杀菌，又称作灭菌（英语：Sterilization），是把物体表面、液体、药物、培养介质上的任何形式微生物及传播性病原体（如真菌、细菌、病毒、芽孢和朊毒体）去除的过程。适当地使用高温、化学品、放射线、高压及过滤程序可以有效达到杀菌效果。杀菌后的物体称为无菌（英语：aseptic）（sterile, aseptic）。

杀菌和消毒（disinfection）不同，后者指的是减少，而非完全消灭病原体。

杀菌通常都是用于一切会接触病人伤口或体内的仪器，确保没有微生物感染身体组织，例如一些外科手术或身体检查所使用的医疗仪器。

对于不同的物体，有不同杀菌的方法，大致可以分为物理方法和化学方法两类。

在热空气160℃-170℃下保温2小时进行灭菌。

广泛使用高压釜（autoclave），一般加温至121-134℃。为达到杀菌效果，需要维持在121℃至少长达15分钟或是134℃长达5分钟。如果液体或器械被外包装包裹则需要延长杀菌时间（亦须避免消毒过久造成被消毒物的磨损）。液体在高压釜中杀菌时，应缓慢降温降压以避免造成液体急速沸腾。

高温杀菌法虽然有良好的杀菌效果，但是不适用于不耐热的物体，如生物性材料、光导纤维、电子器械及许多塑胶产品。低温气体杀菌器械以高浓度的高活性气体（烷化剂如环氧乙烷（ethylene oxide）氧化剂如过氧化氢（hydrogen peroxide）及臭氧（ozone））为主。液体杀菌剂及高效能消毒剂一般包含氧化剂如过氧化氢、过乙酸（CH₃COOOH）及醛类如戊二醛及邻苯二甲醛。

然而即便化学杀菌避免了高温毁损的问题，消毒人员仍须注意化学杀菌剂与被消毒物是否兼容。制造厂商可在被消毒物包装上注明杀菌注意事项。化学杀菌剂虽能摧毁大量病原体，但也可能对人体产生祸害。消毒人员有责任确保工作场所的安全，及消毒器械上的监测与控管。

广泛使用于不耐热及辐射的物体，如塑胶、光纤及电器等。作用环境在30°C及60°C之间，湿度大于30%，气体浓度介于200~800毫克/升之间，且一般持续至少三小时。环氧乙烷穿透性良好，可穿透纸张、衣物、部分塑胶膜并仍保有良好作用性。有效消灭所有已知的病毒、细菌、真菌及细菌芽孢，且与大多数材料兼容。然而其缺陷包含极度易燃、有毒性及致癌性，需要经由特定程序降低风险。

工业上用来消毒水与空气及物体表面，可以将大部分有机体氧化。但同时也是带有毒性且不稳定的气体，只能于消毒现场制造，因此仍无广泛使用。

含氯漂白剂是种液体杀菌剂，家用漂白剂是浓度6.25%的次氯酸钠，通常经稀释十倍后才使用；然而消灭结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis）需要五倍稀释的漂白剂、阻止普昂蛋白活性则需要2.5倍稀释的漂白剂。漂白剂可以瞬时消灭许多有机体，但需要持续二十分钟才能达成完全杀菌，且不包含所有的芽孢，同时漂白剂也带有高腐蚀性。

近年二氧化氯也逐渐成为常用的漂白剂，它的好处是使用分量不高，也较不容易产生有机氯化合物。

漂白剂接触空气后会开始分解，不宜久放。^[1]

戊二醛与甲醛都是液态杀菌剂（也可用作固着剂），需要较长的浸泡时间。以消灭芽孢为例，必须浸泡在戊二醛中长达22小时，甲醛则需要更长的时间。若被消毒物上有固态颗粒则更难达到杀菌效果，甚至导致治疗失败。此两种杀菌剂接容易挥发，毒性易透过皮肤接触或呼吸对生物体造成影响。戊二醛的保质期较短（小于两周），价位也较高；相较下甲醛比较便宜，且若搭配添加甲醇便能防止甲醛聚合成多聚甲醛，进一步延长保质期，但是比戊二醛更容易挥发。甲醛也可以借由将多聚甲醛解聚化而变成气态杀菌剂，最早的沙克小儿麻痹疫苗便是透过此种方法消毒的。

• 罐头食品
• 食品辐照
• 食品高压杀菌（英语：Pascalization）

• 消毒
• 无菌操作

• Innovative Technologies for the Biofunctionalisation and Terminal Sterilisation of Medical Devices
• Pharmaceutical Filtration - The Management of Organism Removal, Meltzer TH, Jornitz MW, PDA/DHI 1998
• 职场预防SARS之消毒手册 （页面存档备份，存于互联网档案馆） - 劳动部劳动及职业安全卫生研究所
• 漂白水的使用 （页面存档备份，存于互联网档案馆） - 香港卫生署

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