蛋白质交互作用（英语：Protein–protein interactions，缩写：PPIs）是指两种或以上的蛋白质结合的过程，通常旨在执行其生化功能。在细胞中，大量蛋白质元件组成分子机器，透过蛋白质交互作用执行细胞内多数重要的分子过程，如DNA复制。

蛋白质交互作用在绝大多数生化功能中扮演极重要的角色。例如，信号分子经由蛋白质交互作用，将细胞外部的信号传入内部。这个过程称为讯息传递，是许多生化功能的基础，也与许多疾病有关，包括癌症。蛋白质亦可透过长时间的交互作用，形成部分的蛋白质复合体，负责携带另一个蛋白质，例如从细胞质至细胞核，或反之，如核孔核转运蛋白的情形；或借由短暂的交互作用修饰另一个蛋白质，例如负责将磷酸盐转移到目标蛋白上的蛋白激酶。蛋白质经修饰后也可能改变其蛋白质交互作用，例如有些SH2结构域的蛋白质只与其他被氨基酸酪胺酸磷酸化的蛋白质结合，布罗莫结构域则专门辨别乙酰离胺酸。

蛋白质交互作用广泛参与了生物化学、量子化学、分子动力学、讯息传递等代谢或遗传学／表观遗传学图论。事实上，它是所有活体细胞中整个交互作用组学系统的核心。近来，蛋白质交互作用也被应用于奈米生物科技的研究领域。

蛋白质交互作用主宰了活体细胞内几乎所有的生化反应。透过研究这些交互作用，人们可以更深入了解疾病，进而成为新治疗方法的基础。

延伸阅读

1. De Las Rivas J, Fontanillo C. Lewitter, Fran , 编. Protein-protein interactions essentials: key concepts to building and analyzing interactome networks. PLoS Comput Biol. 2010, 6 (6): e1000807. PMC 2891586 . PMID 20589078. doi:10.1371/journal.pcbi.1000807 （英语）. 
2. Phizicky EM, Fields S. Protein-protein interactions: methods for detection and analysis. Microbiol. Rev. 1995: 94–123. PMC 239356 . PMID 7708014 （英语）. 

外部链接

• 开放目录项目中的“Proteins and Enzymes”（英文）
• Biological General Repository for Interaction Datasets (BioGRID)- http://nar.oxfordjournals.org/content/34/suppl_1/D535.full （页面存档备份，存于互联网档案馆）
• Human Portein Reference Database (HPRD)- http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/14681466 （页面存档备份，存于互联网档案馆）
• IntAct Molecular Interaction Database - http://nar.oxfordjournals.org/content/32/suppl_1/D452.abstract （页面存档备份，存于互联网档案馆）
• Molecular Interactions Database (MINT) - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17135203 （页面存档备份，存于互联网档案馆）
• MIPS Protein Interaction Resource on Yeast (MIPS-MPact) - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16381906 （页面存档备份，存于互联网档案馆）
• MIPS Mammalian Protein-Protein Interaction Database (MIPS-MPPI) - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15531608 （页面存档备份，存于互联网档案馆）
• Library of Modulators of Protein-Protein Interactions (PPI) - http://www.chemdiv.com/portfolio/library-of-modulator-of-protein-protein-interactions-ppi/ （页面存档备份，存于互联网档案馆）
• Casado-Vela J, Matthiesen R, Sellés S, Naranjo, JR Protein-Protein Interactions: Gene Acronym Redundancies and Current Limitations Precluding Automated Data Integration （页面存档备份，存于互联网档案馆） Proteomes 2013, 1(1), 3-24.