Fajtovačka pećina se nalazi u naselju Fajtovci u općini Sanski Most, Bosna i Hercegovina. Pećina se nalazi na desnoj strani rijeke Blihe iznad vodopada.

Pećina je formirana u jurskim krečnjacima i njeno stvaranje predisponirano je međuslojnom pukotinom na kojoj je nastala današnja velika urušena dvorana. Pored međuslojne pukotine formiranju su doprinijele i pukotine sa pravcem pružanja od sjeveroistoka prema jugozapadu i u manjoj mjeri ona sa pravcem pružanja od istoka prema zapadu.^[1]

Fajtovačka pećina ima jednu prostoriju čije su dimenzije: dužina oko 40 m, širina oko 25 m i visina oko 30 m. Povezana je sa hodnikom dužine oko 30 metara i visinom koja se povećava od 1 m na ulazu do 4 metra na mjestu spajanja sa dvoranom. Pri desnom kraju velike prostorije nalaze se i dvije manje prostorije od kojih je jedna odvojena gomilom urušenog kamenja, a druga se nalazi pri kraju hodnika.^[1]

Dno je prekriveno pećinskom ilovačom. Lijeva strana dvorane je prekrivena blatom i manjim baricama zbog količina vode koja se procjeudje.

U pećini nema dosta pećinskih ukrasa. Na stropu velike dvorane ima nekoliko stalaktita, a u prostoriji pri kraju hodnika zidovi prostorije su prekriveni sigama.

U pećini nisu otkriveni nikakvi tragovi boravka čovjeka u prahistoriji niti paleontološki nalazi. Položaj pećine i prostorija pri kraju hodnika bila je pogodna za boravak pećinskog medvjeda.^[1]

U pećini se pored pećinskih zrikavca, pauka, leptira i drugih insekata nalazi ogromna kolonija šišmiša. Tokom istraživanja 2017. otkriveno je 16 primjeraka šišmiša vrste R. hipposideros, 148 primjeraka vrste veliki potkovnjak i 255 primjeraka vrste Miniopterus schreibersii.^[2]