การขนส่งในอินโดนีเซีย มีกระจายอยู่ในเกาะกว่า 1,000 แห่งของประเทศ แต่เกาะที่มีปริมาณการขนส่งที่หนาแน่นที่สุดคือเกาะชวา^[1] ประเทศอินโดนีเซีย มีการขนส่งครบทุกรูปแบบ โดยที่มีมากที่สุดคือ ถนน มีครอบคลุมทั่วทั้งประเทศกว่า 437,759 กิโลเมตรในปี ค.ศ. 2008 ส่วนการขนส่งระบบราง มีเฉพาะในเกาะชวาและเกาะสุมาตรา การขนส่งทางทะเล เนื่องจากเป็นประเทศหมู่เกาะ จึงเป็นศูนย์การขนส่งทางทะเลที่สำคัญแห่งหนึ่ง โดยในแต่ละเกาะ จะมีเมืองท่าอย่างน้อย 1 แห่ง ส่วนการขนส่งทางแม่น้ำ พบได้ในสุมาตราตะวันออกและกาลีมันตัน และการขนส่งทางอากาศ มีสายการบินให้บริการมากมาย และมีท่าอากาศยานครอบคลุมทั่วประเทศ

เนื่องจากประเทศอินโดนีเซียเป็นประเทศหมู่เกาะขนาดใหญ่ จึงมีการขนส่งทางเรือในเกือบทุกส่วนของประเทศ ส่วนใหญ่มักจะเป็นเรือบรรจุกล่องสินค้ากับเรือขนส่งผู้โดยสาร เรือที่เป็นที่รู้จักกันมากที่สุด คือ เรือปีนีซีแบบดั้งเดิม ทำด้วยไม้ มักใช้ในการขนส่งสินค้าระหว่างหมู่เกาะสำคัญต่าง ๆ มีท่าเรือที่สำคัญได้แก่ ท่าเรือซุนดาเกอลาปาในจาการ์ตา และท่าเรือปาโอเตเรในมากัซซาร์

เรือข้ามฟากมีให้บริการตามเกาะหลักต่าง ๆ มักเดินเรือในระยะสั้นระหว่างเกาะสุมาตรา เกาะชวา และเกาะบาหลี เรือข้ามฟากมีให้บริการตลอดวัน นอกจากนี้ยังมีเรือข้ามฟากระหว่างประเทศ ไปยังมาเลเซีย (ช่องแคบมะละกา) และสิงคโปร์อีกด้วย

นอกจากนี้ยังมีเรือขนส่งผู้โดยสารไปยังพื้นที่ห่างไกล โดยเฉพาะหมู่เกาะทางตะวันออกของประเทศ คือเรือเป็ลนี ใช้เวลาในการเดินทางประมาณ 2-4 สัปดาห์

ในบางเกาะ ใช้แม่น้ำเป็นทางสัญจรหลัก เช่น ภูมิภาคกาลีมันตัน มีเรือยาวให้บริการตามแม่น้ำ เป็นต้น

อินโดนีเซียมีทางน้ำที่ใช้สัญจรได้ถึง 21,579 กิโลเมตร (ข้อมูลปี ค.ศ. 2005) ซึ่งครึ่งหนึ่งอยู่ในภูมิภาคกาลีมันตัน และอีกครึ่งหนึ่งอยู่บนเกาะสุมาตราและเกาะปาปัว ทางน้ำเป็นทางสัญจรหลักของผู้คนบนเกาะกาลีมันตันและเกาะปาปัวซึ่งมีระบบถนนที่ยังไม่ค่อยดีจะดีนัก ต่างจากเกาะชวาและเกาะสุมาตราซึ่งเป็นเกาะที่มีการพัฒนาสูง^[2] ประเทศอินโดนีเซียติดอันดับที่ 7 ในด้านประเทศที่มีทางน้ำยาวที่สุดในโลก^[3]

เมืองท่าที่สำคัญได้แก่ เมืองจีลาจัป, จีเรอบน, จาการ์ตา, กูปัง, ปาเล็มบัง, เซอมารัง, ซูราบายา และมากัซซาร์ ท่าเรือส่วนใหญ่ดำเนินงานโดยบริษัทการท่าเรืออินโดนีเซีย ซึ่งจะแบ่งการบริหารเป็น 4 ส่วน โดยเริ่มจากส่วนที่ 1 ทางภาคตะวันตก ไปจนถึงส่วนที่ 4 ทางภาคตะวันออก

การขนส่งทางบก มียานพาหนะที่หลากหลายมาก รถโดยสารประจำทางส่วนใหญ่มีให้บริการบนเกาะสุมาตรา เกาะชวา เกาะบาหลี บางสายให้บริการแบบรถด่วน ไม่หยุดรับ-ส่งผู้โดยสารจนกว่าจะถึงสถานีปลายทาง ส่วนรถมินิบัส มีให้บริการระหว่างหมู่บ้านหรือเมืองเล็ก ๆ เท่านั้น

ในเมืองใหญ่ ๆ หลายแห่ง มีรถแท็กซี่วิ่งให้บริการ โดยเฉพาะในจาการ์ตาจะมีรถโดยสารประจำทางของโกปาจา และรถโดยสารประจำทางด่วนพิเศษ ทรานส์จาการ์ตา ยานพาหนะอื่น ๆ อาทิเช่น รถตุ๊กตุ๊ก (บาจัจ) รถสามล้อ (เบอจะก์) ถูกห้ามในพื้นที่ส่วนใหญ่ของจาการ์ตา

ประเทศอินโดนีเซีย เป็นหนึ่งในประเทศที่มีการจราจรติดขัดที่สุดในโลก โดยเฉพาะในจาการ์ตาซึ่งขึ้นชื่อเรื่องการจราจรติดขัดที่สุด เนื่องจากมีปริมาณรถยนต์ที่ใช้งานมากกว่าปริมาณถนนที่มีอยู่

ทางหลวงสายหลักของประเทศ ได้แก่ ทางหลวงเอเชียสาย 2 และทางหลวงสายทรานส์-สุมาตรา

อินโดนีเซียมีถนนลาดยาง 213,649 กิโลเมตร ส่วนที่เหลืออีก 154,711 กิโลเมตร ไม่ได้ลาดยาง (สถิติปี ค.ศ 2002)

อินโดนีเซียมีทางหลวงอยู่หลายสาย ส่วนใหญ่จะเป็นทางหลวงแผ่นดินซึ่งมีอยู่ทั่วไปบนเกาะชวา เกาะสุมาตรา และบางส่วนเป็นทางพิเศษซึ่งทางพิเศษที่มีการเก็บค่าผ่านทางแพงที่สุด คือ ทางพิเศษจีปูลารัง ซึ่งเชื่อมระหว่างจาการ์ตา–บันดุง

ส่วนระบบขนส่งและจราจรอัจฉริยะ (ITS) ได้ถูกนำมาใช้งานครั้งแรกในปี ค.ศ. 2012^[4]

ด ค ก ทางหลวงแผ่นดินในประเทศอินโดนีเซีย
เกาะบาหลี	1 2 3 4 5
เกาะชวา	1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25
เกาะสุมาตรา	1 5 13 20

นี่คือ รายชื่อทางพิเศษในประเทศอินโดนีเซีย (จาลันโตล) บางส่วน

• ทางพิเศษเบอลาวัน-เมดัน-ตันจุงโมราวา (ทางพิเศษเบิลเมอรา)

โครงการ

• ทางพิเศษเมดัน-ท่าอากาศยานนานาชาติกัวลานามู-เตอบิงติงกี ปัจจุบันก่อสร้างได้ร้อยละ 80 แล้ว ส่วนอีกร้อยละ 20 ที่เหลือ ติดปัญหาการเวนคืนที่ดิน^[5]
• ทางพิเศษเมดัน-บินไจ^[6]
• ทางพิเศษเปอกันบารู-กันดิส-ดูรี-ดูไม^[7]
• ทางพิเศษปาเล็มบัง-อินดราลายา^[8]
• ทางพิเศษเตองีเนเน็ง-บาบาตัน^[9]

• ทางพิเศษมากัซซาร์-ท่าอากาศยานนานาชาติสุลต่าน ฮาซานูดดิน
• ทางพิเศษมากัซซาร์

โครงการ :

• ทางพิเศษมานาโด-บีตุง^[10]

ทางพิเศษเซอรางัน-ตันจุงเบอโนอา

สร้างจากตันจุงเบอโนอาไปสิ้นสุดที่เซอรางัน มีระยะทาง 12.7 กิโลเมตร และมีทางวิ่งเฉพาะรถจักรยานยนต์ เปิดใช้งานอย่างเป็นทางการวันที่ 23 กันยายน ค.ศ. 2013 ก่อนการประชุมเอเปค^[11]

โครงข่ายรถไฟส่วนใหญ่จะอยู่บนเกาะชวา โดยบนเกาะชวา จะมีทางรถไฟสายหลักอยู่ 2 สาย และสายย่อยอีกหลายสาย มีให้บริการทั้งรถไฟโดยสารและรถไฟสินค้า นอกจากนี้ยังมีรถไฟชานเมืองวิ่งให้บริการในเขตกรุงจาการ์ตา เรียกว่า กาเอร์เอ็ล โกมูเตอร์ไลน์ และอีกเมืองคือซูราบายา

ในปี ค.ศ. 2008 รัฐบาลมีโครงการก่อสร้างรถไฟฟ้าเชื่อมท่าอากาศยานนานาชาติซูการ์โน-ฮัตตา แต่ยังไม่มีความคืบหน้าของโครงการจนถึงปัจจุบัน นอกจากนี้ เคยมีโครงการรถไฟฟ้ารางเดี่ยวในจาการ์ตา แต่ถูกยกเลิกในปี ค.ศ. 2004 และได้รับการฟื้นฟูอีกครั้งในเดือนตุลาคม ค.ศ. 2013 มีกำหนดเปิดให้บริการในช่วงปี ค.ศ. 2016-2017 ส่วนการรถไฟฟ้าขนส่งมวลชนจาการ์ตา (MRT) กำลังก่อสร้าง และจะเปิดให้บริการในปี ค.ศ. 2018

ส่วนบนเกาะสุมาตราแบ่งโครงข่ายรถไฟเป็น 3 ส่วน ได้แก่

• สุมาตราเหนือ : รอบเมืองเมดัน
• สุมาตราตะวันตก : จากเมืองปารียามัน ไปยังปาดัง
• สุมาตราใต้และลัมปุง : จากเมืองลูบุกลิงเกาไปยังบันดาร์ลัมปุง

สายรถไฟล่าสุดของเกาะสุมาตรา คือ รถไฟฟ้าเชื่อมท่าอากาศยานนานาชาติกูวาลานามู เขตเมืองเมดัน เริ่มให้บริการในเดือนกรกฎาคม ค.ศ. 2013 ใช้เวลาในการเดินทาง 45 นาที

ส่วนบนเกาะกาลีมันตัน มีทางรถไฟขนถ่านหิน ระยะทาง 122 กิโลเมตร^[12]

ข้อมูลเมื่อปี ค.ศ 1989

• ท่อน้ำมันดิบ 2,505 กิโลเมตร
• ท่อปิโตรเลียม 456 กิโลเมตร
• ท่อก๊าซธรรมชาติ 1,703 กิโลเมตร

การขนส่งทางอากาศในอินโดนีเซียมีอยู่ค่อนข้างมาก เพราะใช้เชื่อมต่อระหว่างเกาะต่าง ๆ พันเกาะของอินโดนีเซีย ช่วงปี ค.ศ. 2009-2013 มีผู้โดยสารใช้บริการขนส่งทางอากาศเพิ่มขึ้นร้อยละ 43 โดยเพิ่มจาก 59,384,362 คน ไปเป็น 85,102,827 คน^[13]

ท่าอากาศยานนานาชาติซูการ์โน-ฮัตตาของจาการ์ตา เป็นสนามบินที่มีความสำคัญมากที่สุดในประเทศ แต่อย่างไรก็ตาม สนามบินส่วนใหญ่ของอินโดนีเซียยังอยู่ในสภาพที่ไม่ค่อยจะดีนัก ทำให้เป็นหนึ่งในประเทศที่มีความปลอดภัยด้านอากาศยานที่น้อยที่สุด^[14] อนึ่ง ประเทศอินโดนีเซียมีสนามบินทั้งหมด 676 แห่ง (ข้อมูลปี ค.ศ. 2012)

สนามบินที่มีทางวิ่งลาดยาง

• มากกว่า 3,047 เมตร : 4 แห่ง
• 2,438 – 3,047 เมตร : 22 แห่ง
• 1,524 – 2,437 เมตร : 51 แห่ง
• 914 – 1,523 เมตร : 71 แห่ง
• น้อยกว่า 914 เมตร : 37 แห่ง

รวมทั้งหมด : 185 แห่ง

สนามบินที่มีทางวิ่งไม่ลาดยาง

• 1,524 – 2,437 เมตร : 6 แห่ง
• 914 – 1,523 เมตร : 24 แห่ง
• น้อยกว่า 914 เมตร : 462 แห่ง

รวมทั้งหมด : 491 แห่ง

อินโดนีเซียมีลานจอดเฮลิคอปเตอร์ 76 แห่ง (ข้อมูลปี ค.ศ. 2012)

สายการบินประจำชาติ :

• การูดาอินโดนีเซีย
• เมอปาตีนูซันตาราแอร์ไลน์ (ล้มละลายแล้ว)

สายการบินอื่น ๆ

• รายชื่อสายการบินในประเทศอินโดนีเซีย

• กระทรวงคมนาคม (อินโดนีเซีย)

ด ค ก บทความเกี่ยวกับประเทศอินโดนีเซีย
ประวัติศาสตร์	ก่อนเป็นอาณานิคม อาณานิคม เป็นเอกราช ระเบียบใหม่ ปัจจุบัน
การเมือง	ปัญจศีล รัฐธรรมนูญ ประธานาธิบดี รายชื่อ นายกรัฐมนตรี คณะรัฐมนตรีสหภาพอินโดนีเซียที่สอง สภาที่ปรึกษาประชาชน ความสัมพันธ์กับต่างประเทศ พรรคการเมือง การเลือกตั้ง การทหาร กฏหมาย บังคับใช้กฏหมาย
เศรษฐกิจ	บริษัท การสื่อสาร วิทยาศาสตร์ ตลาดหลักทรัพย์ การท่องเที่ยว การขนส่ง
ภูมิศาสตร์	ธรณีวิทยา เกาะ ทะเลสาบ ภูเขา แม่น้ำ ภูเขาไฟ สวนสาธารณะ สิทธิมนุษยชน LGBT
สังคมและประชากร	นูซันตารา เขตการปกครอง จังหวัด ชนกลุ่มน้อย สาธารณสุข บริการสุขภาพ ภาษาราชการ ภาษาอื่น ๆ ศาสนา สตรี
วัฒนธรรม	สถาปัตยกรรม ศิลปะ ภาพยนตร์ อาหาร นาฏศิลป์ การศึกษา วีรบุรุษ/สตรี เพลงพื้นบ้าน วรรณคดี ปัญจักสีลัต สื่อ ดนตรี เทศกาล กีฬา
สัญลักษณ์	เพลงชาติ ตราแผ่นดิน ธง ครุฑ คำขวัญ อีบูเปอร์ตีวี