C8orf48
| C8orf48 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasi | C8orf48 | ||||||||||||||||||||||||
| Vanjski ID-jevi | MGI: 2142538 HomoloGene: 82747 GeneCards: C8orf48 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
| Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNK) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (bjelančevina) | |||||||||||||||||||||||||
| Lokacija (UCSC) | Chr 8: 13.57 – 13.57 Mb | Chr 8: 37.46 – 37.46 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
C8orf48 je protein koji je kod ljudi kodiran genom C8orf48.[5] C8orf48 je jedarni protein za koji je posebno predviđeno da se nalazi u jedrovoj lamini.[6][7] Utvrđeno je da C8orf48 stupa u interakciju s proteinima koji su uključeni u regulaciju različitih ćelijskih odgovora poput ekspresije gena, lučenja proteina, proliferacije ćelija i upalnih odgovora.[8][9][10] Ovaj protein je povezan s rakom dojke i papilarnim karcinomom štitnjače.[11][12]
Aminokiselinska sekvenca
[uredi | uredi izvor]Dužina polipeptidnog lanca je 319 aminokiselina, а molekulska težina 36.790 Da.[13].
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MAICPELAQT | DKSALANLSD | ETETLKNSTD | EVQTSSSFSS | SGGRQSSPLT | ||||
| SGSKLEREKQ | TPSLEQGDTQ | SELLDYKNYE | KKLSKKWINY | LKLKDSNFER | ||||
| HQPDTKLPTE | ITRVSDEELN | ALQSYCTMKI | NLIHRRGDSK | KKTSSRHKKL | ||||
| HLGLDVEASE | RDAFSCTVPD | ELLNRIYFKN | MRTTPKQEAA | AKQHISYQCP | ||||
| YCNRKRAELA | LSAFLKQKKT | LLESFLLQER | IDEHLHTKDF | LTRIGEAHQD | ||||
| FPRLSDDPRI | IWKRLTEKSH | IRYSGFERSE | TEQKLQRDGN | SACHLPFSLP | ||||
| FLKRLTLIKP | ELVIVNDNV |
C: Cistein
D: Aspartat
E: Glutamat
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
- W: Triptofan
Y: Tirozin
Struktura
[uredi | uredi izvor]
Protein C8orf48 ima dva predviđena signala jedarne lokalizacije, jedan koji se proteže od 135-149 aminokiselina, a drugi od 204-221. Sekundarna struktura proteina C8orf48 sastoji se prvenstveno od alfa-heliksa i zavojnica . Ima rlo malo beta-listova, jer ukupno tri područja pokazuju moguću strukturu beta lista.[14]
Tercijarna struktura C8orf48 dobivena je prema programu iTASSER.
Gen
[uredi | uredi izvor]C8orf48 se nalazi na na pozitivnom lancu hromosoma 8, sekvenca 8p22 i proteže se od 13,566.843 do 13,568.288 bp.[16] Ima jedan egzon, bez introna.[5][17] Ovaj protein nema izoforme niti ima alternativne prerade.
Protein
[uredi | uredi izvor]Protein C8orf48 ima 319 aminokiselina.[18] Molekulska težina ovog proteina je 36,9 kDa, a izoelektrična tačka 8,86.[14] Predviđa se da je protein C8orf48 jedarni protein koji se posebno nalazi u jedrovoj lamini.[6] Nema nikakve peptide niti transmembranske domene. Utvrđeno je da je ovaj protein dosta prisutan i kod ljudi..[19]
Posttranslacijske modifikacije
[uredi | uredi izvor]C8orf48 ima različite predviđene posttranslacijske modifikacije. Ove modifikacije uključuju O-glikozilaciju, glikaciju, N-vezanu glikozilaciju, fosforilacijska mjesta, Yin-Yang mjesta, sumoilaciju i SUMO interakcije.[20]
Subćelijaka lokalizacija
[uredi | uredi izvor]Rezultati PSORT II utvrdili su da protein C8orf48 nema signalni peptid, kao ni transmembranske domene.[21] Predviđanje je da je C8orf48 najvjerojatnije jedarni i potencijalno citoplazmatski protein. Kada se uspoređuju ortolozi C8orf48 vide se vrlo slični rezultati, predviđa se da je protein lokaliziran u jedru, a zatim u citoplazmi. Daljnja analiza podćelijske lokalizacije izvršena je upotrebom CELLO-a.[22] Ovi rezultati također podržavaju ideju da je C8orf48 lokaliziran u jedru.
Ekspresija
[uredi | uredi izvor]Utvrđeno je da je ovaj gen nadeksprimiran u tkivima sjemenika i mišića debelog crijeva, kao i u 76 razvojnih faza.[23] Utvrđeno je da se C8orf48 najčešće eksprimira u mjehuru, kostima, srcu, grkljanu, sjemenicima i štitnjači.[24] Ovisno o stadiju razvoja, C8orf48 se često može naći u embrionskom tijelu.[24]
GEO profili
[uredi | uredi izvor]
U studiji koja se odnosi na višestruki mezenhimni mijelom stromnih ćelija koštane srži pokazaano je da je ekspresija C8orf48 niža u bolesnim ćelijama, u usporedbi sa zdravim.[25] Suprotno je pokazano u GeoProfile-u o endometriozi, jr je u ovoj studiji otkriveno da su razine C8orf48 veće u bolesnom nego u zdravom stanju.[26] Ostale studije pokazuju različitu ekspresiju ćelija raka dojke, papil štitnjače i alfa-utišanog receptora estrogena. U kontrolnim uzorcima nivoi C8orf48 bili su niži od onih kod nokdauniranog receptora za estrogen.[11]
Regulacija ekpresije
[uredi | uredi izvor]Transkripcijski faktori koji djeluju na C8orf48 prikazani su u tabeli. Većina transkripcijskih faktora uključena je u rast, proliferaciju ili regulaciju ćelijske migracije. To implicira da C8orf48 može imati ulogu u ćelijskom ciklusu. Nekoliko transkripcijskih faktora predstavilo se više puta, i na pozitivnom i na negativnom lancu. Ovi transkripcijski faktori uključuju protein koji se veže za MAX i receptor alfa povezan sa estrogenom (preferira se sekundarna vezanost DNK) koji su uključeni u ćelijski rast.[27][28]
| Transkripcijski faktor | Funkcija |
| Protein mijeloidnog cinkovog prsta MZF1 | Utvrđeno je da se eksprimira u hematopoetskim matičnim ćelijanma koje su predane diferencijaciji mijeloidne loze. Sadrži 13 C2H2 cinkovih prstiju raspoređenih u dva domena koji su razdvojeni kratkom sekvencom bogatom glicinom i prolinom.[29] |
| Cinkov prst sa domenima KRAB i SCAN-3 | Uglavnom se nalazi u jedru, iako se tokom gladovanja preseljava u citoplazmu. Ovo omogućava ekspresiju ciljnih gena uključenih u autofagiju i biogenezu/funkciju lizosoma. Djeluje kao supresor autofagije, a pronađeno je i da podstiče napredovanje i/ili migraciju ćelija raka kod različitih tumora i mijeloma.[30] |
| T-kutijski transkripcijski faktor TBX20 | Utvrđeno je da je uključen u regulaciju genetičkog programa za migraciju ćelija motornih neurona lobanja.[31] |
| Kruppeloliki protein cinkovog prsta 219 | Utvrđeno je da su uključeni u regulaciju diferencijacije hondrocita, sastavljanjem tvornice transkripcije sa Sox9.[32] |
| Protein cinkovog prsta 300 sa KRAB-om | Istraživanja povezuju represiju transkripcije posredovanu KRAB-ZFP-ovima s proliferacijom, diferencijacijom ćelija, apoptozom i rakom. Vjeruje se da je nedavno evoluirao.[33] |
| Krueppeloliki plućni fator 2 (LKLF) | KLF2 regulira ptomet T-ćelija promovišući ekspresiju S1P1, koji je receptor za vezivanje lipida. Ovaj transkripcijski faktor veže se za CACCC okvir u promotorskoj sekvenci.[34] |
| Receptor alfa srodan estrogenu (sklonost sekundarnog vezivanja DNK) | Pokazalo se da ekspresija ovog receptora ima negativan prognostički značaj kod karcinoma dojke i jajnika. Navedeno je da je kritično za rast raka dojke negativnih na estrogenske receptore.[28] |
| AREB6 (Atp1a1 faktor vezivanja regulatornog elementa 6) | Struktura AREB6 sastoji se od dvije skupine cinkovih prstiju u regijama N- i C-terminala i jednog homeodomena u sredini. Utvrđeno je da regulira ekspresiju gena Na, K-ATPaze α1, interleukinskih 2 i δ-kristalnih gena.[35] |
| MAX-vezujući protein | Transkripcijski represor i antagonist Myc-ovisne transkripcijske aktivacije i rasta ćelija.[27] |
| Protein 1 u interakciji obogaćen leucinom (u FLII) 1 | Transkripcijski represor koji potencijalno regulira TNF, EGFR i PDGFA. Moguće uključen u kontrolu proliferacije ćelija glatkih mišića nakon ozljede arterija.[36] |
| E2F transkripcijski faktor 1 | Ima važnu ulogu u kontroli ćelijskog ciklusa i proteina koji potiskuju tumor. Također je utvrđeno da su meta transformacijskih proteina malih DNK tumorskih virusa. Konačno, može posredovati proliferaciju ćelija i p53 ovisnu/neovisnu apoptozu.[37] |
| Kruppelov faktor 7 (sveprisutan, UKLF) | Članovi porodice na koju se odnosi odgovorni su za regulaciju proliferacije, diferencijacije i preživljavanja ćelija. Utvrđeno je da vjerovatno doprinosi progresiji dijabetesa tipa 2, inhibiranjem ekspresije insulina, sekrecije u beta-ćelijama gušterače i deregulacijom lučenja adipocitokina u adipocitima.[38] |
| Vezujući protein CCAAT/epsilon pojačivač (C/EBP) | Važan za terminalnu diferencijaciju i funkcionalno sazrijevanje prekurskorskih ćelija granulocita. Utvrđeno je da su mutacije u genu koji kodira ovaj protein povezane sa specifičnim nedostatkom granula.[39] |
| Faktor transkripcije cinkovcog prsta / POZ-domena | POZ domen je konzervirani motiv interakcije protein-protein koji se nalazi u transkripcijskim faktorima, onkogenim proteinima, proteinima ionskih kanala i nekim proteinima povezanim s aktinom.[40] |
| Transkripcijski faktor oligodendrocitne loze 2 | Ima tendenciju ekspresije u tumorima oligodendrocita u mozgu. Ovaj protein je bitan regulator sudbine ventralnih neuroektodermnih progenitorskih ćelija i hromosomske translokacije t (14; 21) (q11,2; q22) povezane s akutnom limfoblastnom leukemijom T-ćelija.[41] |
| Osnovni faktor sličan krueppelu (KLF3) | Jedan od njegovih povezanih puteva je transkripcijska regulacija kod raka, a možda bi mogao imati ulogu i u hematopoezi. Vezuje se za CACCC-kutiju gena eksprimiranih eritroidnih ćelija.[42] |
Homologija
[uredi | uredi izvor].jpg)
C8orf48 je konzerviran kod sisara, vodozemaca, gmizavaca, ptica i riba.[43] Ortologe C8orf48 nije bilo moguće pronaći u bakterijama, arhejama, biljkama i gljivama.[43] Nisu pronađeni ljudski paralozi C8orf48. Određeni dijelovi domena DUF 4606 su u ortolozima visoko konzervirani.
Proteinske interakcije
[uredi | uredi izvor]Proteini koji stupaju u interakciju sa C8orf48 uključuju deletirani protein u karcinomu jetre 1 (DLC1), inhibitor porodice MyoD (MDFI), protein cinkovih prstiju 14 (ZNF14) i sacroglikan zeta (SGCZ).[8] Sve ove proteinske interakcije pronađene su eksperimentalno, putem dvohibridnog udruživanja, dvohibridnog niza ili dvohibridnog sita.[10]
Klinički značaj
[uredi | uredi izvor]C8orf48 je pronađen u studijama koje se odnose na različite tipove karcinoma. Različiti nivoi ekspresije C8orf48 pronađeni su u papilnom karcinomu štitne žlijezde i receptoru estrogena za alfa utišane MCF7 ćelija raka dojke.[25][26]
Reference
[uredi | uredi izvor]- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000164743 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000074384 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ a b "C8orf48 chromosome 8 open reading frame 48 [Homo sapiens (human)] - Gene - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 9. 5. 2016.
- ^ a b "Subnuclear compartments prediction system". array.bioe.uic.edu. Arhivirano s originala, 19. 4. 2016. Pristupljeno 9. 5. 2016.
- ^ "Motif Scan". myhits.isb-sib.ch. Pristupljeno 9. 5. 2016.
- ^ a b "STRING: functional protein association networks". string-db.org. Pristupljeno 9. 5. 2016.
- ^ "Protein Kinase C Signaling | Cell Signaling Technology". www.cellsignal.com. Arhivirano s originala, 10. 6. 2016. Pristupljeno 9. 5. 2016.
- ^ a b PSICQUIC. "PSICQUIC View". www.ebi.ac.uk. Pristupljeno 9. 5. 2016.
- ^ a b "GDS4061 / 236634_at". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 9. 5. 2016.
- ^ "GDS1665 / 236634_at". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 9. 5. 2016.
- ^ "UniProt, Q96LL4". Pristupljeno 14. 9. 2021.
- ^ a b Brendel V, Bucher P, Nourbakhsh IR, Blaisdell BE, Karlin S (1992). "Methods and algorithms for statistical analysis of protein sequences". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 89 (6): 2002–6. Bibcode:1992PNAS...89.2002B. doi:10.1073/pnas.89.6.2002. PMC 48584. PMID 1549558.
- ^ "I-TASSER server for protein structure and function prediction". zhanglab.ccmb.med.umich.edu. Pristupljeno 9. 5. 2016.
- ^ "Genomatix: ElDorado Result". www.genomatix.de. Pristupljeno 9. 5. 2016.[mrtav link]
- ^ "Transcript: C8orf48-001 (ENST00000297324) - Summary - Homo sapiens - Ensembl genome browser 84". www.ensembl.org. Pristupljeno 9. 5. 2016.
- ^ "Homo sapiens chromosome 8 open reading frame 48 (C8orf48), mRNA - Nucleotide - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 9. 5. 2016.
- ^ "PaxDb". pax-db.org. Pristupljeno 9. 5. 2016.
- ^ "CBS Prediction Servers". www.cbs.dtu.dk. Pristupljeno 9. 5. 2016.
- ^ "PSORT II Prediction". psort.hgc.jp. Pristupljeno 9. 5. 2016.
- ^ "CELLO:Subcellular Localization Predictive System". cello.life.nctu.edu.tw. Arhivirano s originala, 4. 3. 2016. Pristupljeno 9. 5. 2016.
- ^ "Bgee: Gene Expression Evolution. Entry on C8orf48 Homo Sapiens". BGEE.[trajno mrtav link]
- ^ a b "EST Profile - Hs.104941". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 9. 5. 2016.
- ^ a b "101259684 - GEO Profiles - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 9. 5. 2016.
- ^ a b "47601584 - GEO Profiles - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 9. 5. 2016.
- ^ a b "MNT MAX network transcriptional repressor [Homo sapiens (human)] - Gene - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 9. 5. 2016.
- ^ a b Stein RA, Chang CY, Kazmin DA, Way J, Schroeder T, Wergin M, Dewhirst MW, McDonnell DP (2008). "Estrogen-related receptor alpha is critical for the growth of estrogen receptor-negative breast cancer". Cancer Research. 68 (21): 8805–12. doi:10.1158/0008-5472.CAN-08-1594. PMC 2633645. PMID 18974123.
- ^ Morris JF, Hromas R, Rauscher FJ (1994). "Characterization of the DNA-binding properties of the myeloid zinc finger protein MZF1: two independent DNA-binding domains recognize two DNA consensus sequences with a common G-rich core". Molecular and Cellular Biology. 14 (3): 1786–95. doi:10.1128/mcb.14.3.1786. PMC 358536. PMID 8114711.
- ^ "ZKSCAN3 - Zinc finger protein with KRAB and SCAN domains 3 - Homo sapiens (Human) - ZKSCAN3 gene & protein". www.uniprot.org. Pristupljeno 9. 5. 2016.
- ^ Song MR, Shirasaki R, Cai CL, Ruiz EC, Evans SM, Lee SK, Pfaff SL (2006). "T-box transcription factor Tbx20 regulates a genetic program for cranial motor neuron cell body migration". Development. 133 (24): 4945–55. doi:10.1242/dev.02694. PMC 5851594. PMID 17119020.
- ^ "rProtein. Recombinant Protein Collection". rProtein.[trajno mrtav link]
- ^ Lupo A, Cesaro E, Montano G, Zurlo D, Izzo P, Costanzo P (2013). "KRAB-Zinc Finger Proteins: A Repressor Family Displaying Multiple Biological Functions". Current Genomics. 14 (4): 268–78. doi:10.2174/13892029113149990002. PMC 3731817. PMID 24294107.
- ^ "www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=KLF2". www.genecards.org. Pristupljeno 9. 5. 2016.
- ^ Ikeda K, Kawakami K (1995). "DNA binding through distinct domains of zinc-finger-homeodomain protein AREB6 has different effects on gene transcription". European Journal of Biochemistry. 233 (1): 73–82. doi:10.1111/j.1432-1033.1995.073_1.x. PMID 7588776.
- ^ "www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=LRRFIP1". www.genecards.org. Pristupljeno 9. 5. 2016.
- ^ "E2F1 E2F transcription factor 1 [Homo sapiens (human)] - Gene - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 9. 5. 2016.
- ^ "KLF7 Kruppel-like factor 7 (ubiquitous) [Homo sapiens (human)] - Gene - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 9. 5. 2016.
- ^ "CEBPE CCAAT/enhancer binding protein epsilon [Homo sapiens (human)] - Gene - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 9. 5. 2016.
- ^ Lee DK, Suh D, Edenberg HJ, Hur MW (juli 2002). "POZ domain transcription factor, FBI-1, represses transcription of ADH5/FDH by interacting with the zinc finger and interfering with DNA binding activity of Sp1". The Journal of Biological Chemistry (jezik: engleski). 277 (30): 26761–8. doi:10.1074/jbc.M202078200. PMID 12004059.
- ^ "OLIG2 oligodendrocyte lineage transcription factor 2 [Homo sapiens (human)] - Gene - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 9. 5. 2016.
- ^ "www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=KLF3". www.genecards.org. Pristupljeno 9. 5. 2016.
- ^ a b NCBI BLAST. BLAST AND PSI-Blast: generation of protein database search programs.[1]
Vanjski linkovi
[uredi | uredi izvor]
Text is available under the CC BY-SA 4.0 license; additional terms may apply.
Images, videos and audio are available under their respective licenses.
