Den ortodokse kirke er i Tyskland representert med bispedømmer og menigheter av flere av dens særkirker.

Det bulgarsk-ortodokse bispedømmet med ansvar for Tyskland er Vest- og Mellom-Europa eparki med sete i Berlin. Det ble etablert i 1980 og har åtte menigheter.

Den gresk-ortodokse kirke er representert i Tyskland med en rekke bispedømmer som er underlagt to forskjellige patriarkater:

• Det økumeniske patriarkatets bispedømmet Tyskland med sete i Bonn. Det ble etablert i 1969 og har rundt 70 menigheter.
• Antiokia-patriarkatets bispedømmet Europa med sete i Paris. Det ble etablert i 2000 og har 18 menigheter i Tyskland.

Det rumensk-ortodokse bispedømmet med ansvar for Tyskland er Tyskland og Sentral-Europa erkebispedømme med sete i München, som er del av metropolitandistriktet Tyskland, Sentral- og Nord-Europa med sete i Nürnberg. Det ble etablert i 1994 og har 50 menigheter.

Den russisk-ortodokse kirke er representert ved en rekke menigheter som hører til tre ulike bispedømmer:

• det økumeniske patriarkatets eksarkat for ortodokse menigheter av russisk tradisjon i Vest-Europa med sete i Paris, grunnlagt 1921 (fire menigheter);
• den russisk-ortodokse utenlandskirkens eparki Berlin og Tyskland med sete i München, grunnlagt i 1926 (43 menigheter);
• Moskva-patriarkatets eparki Berlin og Tyskland med sete i Berlin, grunnlagt i 1945 (64 menigheter).

Det serbisk-ortodokse bispedømmet med ansvar for Tyskland er Mellom-Europa eparki med sete i Hildesheim. Det ble etablert i 1990 og har 20 menigheter.

Det ukrainsk-ortodokse bispedømmet med ansvar for Tyskland er London og Vest-Europa eparki med sete i Genk (Belgia). Det hører til den ukrainsk-ortodokse diasporakirke og er underlagt den økumeniske patriark. Det ble etablert i 1945 og har åtte menigheter.

Av kirkesamfunn som betrakter seg selv som ortodokse, men som ikke er i kommunion med de øvrige ortodokse kirker, kan nevnes:

• Den makedonsk-ortodokse kirke, som har 13 menigheter i Tyskland, som sogner til Europa bispedømme med sete i Malmö (Sverige).

• Den orientalsk-ortodokse kirke i Tyskland

• Den bulgarsk-ortodokse kirke i Vest- og Sentral-Europa
• Den antiokenske gresk-ortodokse kirke i Tyskland
• Den bysantinske gresk-ortodokse kirke i Tyskland
• Den makedonsk-ortodokse kirke i Tyskland
• Den rumensk-ortodokse kirke i Tyskland
• Den russisk-ortodokse kirke i Tyskland (Moskva-patriarkatet)
• Den russisk-ortodokse utenlandskirke i Tyskland
• Den serbisk-ortodokse kirke i Tyskland
• Den ukrainsk-ortodokse kirke i Tyskland