De marathon van Praag 2003 werd gelopen op zondag 18 mei 2003. Het was de negende editie van deze marathon.

De Keniaan Willy Cheruiyot zegevierde bij de mannen in 2:11.56. Zijn landgenote Anne Jelagat kwam bij de vrouwen als eerste over de finish in 2:31.10.

Deze editie was eveneens het toneel van de Tsjechische kampioenschappen. Deze titels werden gewonnen door respectievelijk Jan Bláha (achtste in 2:22.21) en Ivana Martincova (zesde in 2:50.42).

In totaal finishten 2602 marathonlopers, waarvan 291 vrouwen.

rang	naam	land	tijd
1	Willy Cheruiyot	KEN	2:11.56
2	Paul Kanda	KEN	2:12.18
3	Habtamu Bekele	ETH	2:14.10
4	David Maiyo	KEN	2:15.18
5	Ayele Setegne	ISR	2:15.53
6	Simon Maiyo	KEN	2:19.09
7	Johannes Kekana	RSA	2:21.57
8	Jan Bláha	CZE	2:22.21
9	Dov Kremer	ISR	2:24.27
10	Joseph Sitienei	KEN	2:24.27
11	Pavel Kryska	CZE	2:24.52
12	Kennedy Momanyi	KEN	2:27.09
17	Joseph Cheromei	KEN	2:31.08
20	Mulugeta Serbessa	ETH	2:33.23

rang	naam	land	tijd
1	Anne Jelagat	KEN	2:31.10
2	Alice Chelangat	KEN	2:31.25
3	Abeba Tolla	ETH	2:37.20
4	Milka Mikhaylova	BUL	2:42.40
5	Maria Bak	GER	2:47.47
6	Ivana Martincova	CZE	2:50.42
7	Radka Churanova	CZE	2:53.55
8	Gabriela Benko	HUN	2:59.07
9	Milena Prochazkova	CZE	3:02.32
10	Vivienne Conneely	IRL	3:05.41