大伙们为伦纳德和佩妮的第二次婚礼做准备。伦纳德和谢尔顿担心阿尔弗雷德昨晚与玛丽上床，尽管他们各自的父母发誓什么也没发生。然而，他们确实计划互相拜访，这激怒了贝弗利。佩妮的家人到了，佩妮母亲担心儿子最近的牢狱之灾会导致伦纳德的家人认为他们是“白垃圾”。婚礼进行得很顺利，伦纳德和佩妮表达了他们对彼此的爱，贝弗利和阿尔弗雷德感恩至少他们一起让伦纳德诞生在世上，而谢尔顿则表达了他对这对夫妇的爱。与此同时，美国空军研究实验室的理查德·威廉斯上校联系了霍华德，这让霍华德和拉杰什都感到害怕。霍华德最终同意会见他，但上校拒绝说明他感兴趣的原因。

伦纳德和霍华德担心军方可能会试图接管制导系统（英语：Guidance system）项目作为武器用途，但谢尔顿并不担心。二人让谢尔顿保证在与理查德·威廉斯上校会面时不说话。威廉斯上校对霍华德作为该项目的主要负责人印象深刻，这让谢尔顿不安得动来动去。军方希望约莫在四个月内制造一个更小的版本。谢尔顿再也无法控制自己不说话，并向威廉斯上校承诺在两个月内制造出来。尽管伦纳德和霍华德对如此紧迫的截止日期感到愤怒，但他们都认为新实验室的视网膜扫描（英语：Retinal scan）仪很有趣。与此同时，制药公司的员工发现伯纳黛特怀孕了，这激怒了她，因为他们可能会让她退出下一个大型医疗项目。佩妮承认她是说溜嘴的那个人。伯纳黛特原谅了佩妮，因为如果她被取消该项目，她打算以诉讼威胁她的老板。

谢尔顿、伦纳德和霍华德三人因试图赶上谢尔顿更改的空军最后期限而筋疲力尽。在梦中，闪电侠说服谢尔顿喝了一杯能量饮料。在咖啡因效果逐渐消失之后，谢尔顿确信自己上瘾了，这进一步惹恼了另外两个人。谢尔顿崩溃了，承认他无法计算出数学，也没有自己想像的那么聪明，其余二人只能安慰他。面对威廉斯上校，三人承认他们至少需要两年时间，威廉斯上校说完全没问题，因为军方早已习惯承包商不按时完成任务。艾米带佩妮参加了地质学家伯特举办的派对，但她们发现她们是那里唯一的来宾。伯特说艾米是加州理工学院最受欢迎的科学家，这让她们大吃一惊。与此同时，拉杰什试图帮助伯纳黛特准备好幼儿园，但她承认自己缺乏兴奋感，担心自己无法成为母亲。拉杰什打电话给他的妇产科医生父亲，父亲告诉伯纳黛特，虽然她可能不喜欢一般的婴儿，但她仍然可以爱自己的孩子。

管道问题使艾米的公寓无法居住五周，伦纳德和佩妮建议艾米搬进伦纳德和谢尔顿的公寓。在艾米提议同居作为实验后，谢尔顿同意和她一起搬进佩妮的公寓，这让伦纳德和佩妮兴奋不已。艾米在谢尔顿床上的第一个晚上很糟糕，由于谢尔顿经常辗转反侧，她睡不着觉。为了庆祝在没有谢尔顿的情况下度过的第一个夜晚，伦纳德和佩妮在他们的公寓里穿着内衣跳舞。第二天早上，谢尔顿和艾米为科学诚信而争吵，他们互相惹对方生气，直到艾米提议前往佩妮的公寓亲热。与此同时，超声波检查后，霍华德和伯纳黛特很生气，因为在他们选择不知道孩子的性别下，拉杰什却偷看了。他们在夜晚争论是否给拉杰什打电话获悉孩子性别。

艾米和谢尔顿冲进伦纳德和佩妮的公寓，争论著谢尔顿要求订定浴室时间表。为了帮助谢尔顿冷静下来，佩妮带他去了一家冰淇淋店，在那里他试图查找另一个浪漫的伴侣。谢尔顿坦言，自己十三岁的时候曾经闯入父亲的房间，那时候父亲正与另一个女人在房间里，这也是他现在进房间时总是敲三下的原因，这让他担心自己有一天会伤害艾米。佩妮说服谢尔顿给这段关系一个机会，伦纳德则指导艾米如何与谢尔顿一起生活。回来后，谢尔顿同意妥协，他取消了上厕所的时间表，并同意共享一个牙刷架，这对他来说是一大步。与此同时，在取消了一个周末的假期后，霍华德和伯纳黛特发现拉杰什和斯图尔特偷偷进入他们的房子并使用热水浴缸。霍华德和伯纳黛特听着拉杰什透露他现在单身，但当斯图尔特说他没有穿泳衣时，夫妻们马上把他们赶出去。

因为艾米想请客人过来公寓作客，谢尔顿准备了一份早午餐让她惊喜；他邀请了斯图尔特、地质实验室的伯特和楼下的罗马尼亚邻居参加了聚餐。当斯图尔特得知这次聚餐是在邀请其他人之前进行的试运行时，他感到受侮辱；谢尔顿道歉，他们喝醉了互相称赞，并惹恼了艾米。佩妮因出演了两部《连环杀人猿》电影而受邀参加凡奈斯（英语：Van Nuys）漫画节签名活动，并带伦纳德一起去；粉丝们嘲笑她的演技差，但喜欢她的裸体淋浴场景，这让她感到被羞辱。伦纳德最终描述了他是如何娶了一个如此有魅力的女人，引起周围人的注意。与此同时，当霍华德终于感觉到婴儿踢腿时，他和拉杰什去买婴儿床并试驾了一辆MPV。但霍华德在过程中背部受伤，他们要开车送他去急诊室。

谢尔顿从伦纳德那里得知，伯纳黛特说艾米的公寓两周前修好了，艾米为了继续和他一起住而撒谎；伦纳德则从霍华德那里得知，伯纳黛特说佩妮一直在秘密地将伦纳德的收藏品转移到仓库中。佩妮为艾米掩饰她的谎言，谢尔顿和伦纳德直面说知道她们撒谎。谢尔顿原谅了艾米并想继续和她一起生活，但在做了伦纳德和佩妮把他的旧房间变成性地牢的噩梦之后，他感到非常不安。在与艾米进行了一次智力对话后，谢尔顿最终选择与她住在一起。伦纳德也同意潘佩妮装饰他们的卧室，让她有家的感觉，但当她让房间看起来太“女孩子”时，他把其中的一些东西放进了谢尔顿和艾米的新衣橱。

艾米使用她和谢尔顿的皮肤细胞通过分化转移产生一些原始神经元。在之后的几天里，谢尔顿欣喜地看到神经细胞顺利结合，在他眼里就像是自己的孩子。这激发了谢尔顿想要和艾米生孩子的想法，尽管她并不热衷于他立即生孩子的计划。谢尔顿制定了勾引艾米的计划，这吓坏了艾米，她只能尽量避开热情的他；艾米差点被跳着弗拉明戈舞的谢尔顿引诱到。与此同时，拉杰什被他实验室的清洁工伊莎贝拉所吸引，并为她安排晚餐。当伊莎贝拉发现拉杰什告诉他的朋友她是一位天文学家时，她感到受侮辱，因为她认为拉杰什看不起她清洁工的身份。但在拉杰什道歉后，她同意了下次再与他约会。

谢尔顿得知伯特因研究岩内生物（英语：Endolith）而获得麦克阿瑟奖和奖金，他十分嫉妒。谢尔顿却在发泄的过程中不断伤害到自己，例如被石头弄伤双脚。其余的的男孩们也讨论他们自己内心的嫉妒。斯蒂芬·霍金教授打电话给谢尔顿，解释说即使是他平常也会嫉妒。为了和解，谢尔顿和伯特一起去录制《艾伦·德杰尼勒斯秀》。与此同时，霍华德找到了他曾经建造的遥控微型斯蒂芬·霍金，虽然每个人（除了克里普克）都认为这很冒犯，但霍金实际上却很喜欢这个主意。

在谢尔顿和艾米把“佩妮和艾米的丑画像”带到伦纳德和佩妮的公寓后，两个男孩开始分配拥有物。当谢尔顿试图拿走一切时，一场关于公寓官方旗帜的争执引发了谢尔顿和伦纳德之间的战争。谢尔顿把他的旧房间出租给一个老人西奥多（克里斯托弗·劳埃德），西奥多帮助他们意识到谢尔顿搬出去对他们俩都产生了深远的影响，谢尔顿默许地把这面旗帜交给伦纳德。斯图尔特给霍华德和伯纳黛特带来了一份礼物，因为他被赶出自己的公寓而搬了回来。斯图尔特帮助沃洛维兹夫妻处理婴儿用品以证明他搬进来的合理性，并与声称“第一个帮助他们”的拉杰什开始了一场战争。终于，伯纳黛特临产了，大家都前往医院迎接宝宝的到来。

伯纳黛特和霍华德的孩子即将出生，恰逢艾米的生日，这干扰了谢尔顿和艾米的年度“性约会”。拉杰什意外透露出婴儿是女孩，因而被赶出沃洛维兹家。到了要接生的时候，大伙们都在医院大堂等候。朋友们都回忆起十年来发生了多大的变化，然而拉杰什觉得自己做的最少，并且不小心透露出婴儿的性别，这让他更加沮丧。终于婴儿出生了并被命名为哈雷·沃洛维兹，沃洛维兹夫妻更希望拉杰什成为她的教父，这让他感动得流泪。大伙们发现婴儿的哭声听起来很像她的祖母黛比·沃洛维兹。最后，去了哈利波特的魔法世界（英语：The Wizarding World of Harry Potter (Universal Studios Hollywood)）后，艾米和谢尔顿终于迎来了一年一度的生日性交庆祝活动。

伦纳德和佩妮准备好食物，欢迎朋友们来新年聚餐。谢尔顿和艾米首先到来，他们告诉伦纳德和佩妮他们拜访了母亲玛丽，玛丽承认她从未想过谢尔顿会找到伴侣，这让他感到沮丧。谢尔顿以反社会行为和穿耳孔来表达不愤。此外，伦纳德和佩妮则砍倒了一棵圣诞树并将其带回家，却把房间弄得一塌糊涂。一气之下，两人把树丢进了电梯井。而伯纳黛特和霍华德一直在努力应对不断啼哭的婴儿，伯纳黛特怀疑女儿讨厌自己，便跟着女儿一起大哭。这种情绪影响到霍华德，他也坐在旁边跟着哭起来。最终，伯纳黛特通过爬进哈雷的婴儿床和她一起睡觉来解决问题。

佩妮觉得伦纳德在他们结婚后没有为关系付出足够的努力，伦纳德则认为他是唯一一个付出任何努力的人。愤怒的佩妮带着艾米代替伦纳德在周末去水疗中心。谢尔顿和伦纳德来到水疗中心，谢尔顿提出为伦纳德和佩妮制定关系协议来解决问题，就像他和艾米一样。伦纳德和佩妮最终制定协议，并惊讶地发现该协议的确有用处。与此同时在沃洛维兹家，婴儿房的地板一直吱吱作响，从而打扰到哈雷宝宝。霍华德和拉杰什创造了一条通往婴儿床的小路，途中不会踩到坏掉的地板，但因为通过的过程太过困难，伯纳黛特懒得再理他们。

谢尔顿想要更好地了解他人的情绪，他从MIT获得了一台实验机器，其可以为他自动读取其他人的情绪。佩妮的前贩毒犯哥哥兰德尔正在申请在她的制药公司工作，她邀请他在她和伦纳德的公寓暂住，机器显示伦纳德对此感到愤怒。谢尔顿对机器运作得如此之好感到沮丧，因为他觉得自己无法理解别人，但艾米安慰他，为他的进步感到自豪。伦纳德和佩妮为将他们的争吵归咎于谢尔顿而道歉，而佩妮打算告诉家人，哥哥不能和他们一起住的原因是因为伦纳德。与此同时，在被新任女友甩了之后，拉杰什召集了几位前女友，想知道他为什么仍然单身。埃米莉·斯威尼、露西、克莱尔和聋哑的艾米丽告诉拉杰什，他一直很爱出风头、自负、需要别人关怀，而且太害怕自己的父母，随后让拉杰什情绪低落的是，她们都在抛弃他后找到一段更好的关系。霍华德承诺，如果他与伯纳黛特的关系不顺利，他将在三十年后成为拉杰什的伴侣。

谢尔顿、伦纳德和霍华德差不多完成他们的军方制导系统，但谢尔顿认为其体积可以更小，这让其余二人感到沮丧，因为他们才刚刚达成了批准规格。为了分散谢尔顿几天的注意力，伦纳德送他去内华达州当火车售票员。这次旅程使谢尔顿非常兴奋，因为他终于梦想成真了，这反而让艾米感到沮丧。看到谢尔顿的理论后，威廉斯上校下令制造他的更小版本。伦纳德和霍华德试图让谢尔顿回来，但他拒绝了，说理论永远无法被证明，不像火车。在谢尔顿看穿了二人试图诱骗他纠正一个故意错误的方程式后，霍华德承诺教他火车的机械以换取他的帮助，也允许他与他们一起建立更小的引导系统。与此同时，佩妮和艾米带伯纳黛特出去让她忘掉做母亲的职责，留下拉杰什和斯图尔特照顾哈雷。然而，当拉杰什和斯图尔特发生一些小事故却反复给她打电话时，伯纳黛特开始担心哈雷。而伯纳黛特现在有一幢大房子和自己的家庭，这让佩妮和艾米对她们自己的关系进展缓慢感到难过。

谢尔顿和艾米出去约会，他们在餐馆碰到地质学家伯特。伯特说他钦佩他们，并不会取笑他们一年只做一次爱。艾米对于谢尔顿告诉大学里的每个人他们的性生活感到很生气。谢尔顿道歉，他现在明白隐私的必要性，并告诉艾米他的一个私人秘密：两年前他已经拿到了驾照，但仍让她当他的司机，这样他就能觉得自己很重要。艾米看着谢尔顿可爱的脸孔并原谅了他。与此同时，拉杰什的父亲已经停止为拉杰什查找妻子，因为拉杰什仍然依靠他来支付一切费用。拉杰什的朋友让他意识到自己被宠坏了。拉杰什决定停止拿钱来证明每个人都错了，然而他的父亲十分高兴。

拉杰什委任谢尔顿为他的财务管理，并被告知由于高昂的租金和巨额信用卡债务，他今年将无法去圣地亚哥国际漫画展。拉杰什试图出售他的收藏品并为斯图尔特工作以赚取额外的收入。霍华德做了一堆家务，所以伯纳黛特会让他离开五天。佩妮说她想和男孩们一起去漫画展让伦纳德开心，但他们都认为她会很难受。佩妮不想去漫画展，却因为想让伦纳德开心而去；伦纳德不想佩妮跟着去，却因为想让佩妮开心而装作开心。这种情况导致他们的关系紧张，直到谢尔顿和艾米揭露真相才解决。霍华德和伯纳黛特试图向拉杰什支付看护哈雷的费用，但他拒绝了这笔钱以及他去漫画展的机会。伦纳德决定留在家里和佩妮在一起，霍华德也为他的家人做了同样的选择。谢尔顿仍然计划去漫画展，他试图让艾米加入，结果却只令她感到困惑。

自从拉杰什停止从父亲身上拿钱后，他的生活就陷入了困境，他再也付不起现在公寓的租金，所以伦纳德和佩妮暂时将谢尔顿的旧房间借给他暂住。这让谢尔顿感到不舒服，于是他打电话给贝弗利让她分析原因。贝弗利分析如果谢尔顿与艾米的关系出现问题，他会认为他的旧房间是一个逃生舱口，让他能在里面逃避问题；而伦纳德和佩妮也需要一个室友来分散他们对自己关系问题的注意力。两对伴侣间的争吵导致拉杰什在半夜离开，并吓到了霍华德、伯纳黛特和斯图尔特。四人终于解决了问题，并邀请拉杰什回来与伦纳德和佩妮一起住。

谢尔顿和艾米尝试使用神经生物学决策（英语：Decision-making#Neuroscience）来分析哥本哈根诠释。第一次进行专业合作，为了不影响这段感情，艾米规定两人不得互相贬低对方的想法。他们的合作没有太大争执，但他们的工作质量很差。他们发现互相侮辱使他们更有创造力，因此他们编制了一份允许互相侮辱的主题列表。与此同时，佩妮和拉杰什因大家的喜好相似（女孩的兴趣）而联系，这让伦纳德感到被冷落了。霍华德和伯纳黛特建议伦纳德和他们谈谈，他听取意见回到公寓与佩妮和拉杰什倾吐自己的想法。但他们却不停地说话，伦纳德完全说不出一句话。

谢尔顿强迫自己在同一天同时与霍华德和伦纳德研究制导系统以及研究他与艾米的项目。谢尔顿感冒了，他在第二天醒来发现自己半裸著，不记得吃了感冒药后做了什么。而谢尔顿也发现关于军事项目的机密资讯笔记本不见了。男孩们追踪谢尔顿的手机，他们发现他昨天去了一家西部主题的酒吧。谢尔顿取回了笔记本，但得知自己昨天让客人们勾小指发誓保密后，告诉了所有人关于这个项目的内容。然后，艾米用自动竖琴以不同的语言为谢尔顿演奏《软软猫咪》。与此同时，伯纳黛特对这么快重返工作岗位并离开哈雷感到内疚。霍华德认为伯纳黛特生他的气，因为他没有告诉她她的姑姑在六年前已经去世。霍华德告诉伯纳黛特如果愿意，他们可以改变选择，因为哈里根本不会记得，这让她感觉好多了。

地质学家伯特打断了最新的一集《旗帜的乐趣》，告诉大家他现在有一个女朋友，一个名叫丽贝卡的私人教练。伯特带丽贝卡去见大伙们，但很明显，她和伯特在一起只是为了他的奖金。大伙们说服伯特甩了她。然而，伯特很想念丽贝卡，他再次打电话给《旗帜的乐趣》，说他通过给她买了摩托艇与她复合了。与此同时，霍华德、伯纳黛特和斯图尔特都对将哈雷留在大学的日托中心感到沮丧。霍华德和斯图尔特第一天带哈雷离开去水族馆，第二天被迫带伯纳黛特送哈雷去托儿所，以免他们又带她离开。

谢尔顿失去了在线游戏的优势，并尝试了几项新任务以保持头脑清醒：与拉杰什一起烘焙、与霍华德玩杂耍以及骑独轮车。艾米说也许他应该只专注于过好生活。谢尔顿确实同意她的观点，但同时也想尝试高跷。佩妮遇到了她的前男友扎克，后者为她提供了一份在他的菜单公司的工作。佩妮喜欢这个提议，伦纳德勉强支持她，尽管对他们之前的关系和她潜在的职业选择有所保留。佩妮打电话给扎克接受这份工作，但他说他不能提供这份工作，因为他的未婚妻不喜欢他和前女友一起工作，迫使佩妮向伦纳德让步。与此同时，霍华德厌倦了伯纳黛特取笑他的魔术，并找到了她的旧腹语术玩偶，随后她利用其来吓唬霍华德。

伦纳德、霍华德和谢尔顿为空军完成了他们的陀螺仪，结果却被军方出于机密原因没收。失去了项目导致霍华德对伯纳黛特变得很粘人，他告诉伯纳黛特在她的工作遭遇挫折后，她的行为方式也类似。拉杰什搬出伦纳德和佩妮的公寓，随后搬进伯特车库上方的一个房间。艾米获得了普林斯顿大学的暑期客座研究员职位。虽然谢尔顿最初对这个消息很不满意，但他最终同意艾米应该接受这个提议，并且在她离开之前，他们有一个计划外的性爱之夜。

随着艾米的离开，谢尔顿以前的仰慕者雷蒙娜·诺维茨基博士再次出现在他身边，并开始在加州理工学院和他的家中闲逛。雷蒙娜的研究方向与谢尔顿一致，两人更有说有笑，举止亲昵。伦纳德、霍华德和拉杰什认为雷蒙娜正追求谢尔顿，并将之告知佩妮和伯纳黛特。佩妮和伯纳黛特正犹豫是否要告诉艾米时，艾米已经得到了消息并感到非常震惊。大伙们尽最大努力让雷蒙娜远离谢尔顿，甚至在晚饭后跟着她送她上车。谢尔顿并不相信雷蒙娜想追求自己。谢尔顿为了证明大伙们的“误解”，第二天在自己办公室直接问雷蒙娜是否想展开一段恋情。谢尔顿还未说完，雷蒙娜就亲吻了他。谢尔顿马上离开办公室，乘坐飞机飞往新泽西州，在艾米开门的时候拿出戒指向她求婚。