自体荧光是生物结构（例如线粒体和溶酶体）在它们吸收光时自然发射的光，并且被用于区分源自人工添加的荧光标记（荧光团）的光^[1]。

最常见的自体荧光分子是NADPH和黄素; 细胞外基质也可以有助于自发荧光，因为胶原蛋白和弹性蛋白的固有特性^[1]。

通常，含有增加数量的氨基酸色氨酸，酪氨酸和苯丙氨酸的蛋白质显示一定程度的自发荧光^[2]。

在醫學上，有運用電射或激光引發人體內内源性卟啉的自體熒光，用以診斷癌症等疾病的方式^[3]。

自体荧光在荧光显微镜中可能是有问题的。将发光染料（例如荧光标记的抗体）应用于样品以使得特定结构能够可见。

自体荧光干扰特定荧光信号的检测，特别是当感兴趣的信号非常暗淡时 - 它使得除了感兴趣的结构之外的结构变得可见。

在一些显微镜（主要是共聚焦显微镜）中，可以利用添加的荧光标记物和内源分子的激发态的不同寿命以排除大多数自体荧光。

在少数情况下，自体荧光实际上可照射感兴趣的结构，或用作有用的诊断指示物。