以下收錄的條目依照《中央行政機關組織基準法》分類為：

• A：中央一級機關（行政院）
• B：中央二級機關 - 部
• C：中央二級機關 - 會、獨立機關
• D：中央二級機關 - 會、署、處（機關銜冠有行政院）
• E：行政院直屬中央三級機關、獨立機關
• F：歷史上與中央一級機關相關的機構與事件
• G：行憲後，曾存在的中央二級機關

如為三級機關，則收錄於其附屬部會的子分類中，例如交通部觀光局收錄在「中華民國交通部」子分類中。至於地位等同二級機關的央行與故宮，因地位特殊，請收錄在「行政院」分類中。