战前，日本政府的计划是通过压制敌方空军基地以防本土遭袭。此时，苏联在远东地区部署的空军力量被认为是对其本土的主要威胁。日本军方计划一旦日苏开战即摧毁能将日本列岛纳入航程的苏军机场。太平洋战争爆发后，位于中国和太平洋上的部分机场成为了对日空袭的潜在基地。而日本政府认为消解美军空袭威胁的最佳手段就是占领并控制上述区域。日方也并不认为盟军有实力能夺回那些基地。但是，日本也预见到了盟军可能会用自航母上起飞的海军飞机对本土进行小规模的轰炸。但他们却并未选择加强防御力量，因为日本深知以本国的工业实力并不能同时满足在中国方向的进攻需要和在本土的防御需要。

在太平洋战争爆发后的最初几个月中，在本土只驻防了很少的空军单位和防空炮兵。尽管在1941年7月成立了防卫总司令部以统管本土防御，但是本土的战斗单位仍全部分配至四个区域性的军（北部军、东部军、中部军和西部军）。而这四支部队直接向陆军省负责。其结果就是防卫总司令部的功能被限制在大本营和陆军部队间协调沟通。1942年初，

六月中旬，阿诺德视察了李梅位于塞班的总部。在这次视察中，他同意第21航空军在继续打击先前主要目标的基础上，对25个较小的城市进行空袭。这些城市人口在62280人至323000人之间。这项决定并未参考美国战略轰炸调查团（USSBS）的建议。USSBS在评估对德空袭的效果后，建议对日空袭应主要打击其国内交通网及其他目标以瘫痪其货物流通及破坏食品供给。

作为帝国计划的一部分，共实施了五次大规模的精确轰炸。六月九日，两组B-29空袭了位于长崎奈良尾町的飞行工厂；另两组B-29轰炸了位于热田的一处工厂。两处设施均遭到严重破坏。还有一组超级堡垒原本去轰炸明石的川崎飞机制造厂，但却意外地空炸了邻近的一个村庄。翌日，在107架P-51的护航下，第21航空军的轰炸机成功地袭击了东京湾区域的六处工厂。

1944年中，美国海军要求B-29可以再日本海岸附近布雷以加强对日封锁。阿诺德及其幕僚对这项提议并不热情，他们认为此举将转移过多的B-29