南苏丹历史包括现今南苏丹领土和居住在该地区的人民的历史。

考古证据显示，一些畜牧牛群的人们从公元前3000年至今一直存在，并且尼罗河文化一直延续至今。考古和圆形房屋证明当地人为努比亚前以及整个第25王朝的统治和财富作出巨大贡献。自14世纪起，尼罗河开始泛滥。这和基督教的努比亚王国崩溃，以及阿拉伯人的进入吻合。

16世纪，在尼罗河语族中最为强大的是实鲁克人。在Nyikang的领导下，他们从东部进入白尼罗河河岸。Nyikang在约公元1490年至1517年间统治实鲁克人。^[1]

非尼罗河语族的阿赞德人于16世纪进入南苏丹。阿赞德人是南苏丹第三大民族。

1821年，由于埃及穆罕默德·阿里王朝的入侵，塞纳尔苏丹灭亡。在巩固了北方之后，埃及部队开始进入南方。埃及尝试着建立一些据点，但是疾病和叛逃使得他们选择放弃。

在19世纪50年代，由于缺乏正式的权威统治，一些强大的商业家开始填补这些区域。其中最为著名的是控制着加扎勒河和其他一些南苏丹地区的祖拜尔·拉赫马·曼苏尔。他一个从喀土穆而来的富商。他雇佣了私人军队而向南来到南苏丹。

埃及伊斯玛帕厦非常关注祖拜尔势力的增长。他建立了赤道省，并且开始殖民这里。1869年他开始雇佣英国探险家贝克管理这块区域，但是没有成功。1873年，伊斯玛任命祖拜尔担任总督。伊斯玛仍然受到祖拜尔的权力威胁。1874年，英国人戈登被任命为总督。1877年，祖拜尔前往开罗要求担任达尔富尔总督，但是遭到逮捕。戈登击败了祖拜尔之子，结束了商人统治这片区域。之后马赫迪起义并没有蔓延到南部非穆斯林区域。1889年，赤道省终结。英国和埃及共同统治苏丹南方。由于种族、宗教、文化等差异，英国原本希望统合苏丹南方和乌干达，但是1947年的朱巴会议决定统合苏丹南、北方。

自从苏丹独立之后，南苏丹地区受到苏丹二次内战的影响。

1955年苏丹南、北方冲突，第一次苏丹内战爆发。1972年在亚的斯亚贝巴签署的《亚的斯亚贝巴协定》给予南方有限度的自治权，内战一时终结。

1983年苏丹总统尼梅瑞（Jaafar Nimeiry）宣布在全国实施伊斯兰律法（Sharia），引起南苏丹地区人民的不满，南方反抗军“苏丹人民解放军”（SPLA）开始对抗苏丹政府，第二次苏丹内战爆发。2005年1月9日，南北双方签署《全面和平协定》（Comprehensive Peace Agreement），结束长达二十一年的内战。协定赋予南苏丹地区的自治权，成立过渡性质的南苏丹自治区和自治政府，苏丹北部实施的伊斯兰律法在南方地区不适用，并同意签署了于2011年1月9日举行决定南苏丹地区是否独立的公民投票。

2011年举行南苏丹独立公民投票。2011年1月30日公布的初步计票结果显示，98.83％参加公投的人支持独立。同年7月9日苏丹总统宣布正式承认南苏丹共和国，南苏丹正式成为非洲的第54个国家。2011年7月14日，第65届联合国大会纽约当地时间7月14日以鼓掌方式一致通过决议，正式接纳南苏丹共和国为联合国第193个会员国。 独立以后所采用的南苏丹国徽，中央为一只非洲鱼鹰，饰带以英文书有“南苏丹共和国”和国家格言“正义，自由，繁荣”。

2013年12月14日，南苏丹的苏丹人民解放军一个派别试图发动政变。萨尔瓦·基尔·马亚尔迪特总统次日宣布已镇压政变成功，但战斗在12月16日恢复，且内战至今。

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