另一处，枢木朱雀向神圣不列颠帝国皇帝查尔斯·Di·不列颠以及他的圆桌骑士们承诺，杀死Zero将是他的使命。

在中华联邦领事馆里放出的影像中，Zero发表了他的回归以及建立日本合众国的宣言。

回到学校的鲁路修调查了妹妹娜娜莉的下落，发现整个学院的人都被篡改了记忆，以抹除娜娜莉存在的痕迹。

作为代理总督的吉尔伯特·G·P·吉尔福德向潜居于中华联邦领事馆内的Zero发出最后通牒，要么自己揭露Zero的身份，要么让被监禁的黑色骑士团成员面临公开处决。为此，鲁路修制定了一个计划，利用外出给表面身份为学院老师的维蕾塔购买生日礼物的机会制造混乱，分散一路监视他的特勤局成员的注意。同时试图潜回特勤局在学院地下的指挥部，利用Geass来对付罗洛。然而他的计划失败了，罗洛利用停止时间的Geass夺走了鲁路修对准他的枪。

与此同时，中华联邦领事馆武官黎星刻判断了现状，将中华联邦驻11区大宦官高亥杀死并接管了中华联邦领事馆。

随着最后期限的临近，吉尔福德准备处决被俘的黑色骑士团成员。此时Zero出现提出要与吉尔福德一对一决戰。然而Zero利用操控租界地板构造的手段，使不列颠军和即将被处决的黑色骑士团成员尽数落入中华联邦领事馆领内。在那里由于治外法权限制，不列颠军不得发动攻击。就在一众黑色骑士团成员营救自己的同伴时，罗洛试图追击并杀死背叛他的鲁路修。鲁路修在此安排了一场作秀，看似反手拯救了罗洛的性命，实则利用罗洛珍视他们之间即便是虚伪的兄弟关系，说服了罗洛暗中投靠鲁路修的阵营。

另一边，朱雀回到了阿什弗德学院去确认鲁路修是否已经恢复了记忆。为此，学院举办了一个欢迎会来欢迎朱雀的回归。而圆桌骑士中的第三和第六骑士也分别到达11区。由于鲁路修试图隐藏C.C.的存在，因此她在欢迎会上的出现间接引发了一系列的混乱。

在利用Geass秘密接管特勤局后鲁路修以与扇要之间的关系为要挟，逼迫维蕾塔成为他的眼线。

在晚间舞会时的天台上，朱雀让鲁路修与即将赴任11区总督的娜娜莉通话，以测试他是否恢复了记忆。

鲁路修率领黑色骑士团计划在娜娜莉被飞艇送往11区前在大洋上空救走她。在成功登陆飞艇后，Zero试图说服娜娜莉不列颠是利用她作为一个有名无实的总督。但娜娜莉透露是她自愿當總督的，她希望重啟日本特别行政区政策，并请Zero加入她。此时不列颠的援军赶到阻止了黑色骑士团的进攻，而朱雀也趁机夺回了娜娜莉。

明知自己不能与妹妹为敌，鲁路修陷入沮丧情绪中。在他正要沉沦于毒品“重温旧梦”中时，卡莲突然出现提醒他身为Zero的责任。

与此同时，黑色骑士团受到了由朱雀领导的不列颠海军的攻击。在重新认识自己的愿望后，鲁路修返回战线指挥黑色骑士团利用海底地形反败为胜，并当场宣布他将接受娜娜莉总督的提议，带领黑色骑士团加入日本特别行政区。

在日本特别行政区开幕典礼上，就在不列颠宣布将Zero放逐之后，所有参会的11区民众都换上了Zero的服装。这让朱雀在大屠杀和放走一百万“Zero”中不得不选择后者，将所有人都放逐。于是所有与会者都光明正大地登上冰船離開不列顛尼亞。

就在婚礼开始时，黎星刻发动了政变力图推翻大宦官们的统治以拯救天子。在混乱中，Zero出现并脅持天子为人质。

就在卡莲驾驶未补充能源的红莲可翔式迎击神虎时，红莲能量耗尽，卡莲被俘。黑色骑士团只能转而掉头正面迎击前来的追兵。

就在黑色骑士团被迫撤至天帝八十八陵時，大宦官部队和不列颠军将枪口轉向黎星刻和他麾下的起义军。

广播导致中华联邦境内多地爆发动乱，迫使不列颠方出于政治考虑撤退。而在处死阴谋败露的大宦官集团后，Zero与以黎星刻、天子为首的中华联邦政府结盟。在得到夏莉关于思念的力量的表述后，Zero也放弃了将天子用作政治联姻筹码的想法。

当鲁路修回到阿什弗德学院后，他发现圆桌骑士中的阿和吉诺都被录取为学院学生。

不久之后，杰瑞米亚·戈特瓦尔德达11区东京租界区，并在公共场所测试他的“Geass消除器”，偶然地消除了夏莉之前中的Geass，并恢复了她对娜娜莉、鲁路修和Zero的记忆。

夏莉与她恢复的记忆达成了和解，并希望朱雀与她一样原谅鲁路修。就在她找到鲁路修之前，罗洛先一步找到了她。当夏莉透露娜娜莉是鲁路修真实妹妹的身份时，罗洛射杀了她。鲁路修最终发现了垂死的夏莉。在临死前，夏莉向鲁路修表达了自己的心意。

作为报复，鲁路修向Geass教团所在地发动了攻击，并命令杀死教团内所有人。此时教团现任教主V.V.驾驶齐格飞试图阻止黑色骑士团。然而他最终被鲁路修和柯内利亚·Li·不列颠联手击败。

在这之后，鲁路修被传送到一个迥异于世的维度，在那里一个被称为阿卡夏之剑的地方见到了皇帝查尔斯。

在另一边，由于怀疑是鲁路修杀害了夏莉，朱雀决定用毒品逼供卡莲。

在阿卡夏之剑存在的被称为C的世界的空间里，鲁路修发现其父查尔斯居然是不死之身。C.C.也在Geass教团的废墟中发现了V.V.，并得知他的Code已经被查尔斯夺走，失去永生之力。

朱雀发现他自己无法像鲁路修那样用卑劣的手段达到目的，于是放弃了用毒品来对卡莲的审讯。而就在他调查阿什弗德学院时发现特勤局已被控制。

与此同时，维蕾塔与扇要在树林中会面并计划将其杀死，但扇要坦言已经爱上了她。

C.C.进入到C的世界并揭示她最终的愿望是获得死亡以摆脱永恒的生命。为了从查尔斯手中救下鲁路修，C.C.将他传送到自己的潜意识中。在那里鲁路修看到了C.C.的过去并明白了C.C.真正的愿望，因此重新回到阿卡夏之剑救下即将被查尔斯杀死的C.C.。之后二人回到现实，但鲁路修发现C.C.已经失忆，变成了获得Geass力量之前的样子。

另一边，尼娜成功试爆了弗雷亚弹头。

圆桌骑士成员和大量不列颠军兵力在11区集结，尼娜研制的弗雷亚弹头也正式装备在了兰斯洛特上。

黑色骑士团联合47个国家成立了超合众国，并正式向不列颠帝国宣战。在成立大会上，黑色骑士团作为放弃国家军事力量的超合众国所雇佣的武装力量接受了第一号决议——解放日本。

就在典礼进行时，皇帝查尔斯突然出现在屏幕上打断了公告，并表示为了世界本身向Zero发出挑战。

由于担心娜娜莉的安危，鲁路修向朱雀承认了自己的身份并请求朱雀拯救娜娜莉。朱雀同意了鲁路修的请求，条件是要他单独前往11区见面。

黑色骑士团正式向11区海域发起攻击，但团内诸位成员对Zero的认可有所动摇。

朱雀与鲁路修在神社会面。经过一番争执后，鲁路修还是设法赢得了朱雀的认可，约定结束战争恢复和平的世界。然而此时修奈泽尔出现令自己的手下将鲁路修逮捕，并且确信朱雀已经背叛了帝国。

就在修奈泽尔与鲁路修单独对话时，鲁路修被守卫在外已经中了Geass的吉尔福德救出。

鲁路修利用此前已经設置好的G列车瘫痪了整个东京租界。黑色骑士团也开始发动总攻。

潜回东京租界的罗洛试图找到娜娜莉并将她杀死。另一边，潜入市政厅的咲世子解救了卡莲并将她带到存放已经被大幅改造过的红莲的地方。凭借能力大幅提升的红莲，卡莲归队并击退了不列颠军。然而此时的朱雀却在死亡的边缘，受到之前Zero所下Geass的刺激发射了弗雷亚弹头。

弗雷亚在市区上空爆炸，摧毁了大量的建筑。罗洛告诉鲁路修，娜娜莉也被卷入爆炸中。鲁路修奔溃了。

修奈泽尔提出与黑色骑士团的领导们会面以签订停火协议，但已经彻底崩溃的鲁路修无法出席。在会谈中，修奈泽尔向黑色骑士团揭示了Zero的力量和真实身份，说服他们之所以跟随Zero可能是因為中了他的Geass。

为了换取日本独立，黑色骑士团成员同意抛弃Zero，与修奈泽尔达成统一战线。就在鲁路修准备接受死亡时，罗洛出现救走了他。在将鲁路修转移到安全地点的途中，罗洛过度使用Geass并最终死去。鲁路修就此醒悟，决定为了不浪费罗洛拯救下他的性命，重新振作起来要杀死皇帝。

尼娜因弗雷亚弹头造成的危害，令内心发生了动摇。

当皇帝开始制定名为诸神的黄昏的计划时，鲁路修和朱雀分别前往神根岛与他对质。朱雀不再受错误的手段和无意义观念的束缚，接受了修奈泽尔的意见以刺杀皇帝为条件换取成为第一骑士的机会。

鲁路修的母亲玛丽安娜接管了阿尼亚的意识并恢复了C.C.的记忆，两人一同前往神根岛。

在岛上，当鲁路修进入阿卡夏之剑时，朱雀被守护于此的第一骑士俾斯麦·瓦尔德施泰因阻拦。鲁路修知道无法杀死父亲，于是摧毁了阿卡夏之剑的入口计划将两人永遠封锁在里面。

在阿卡夏之剑的入口，玛丽安娜离开阿尼亚的身体只身进入系统。醒来的朱雀被C.C.带领著进入了阿卡夏之剑。在阿卡夏之剑，鲁路修从皇帝和玛丽安娜本人那里得知了其母被杀的真相。他们同时也揭示了诸神黄昏就是将所有人都融合进无意识集合体中。就在皇帝打算夺取C.C.的Code时，鲁路修否定了他们两人的理念，认为这样的话人生将不再有意义。于是他对无意识集合体用Geass下令阻止诸神黄昏的进行。这导致了皇帝和玛丽安娜的消亡。

一个月后，鲁路修出现在众人面前，正式就任不列颠帝国新任皇帝，而朱雀也以超越所有骑士的零骑士出现在他身边。

鲁路修对不列颠帝国展开了一系列改革，废除了贵族制，奴役了所有皇族成员，取消了编号殖民区制。剩余的圆桌骑士试图推翻鲁路修的政权。但被朱雀驾驶KMF一一击败。

鲁路修为了巩固自己的地位，宣布计划加入超合众国。但是当超合众国代表要求鲁路修接受投票权限制以避免不列颠帝国因人数优势而自动获得选票优势时，鲁路修令朱雀闯入会场将所有超合众国代表劫持为人质，胁迫他们打印他的要求。

在骚动中，修奈泽尔乘坐新建成的空中要塞达摩克里斯之剑用弗雷亚弹头摧毁了不列颠帝都潘多拉贡。修奈泽尔向鲁路修透露，娜娜莉依然活着并且现在站在修奈泽尔一边。

修奈泽尔公布了他的计划：利用达摩克里斯之剑打击世界上每一个交战国，从而歼灭威胁来实现和平。

鲁路修在与娜娜莉的对话中宣布对方是敌人，但是心底依然有所犹豫。在朱雀和C.C.的开导下，鲁路修开始顿悟并重新着眼于他最初的目的。

修奈泽尔则在剩余黑色骑士团和圆桌骑士的协助下对鲁路修麾下部队发动了决战。

鲁路修与朱雀合力使用尼娜开发的弗雷亚抑制器成功绕过了达摩克里斯之剑的保护屏障。修奈泽尔确信鲁路修被困于达摩克里斯之剑堡垒后设定了达摩克里斯的自毁程序并试图逃离。但是被鲁路修抢先使用Geass令其臣服于Zero。在这之后，鲁路修面对重新获得视力的娜娜莉。

朱雀与卡莲在达摩克里斯之剑外死斗，并最终以红莲丧失战斗能力换得了朱雀所驾驶KMF的爆炸。

鲁路修使用Geass迫使娜娜莉交出控制达摩克里斯之剑发射弗雷亚弹头的钥匙。在达摩克里斯要塞的加持下，鲁路修皇帝要挟整个世界臣服于他的统治。

两个月后，在针对超合众国前代表们以及黑色骑士团高层的公开处决游行上，事先装扮成Zero的朱雀开始了他们称之为“零之镇魂曲”的计划，公开刺杀了皇帝鲁路修。其结果是整个世界一致将怨恨投给了鲁路修，并在成为新女皇的娜娜莉的领导下开启了一个和平的时代。