En mikroorganisme (mikrobe) er en organisme som er så lille, at den kun kan ses i et mikroskop.

Ofte omtaler man mikroorganismer som levende enzymfabrikker, da de kan indeholde flere millioner enzymer. Man udnytter dog også mikroorganismer i industrien; i den industrielle sammenhæng gæres mikroorgansimer i store tanke, hvor der bliver produceret enzymer, som fx bruges til gødning eller fremstilling af vaskemiddel. Derfor kan man med sikkerhed sige, at enzymer anvendes i flere forskellige processer. I dag er det også muligt, at indsplejse en DNA streng så den danner de proteiner man ønsker at fremstille. Det er blandt andet den proces, der foretages, når insulin fremstilles.

Ved rensning af vand hjælper bakterier også med at rense fx industrispildevand. Populært sagt siger vi, at mikroorgansimerne æder affaldet og omdanner det til kuldioxid, vand og salte. Med tiden indgår disse elementer igen i naturens økologiske kredsløb.

Knoldbakterier binder stoffet nitrogen, og med denne proces skaber de dermed det primære grundlag for, at planter kan overleve i naturen. En anden vigtig funktion opstår under processen: forrådnelse. Når dødt organisk materiale bliver nedbrudt, bliver der dannet ammoniak. Når dette stof kommer i kontakt med vand, dannes der et ammoniumion. Dette ammoniumion bliver omdannet til nitritioner ved hjælp af effektive nitritbakterier. Derefter omdanner nitrat nitritioner til nitrationer. De mange kemiske reaktioner resulterer i det vi kalder nitrifikationsprocessen.

Denne proces medfører, at planter kan få de næringstoffer, som de har brug for til deres overlevelse. Alligevel kan visse problemer opstå; hvis planter modtager mere næring, end de kan optage, kan næringen blive udnyttet af alger. Formerer algerne sig, medfører det, at underhavsplanter ikke kan få det nødvendige sollys til deres fotosyntese. I stedet foretager disse planter respiration. Dette vil resultere i iltsvind, der medfører fiske- og plantedød. Ved nebrydelsen af disse forsvinder endnu mere ilt.

Følgende organismegrupper indeholder arter som er mikroorganismer:

• bjørnedyr
• amøbe
• protozo
• alge
• rødalge
• brunalge
• grønalge
• plankton
• svampedyr
• eubacteria
• arker
• stramenopila
• Vira
• Gærsvampe
• Parasitter

Se Wiktionarys definition på ordet: mikroorganisme

• liv i rummet

• Mikroorganismer. Biotech Academy Arkiveret 9. juni 2013 hos Wayback Machine
• 3.12.2003, Ing.dk: Bakterier skal afvises – ikke dræbes Modermælk og tranebærsaft indeholder stoffer, der forhindrer bakterier i at binde sig til kroppens slimhinder. Citat: "...Mikroberne har haft millioner af år til at udvikle resistens overfor denne teknik, der »trækker tæppet bort under dem«, men det er ikke lykkedes..."
• BBC News, 28 September, 2001: The microbes that 'rule the world' Citat: "... The Earth's climate may be dependent upon microbes that eat rock beneath the sea floor, according to new research....The number of the worm-like tracks in the rocks diminishes with depth; at 300 metres (985 feet) below the sea floor, they become much rarer..."
• BBC News, 14 October, 2002, Earth 'depends on creepy-crawlies'
• BBC News, 10 July, 2000, Snow microbes found at South Pole Citat: "...able to survive the large doses of ultraviolet radiation, extreme cold and darkness...The microbes have DNA sequences similar to a category of bacteria known as Deinococcus..."
• BBCNews: 16 January, 2002, Tough bugs point to life on Mars Citat: "...This research demonstrates that certain microbes can thrive in the absence of sunlight by using hydrogen gas..."
• Ingeniøren: 14.04.2002 Brint-spisende bakterier fundet under jorden Nye undersøgelser viser, at der findes enorme mængder bakterier under jorden, der lever af brint.
• BBCNews: 17 January, 2002, Alien life could be like Antarctic bugs
• 31 January, 2004, BBC News: Microbes 'are living antibiotic' Citat: "...Once it has collided with a potential prey cell, it attaches itself to it, pulling itself close using long retractable fibres...It can then produce chemicals which can cut a hole in the cell wall, pull itself in and start consuming the cell from the inside..."
• 01.02.2004, Ing.dk: Dresserede bakterier gør underlivet surt Svensk hygiejnegigant satser på intelligente trusseindlæg. Citat: "...hvorefter de først vågner op, når kvinden tager trusseindlægget på. Herefter bevæger de sig over på huden og begynder at arbejde..."