W eliminacjach do Pucharu Narodów Afryki 2013 brało udział 46 afrykańskich reprezentacji państwowych. W kwalifikacjach nie uczestniczyli gospodarze turnieju: Południowa Afryka.

W 2010 roku CAF postanowiła, że kolejne turnieje będą odbywały się nie w latach parzystych jak dotychczas, lecz od 2013 roku w latach nieparzystych. Dlatego eliminacje do PNA 2013 musiały zostać rozegrane w bardzo szybkim tempie kilkumiesięcznym, tuż po zakończeniu turnieju PNA 2012. W związku z tym zrezygnowano z klasycznego systemu eliminacji prowadzonej w grupach, a zdecydowano się na dwumecze. Formuła kwalifikacji wyglądała następująco:^[1]

Pierwsza faza kwalifikacji, w której wystąpiły najniżej rozstawione reprezentacje afrykańskie.

Druga faza kwalifikacji, gdy dołączyły zespoły, które nie zakwalifikowały się na PNA 2012.

Trzecia (decydująca) faza kwalifikacji, została rozegrana pomiędzy zwycięzcami drugiej rundy a finalistami Pucharu Narodów Afryki 2012. Piętnaście par (trzydzieści zespołów) walczyło o awans do Pucharu Narodów Afryki 2013. Decydujące mecze zostały rozegrane we wrześniu i październiku 2012 roku.

W eliminacjach uczestniczy kadra Libii - pierwotny gospodarz turnieju, któremu następnie odebrano organizacje PNA 2013.

W eliminacjach nie wzięły udziału reprezentacje  Dżibuti,  Erytrea,  Reunion,  Somalia, Zanzibar,  Komory,  Mauritius,  Mauretania

Początek pierwszej rundy eliminacji nastąpił 8 stycznia 2012. Zwycięzcy dwumeczu awansowali do drugiej fazy.

Drużyna 1	Wynik dwumeczu	Drużyna 2	Pierwszy mecz	Drugi mecz
Seszele	wo. *	Suazi	---	---
Wyspy Świętego Tomasza i Książęca	1:0	Lesotho	1:0	0:0
Po lewej gospodarz pierwszego meczu.

• Mecz Seszele - Suazi został odwołany, jako że reprezentacja państwa Suazi wycofała się z udziału w eliminacjach z powodu kłopotów finansowych. Tym samym Seszele automatycznie awansowały do drugiej fazy.

15 stycznia 2012 16:30	Wyspy Świętego Tomasza i Książęca Jair  3' (k.)	1:0 (1:0)	Lesotho	Estádio Nacional 12 de Julho, São Tomé

22 stycznia 2012 14:00	Lesotho	0:0	Wyspy Świętego Tomasza i Książęca	Setsoto Stadium, Maseru

Początek drugiej rundy eliminacji nastąpił 29 lutego 2012. Zwycięzcy dwumeczu awansowali do trzeciej fazy.

Drużyna 1	Wynik dwumeczu	Drużyna 2	Pierwszy mecz	Drugi mecz
Rwanda	0:2	Nigeria	0:0	0:2
Egipt	3:4	Republika Środkowoafrykańska	2:3	1:1
Gwinea Bissau	0:2	Kamerun	0:1	0:1
Gambia	2:6	Algieria	1:2	1:4
Liberia	1:0	Namibia	1:0	0:0
Etiopia	1:1 (br.wyj.)	Benin	0:0	1:1
Kongo	3:5	Uganda	3:1	0:4
Burundi	2:2 (br.wyj.)	Zimbabwe	2:1	0:1
Kenia	2:2 (br.wyj.)	Togo	2:1	0:1
Wyspy Świętego Tomasza i Książęca	4:5	Sierra Leone	2:1	2:4
Czad	3:4	Malawi	3:2	0:2
Seszele	0:7	Demokratyczna Republika Konga	0:4	0:3
Tanzania	2:2 (kar.7:8)	Mozambik	1:1	1:1 (dogr.)
Madagaskar	1:7	Republika Zielonego Przylądka	0:4	1:3
Po lewej gospodarz pierwszego meczu.

29 lutego 2012 14:30	Rwanda	0:0	Nigeria	Stade Régional Nyamirambo, Kigali

16 czerwca 2012 17:00	Nigeria Uche  9' Musa  56'	2:0 (1:0)	Rwanda	U. J. Esuene Stadium, Calabar

15 czerwca 2012 20:00	Egipt Zidan  10' Salah  48'	2:3 (1:1)	Republika Środkowoafrykańska  26', 63' Momi  71' Manga	Stadion Borg El Arab, Aleksandria

30 czerwca 2012 16:00	Republika Środkowoafrykańska Kéthévoama  24'	1:1 (1:0)	Egipt  71' Motaeb	Barthélemy Boganda Stadium, Bangui

29 lutego 2012 17:30	Gwinea Bissau	0:1 (0:0)	Kamerun  90' Choupo-Moting	Estádio 24 de Setembro, Bissau

16 czerwca 2012 16:35	Kamerun Moukandjo  80'	1:0 (0:0)	Gwinea Bissau	Stade Omnisports, Jaunde

29 lutego 2012 17:30	Gambia Ceesay  27'	1:2 (1:0)	Algieria  56' Yahia  58' Feghouli	Independence Stadium, Bakau

15 czerwca 2012 21:20	Algieria Kadir  1' Slimani  6', 48', 64'	4:1 (2:1)	Gambia  14' Gassama	Stade Mustapha Tchaker, Al-Bulajda

29 lutego 2012 17:00	Liberia Williams  67'	1:0 (0:0)	Namibia	Antoinette Tubman Stadium, Monrovia

16 czerwca 2012 19:30	Namibia	0:0	Liberia	Independence Stadium, Windhuk

29 lutego 2012 14:00	Etiopia	0:0	Benin	Addis Abeba Stadium, Addis Abeba

17 czerwca 2012 17:00	Benin Poté  20'	1:1 (1:1)	Etiopia  45' Girma	Stade de l’Amitié, Kotonu

29 lutego 2012 15:30	Kongo Ondama  1' Oniangué 77' (k.), 85'	3:1 (1:1)	Uganda  29' Sserumaga	Stade Municipal, Pointe-Noire

16 czerwca 2012 15:00	Uganda Mwesigwa  33' Walusimbi  51' (k) Massa  63' Okwi 86'	4:0 (1:0)	Kongo	Nelson Mandela National Stadium, Kampala

29 lutego 2012 14:30	Burundi Mavugo  46' Nahayo  90+5'	2:1 (0:0)	Zimbabwe  65' Musona	Stade Prince Louis Rwagasore, Bużumbura

17 czerwca 2012 15:00	Zimbabwe Musona  36'	1:0 (1:0)	Burundi	Narodowy Stadion Sportowy, Harare

29 lutego 2012 15:00	Kenia Situma  24' Wanga  66'	2:1 (1:1)	Togo  42' Boukari	Nyayo National Stadium, Nairobi

17 czerwca 2012 17:30	Togo Gakpé  61'	1:0 (0:0)	Kenia	Stade de Kégué, Lomé

29 lutego 2012 16:00	Wyspy Świętego Tomasza i Książęca Jair  65' (k.) Caulker  86' (sam.)	2:1 (0:0)	Sierra Leone  55' Al-Hadji Kamara	Estádio Nacional 12 de Julho, São Tomé

16 czerwca 2012 18:30	Sierra Leone K. Kamara  17', 33' Bangura  21', 40'	4:2 (4:1)	Wyspy Świętego Tomasza i Książęca Jair  2' Varela  47'	Stadion Narodowy, Freetown

29 lutego 2012 15:00	Czad Labbo  38' Leger  45+3', 53'	3:2 (2:1)	Malawi  42', 67' Nyondo	Stade Nacional, Ndżamena

16 czerwca 2012 14:30	Malawi Banda  31' Kamwendo  73'	2:0 (1:0)	Czad	Kamuzu Stadium, Blantyre

29 lutego 2012 14:30	Seszele	0:4 (0:2)	Demokratyczna Republika Konga  11', 48' Kaluyituka  28' Mputu  90' Basilua	Stade Linité, Roche Caiman

17 czerwca 2012 16:30	Demokratyczna Republika Konga Mbokani  38' Mpeko  45' Déo Kanda  84'	3:0 (2:0)	Seszele	Stade des Martyrs, Kinszasa

29 lutego 2012 14:00	Tanzania Kazimoto  42'	1:1 (1:1)	Mozambik  23' Clésio	Benjamin Mkapa National Stadium, Dar es Salaam

17 czerwca 2012 15:00	Mozambik Sitoe  10'	1:1 (Dogr.) (kar.8:7) (1:0)	Tanzania  90+2' Morris	Estádio da Machava, Maputo

29 lutego 2012 12:30	Madagaskar	0:4 (0:2)	Republika Zielonego Przylądka  11' Mendes  39' Dady  77' F. Varela  81' T. Varela	Stade Municipal de Mahamasina, Antananarywa

16 czerwca 2012 19:30	Republika Zielonego Przylądka Mendes  9' Djaniny  55' Zé Luís  81'	3:1 (1:0)	Madagaskar  83' Voavy	Estádio da Várzea, Praia

Losowanie odbyło się 5 lipca 2012 w Johannesburgu^[2]. Pierwsze spotkania trzeciej fazy eliminacji odbyły się 8 września 2012, a rewanże 13 i 14 października 2012. Zwycięzcy dwumeczu zakwalifikowali się do Pucharu Narodów Afryki 2013.

Drużyna 1	Wynik dwumeczu	Drużyna 2	Pierwszy mecz	Drugi mecz
Mali	7:1	Botswana	3:0	4:1
Zimbabwe	3:3 (br.wyj.)	Angola	3:1	0:2
Ghana	3:0	Malawi	2:0	1:0
Liberia	3:8	Nigeria	2:2	1:6
Zambia	1:1 (kar.9:8)	Uganda	1:0	0:1(dogr.)
Republika Zielonego Przylądka	3:2	Kamerun	2:0	1:2
Mozambik	2:4	Maroko	2:0	0:4
Sierra Leone	2:2 (br.wyj.)	Tunezja	2:2	0:0
Gwinea	1:2	Niger	1:0	0:2
Sudan	5:5 (br.wyj.)	Etiopia	5:3	0:2
Libia	0:3	Algieria	0:1	0:2
Wybrzeże Kości Słoniowej	6:2	Senegal	4:2	2:0
Demokratyczna Republika Konga	5:2	Gwinea Równikowa	4:0	1:2
Gabon	2:3	Togo	1:1	1:2
Republika Środkowoafrykańska	2:3	Burkina Faso	1:0	1:3
Po lewej gospodarz pierwszego meczu.

8 września 2012 19:00	Mali Diabaté  27' (k) N’Diaye  53' Maïga  77'	3:0 (1:0)	Botswana	Stade 26 mars, Bamako

13 października 2012 15:00	Botswana Sembowa  88'	1:4 (0:1)	Mali  29' Diabaté  56' Maïga  72' Samassa  82' Traoré	Botswana National Stadium, Gaborone

9 września 2012 15:00	Zimbabwe Mateus  4' (sam.) Billiat  21' Gutu  35'	3:1 (3:0)	Angola  56' Djalma	Narodowy Stadion Sportowy, Harare

14 października 2012 17:00	Angola Manucho  5', 7'	2:0 (2:0)	Zimbabwe	Estádio Nacional de Ombaka, Benguela

8 września 2012 17:00	Ghana Atsu  8' Annan  53'	2:0 (1:0)	Malawi	Ohene Djan Sports Stadium, Akra

13 października 2012 14:30	Malawi	0:1 (0:1)	Ghana  3' Acquah	Kamuzu Stadium, Blantyre

8 września 2012 20:00	Liberia Roberts  8' Oliseh  66'	2:2 (1:2)	Nigeria  22' Igiebor  26' (k) Uche	Samuel Kanyon Doe Sports Complex, Paynesville

13 października 2012 17:00	Nigeria Ambrose  2' Musa  38' Moses  47', 86' Mikel  52' (k) Uche  72'	6:1 (2:0)	Liberia  81' Wleh	Abuja Stadium, Abudża

8 września 2012 15:00	Zambia Katongo  20'	1:0 (1:0)	Uganda	Levy Mwanawasa Stadium, Ndola

13 października 2012 15:05	Uganda Massa  27'	1:0 (Dogr.) (kar.8:9) (1:0)	Zambia	Nelson Mandela National Stadium, Kampala

8 września 2012 19:00	Republika Zielonego Przylądka Ricardo  22' Djaniny  61'	2:0 (1:0)	Kamerun	Estádio da Várzea, Praia

14 października 2012 16:00	Kamerun Emana  22' Olinga  90+4'	2:1 (1:1)	Republika Zielonego Przylądka  12' Héldon	Stade Omnisports, Jaunde

9 września 2012 15:00	Mozambik Manuelito II  74' Pelembe  90+3'	2:0 (0:0)	Maroko	Estádio do Zimpeto, Maputo

13 października 2012 22:00	Maroko Barrada  39' Kharja  64' (k) El-Arabi  85' Amrabat  90+4'	4:0 (1:0)	Mozambik	Stade Mohamed V, Casablanca

8 września 2012 18:40	Sierra Leone Suma  8' A. Kamara  84'	2:2 (1:0)	Tunezja  64' Gharbi  88' Msakni	Stadion Narodowy, Freetown

13 października 2012 20:15	Tunezja	0:0	Sierra Leone	Stadion Olimpijski, Radis

9 września 2012 19:00	Gwinea Yattara  50'	1:0 (0:0)	Niger	Stade de Nongo, Konakry

14 października 2012 17:00	Niger Chikoto  74' Garba  85'	2:0 (0:0)	Gwinea	Stade Général Seyni Kountché, Niamey

8 września 2012 19:00	Sudan Mudathir El Tahir  8' Bashir  27' Omer  36' Muhannad Tahir  85' (k), 90+2'	5:3 (3:1)	Etiopia  15', 50' Kebede  69' Girma	Stade de Khartoum, Chartum

14 października 2012 15:00	Etiopia Girma  61' Said  64'	2:0 (0:0)	Sudan	Addis Abeba Stadium, Addis Abeba

9 września 2012 19:00	Libia	0:1 (0:0)	Algieria  89' Soudani	Stade Larbi Zaouli, Casablanca

14 października 2012 21:30	Algieria Soudani  6' Slimani  7'	2:0 (2:0)	Libia	Stadion 5 Lipca 1962, Algier

8 września 2012 19:00	Wybrzeże Kości Słoniowej Kalou  45' Gervinho  65' Drogba  81' (k) Gradel  85'	4:2 (1:1)	Senegal  35' N’Doye  60' Cissé	Stade Félix Houphouët-Boigny, Abidżan

13 października 2012 20:30	Senegal	0:2* (0:0)	Wybrzeże Kości Słoniowej  52', 71' (k) Drogba	Stade Leopold Senghor, Dakar

• Mecz przerwany w 77 minutcie z powodu zamieszek.

9 września 2012 16:30	Demokratyczna Republika Konga Mbokani  55', 74', 81' Déo Kanda  64'	4:0 (0:0)	Gwinea Równikowa	Stade des Martyrs, Kinszasa

14 października 2012 19:00	Gwinea Równikowa Balboa  23' Konaté  35'	2:1 (2:1)	Demokratyczna Republika Konga  43' Mputu	Nuevo Estadio de Malabo, Malabo

8 września 2012 16:30	Gabon Cousin  64'	1:1 (0:0)	Togo  83' Adebayor	Stade d’Angondjé, Libreville

14 października 2012 17:35	Togo Wome  36' Adebayor  57'	2:1 (1:0)	Gabon  80' Cousin	Stade de Kégué, Lomé

8 września 2012 16:00	Republika Środkowoafrykańska Mabidé  21'	1:0 (1:0)	Burkina Faso	Barthélemy Boganda Stadium, Bangi

14 października 2012 20:00	Burkina Faso Traoré  18', 90+6' Dagano  40' (k)	3:1 (2:1)	Republika Środkowoafrykańska  7' Manga	Stadion 4 Sierpnia, Wagadugu

4 gole

• Dieumerci Mbokani
• Islam Slimani

3 gole

• Didier Drogba
• Adane Girma
• Jair
• Ikechukwu Uche

2 gole

25 zawodników

1 gol

99 zawodników

Samobójcze

• Christian Caulker dla Wysp Świętego Tomasza i Książęcej
• Mateus dla Zimbabwe