Cluster 5（英语：Cluster 5）（已消亡）
错义突变
del 69-70 · RSYLTPGD246-253N · N440K · G446V · L452R（書面挪威語：Mutasjon L452R） · Y453F · S477G/N · E484Q（書面挪威語：Mutasjon E484Q） · E484K（書面挪威語：Mutasjon E484K） · F490S · N501Y（書面挪威語：Mutasjon N501Y） · N501S · D614G（書面挪威語：Mutasjon D614G） · Q677P/H · P681H（書面挪威語：Mutasjon P681H） · P681R（書面挪威語：Mutasjon P681R） · A701V（書面挪威語：Mutasjon A701B og mutasjon A701V）
蝙蝠病毒
RaTG13 · RmYN02 · RacCS203（英语：RacCS203） · RshSTT182 · RshSTT200 · ZC45 · ZXC21 · Rc-o319
其他
穿山甲冠狀病毒（GD · GX · Pangolin-CoV-2020）
其他
相關病毒
Ghana348相關 · HKU9 · BtKY18樣 · BtHp-BetaCoV/ZJ2013

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果子貍SARS冠狀病毒
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