De marathon van Praag 1996 werd gelopen op zondag 19 mei 1996. Het was de tweede editie van de marathon van Praag. De Keniaan William Musyoki passeerde bij de mannen als eerste de finish in 2:12.21. De Wit-Russische Elena Vinitskaya won de wedstrijd bij de vrouwen in 2:37.33.

rang	naam	land	tijd
1	William Musyoki	KEN	2:12.21
2	Tena Negere	ETH	2:12.27
3	Česlovas Kundrotas	LTU	2:13.49
4	Jacob Ngunzu	KEN	2:14.55
5	Piotr Sekowski	POL	2:15.21
6	Simon Mrashani	TAN	2:16.00
7	Ambrose Makau	KEN	2:16.04
8	Igor Izyumov	RUS	2:16.29
9	Jose Maria Gonzales	ESP	2:16.32
10	Andrzej Krzyscin	POL	2:16.36
11	John Musila	KEN	2:17.24
12	Ivan Uvizl	CZE	2:18.09
13	Uilia Dossantos	BRA	2:18.41
14	Lubos Cesnek	SVK	2:18.49
15	Pavel Kryska	CZE	2:19.13
16	Joel Mutisya	KEN	2:19.15
17	Wojciech Wieckowski	POL	2:19.37
18	Isaac Kipchirchir	KEN	2:19.45
23	Zoltan Holba	HUN	2:21.13

rang	naam	land	tijd
1	Elena Vinitskaya	BLR	2:37.33
2	Malgorzata Birbach	POL	2:38.00
3	Elena Plastinina	UKR	2:38.16
4	Mellen Munyoro	KEN	2:38.19
5	Elena Tsukhlo	BLR	2:38.23
6	Svetlana Tkach	MDA	2:38.51
7	Alla Zadorozhnaya	BLR	2:40.38
8	Tatyana Bon'ko	RUS	2:41.02
9	Halina Karnatevicz	BLR	2:43.29
10	Marzanna Helbik	POL	2:44.40
11	Vera Sukhova	RUS	2:46.52
12	Fabiola Oppliger	SUI	2:47.37
13	Fabiola Paoletti	ITA	2:52.25