การจัดระเบียบองค์การแบบอิปิสโคปัล (อังกฤษ: Episcopal polity /ɪˈpɪs.kə.pəl/) เป็นการปกครองคริสตจักรรูปแบบหนึ่งที่มีโครงสร้างเป็นลำดับชั้นบังคับบัญชา โดยมีบิชอปหรือมุขนายกเป็นผู้นำของคริสตจักรในระดับท้องถิ่น โครงสร้างเช่นนี้มีมาตั้งแต่สมัยคริสตจักรยุคโบราณ ซึ่งสืบทอดมาเป็นคริสตจักรโรมันคาทอลิก อีสเทิร์นออร์ทอดอกซ์ แองกลิคันคอมมิวเนียน ทั้งนี้บางคริสตจักรที่ไม่ได้สืบสายมาจากสายนี้แต่รับวิธีการบริหารเช่นนี้มาก็มี

คำว่า อิปิสโคปัล มาจากภาษากรีก επίσκοπος (อีปิสโคปอส) แปลว่าผู้ปกครองดูแล ซึ่งเป็นศัพท์ที่มีที่มาเดียวกับคำว่า bishop ในภาษาอังกฤษ

คริสตจักรที่มีการจัดระเบียบองค์การแบบอีปิสโคปัลจะมีบิชอปหรือมุขนายกเป็นผู้ปกครอง แบ่งการปกครองออกเป็นมุขมณฑล ที่ประชุมร่วม หรือซิโนด บิชอปทำหน้าที่ประธานทั้งในศาสนาและการเมือง และประกอบพิธีสำคัญ เช่น การบวช การยืนยันความเชื่อ และการอภิเษก หลาย ๆ คริสตจักรถือว่าบิชอปเป็นตำแหน่งที่มีการสืบต่อจากอัครทูตของพระเยซู จึงเป็นผู้มีสิทธิอำนาจในการปกครองคริสตจักร และถือว่าการปกครองโดยบิชอปเป็นวิธีการบริหารคริสตจักรที่ถูกต้องตามที่ระบุในคัมภีร์ภาคพันธสัญญาใหม่^[1]

ในบางคริสตจักรได้แบ่งบิชอปหรือมุขนายกออกเป็นหลายชั้นหลายประเภท เช่น แบ่งมุขนายกออกเป็นมุขนายกประจำมุขมณฑลและมุขนายกเกียรตินาม มุขนายกแต่ละประเภทยังแบ่งออกเป็นมุขนายกและอัครมุขนายก ทั้งนี้ขึ้นอยู่กับขนบของแต่ละคริสตจักร บิชอปทั้งหลายจะร่วมสามัคคีธรรมกันในรูปของสภาหรือซิโนด สภามักมีหน้าที่เป็นที่ปรึกษาให้กับบิชอปในการดูแลเขตปกครองของตน (ตัวอย่างเช่น สภาประมุขแห่งบาทหลวงโรมันคาทอลิกแห่งประเทศไทย)

ตั้งแต่มีการปฏิรูปศาสนาฝ่ายโปรเตสแตนต์ ชาวโปรเตสแตนต์ส่วนใหญ่ก็เปลี่ยนไปใช้วิธีการปกครองแบบอื่น ได้แก่ แบบเพรสไบทีเรียน แบบคองกริเกชันนาลิสต์ ซึ่งเป็นผลจากแนวคิดของฌ็อง กาลแว็ง นักปฏิรูปศาสนาชาวฝรั่งเศส

• การจัดระเบียบองค์การแบบเพรสไบทีเรียน
• การจัดระเบียบองค์การแบบคองกริเกชันนาลิสต์