巴塘土司是清朝时期在康区巴塘（今四川省甘孜藏族自治州巴塘县）设置的世袭土司，有正副二名。其辖境包括今日甘孜州的巴塘、得荣二县，西藏的盐井县以及芒康县的莽岭、竹巴龙、郭布三个乡，最强盛时期还包括云南迪庆的中甸（今香格里拉县）和阿墩子（今德钦县）。巴塘土司与理塘土司、德格土司、明正土司并称为“康区四大土司”。^[1]

巴塘土司在元代为巴塘招讨司，明朝时期被丽江土司吞并。和硕特部的固始汗平定康区之后，巴塘地区归附西藏政权统治之下。1703年，西藏政府派遣陀翁布（巴德娃）、扎西次仁两人为“第巴”（营官），驻扎巴塘。此为巴塘土司之始。1719年，清朝派岳锺琪攻打藏区，以驱逐准噶尔汗国的势力。途经理塘和巴塘，驻守两地的西藏第巴都前来投降。清朝在巴塘设置巴塘宣抚司，任命陀翁布为正营官（正土司），扎西次仁为副营官（副土司）。清廷虽然规定巴塘与理塘两个土司“照流官例，开缺题补”，但事实上土司一职基本上是由同一个家族继承的。^[1]

1725年雍正帝在岳锺琪的建议下实行藏区分治，将巴塘和理塘从达赖喇嘛直辖的西藏划出归四川管，其土司都由清廷任命。巴塘土司管辖的中甸、阿墩子两地也被划出，归云南省管辖。根据《卫藏通志》记载，巴塘土司共管辖地方寨落33处、头人29名、百姓6920户和大小喇嘛2110众，并且有按年上缴粮食赋税、承当差役、挽运年糈等职责。^[1]

1903年，光绪帝委派驻藏大臣凤全对康区经营。他野蛮干涉当地事务，并鼓动汉人移民康区进行开垦。这引起了当地广大藏人的不满，最终在1905年因为宗教和民族冲突引发巴塘事变，凤全在巴塘被杀。随后，巴塘土司和理塘土司一起举起反清大旗。川滇边务大臣赵尔丰奉命率军镇压，巴塘正土司扎西吉村（罗进宝）、副土司郭宗扎保（扎巴吉村）都兵败被俘。赵尔丰对巴塘起义军进行残酷镇压，屠杀藏民数百人，尸体抛入金沙江。又将正副土司等起义军首领“剜心沥血，以祭凤全”。邻近的乡城人准备支援巴塘，又遭赵尔丰血腥围剿，屠杀僧俗一千二百余人，捣毁当地藏传佛教寺院，致使当地民不聊生。^[2]经此事变之后，巴塘、理塘二土司被赵尔丰强制“改土归流”，正式废除。