中華民國领海基线是由中華民國政府所划定的领海基线，用於劃定中華民國領海。《中华民国领海及邻接区法》第3条规定，“中华民国领海之基线及领海外界线，由行政院订定，并得分批公告之。”^[1]目前依中華民國行政院于2009年公告修正的《中华民国第一批领海基线、领海及邻接区外界线》其领海基线范围包括台湾岛，澎湖群島、釣魚台群島、东沙群岛及中沙群岛等岛屿，而金门和马祖则「留白」处理，尚未被包涵在内。^[2][3]

根據「聯合國海洋法公約」第14條規定，為適應不同情況，可交替使用直線、正常基線或群島基線或各條規定的任何方法以確定基線。

依《中华民国领海及邻接区法》第四条规定，中华民国领海基线之划定，采用以直线基线为原则，正常基线为例外之混合基线法。

中华人民共和国政府在1996年5月15日公告部分领海基线时，就已将金门和马祖两个岛屿划入其领海基线的内侧，但並無公布台湾的领海基线。

中华民国政府则是在1999年12月31日以《中华民国第一批领海基线、领海及邻接区外界线》公告其领海基线，不包括金门和马祖。^[3]2009年時任行政院長吳敦義表示，兩岸有一些共識就是，搁置争议，共创双赢，当年就在这样的前提底下，保持留白，避免两岸为这样的尚未最终划清楚的界线，产生不必要的争端。^[4]

2009年11月中華民國就领海基线公告修正，時任新闻局长苏俊宾表示，2009年的修正，仅针对在1999年公告的进行实地检核，以磪保领海基点坐标精确。^[1]不过該修正因不包括金马而引发争议：^[4]

民进党立委陈亭妃批评，马英九政府不积极争取领海主权的范围，不断向中国大陸退让，令人无法接受。她批评公告「就是要附和奥巴马的美中声明提及的中国主权和领土完整的出发点」。陈亭妃認為，「台湾过去对外签署协议时，都是使用台澎金马的名称，台澎金马的范围就是台湾的领域、领海，即使两岸是特殊国与国关系，领海的范围也必须要有所确保」。民进党立委蔡煌琅在立法院质询时質疑，由于目前公布的领海基线，没有包括金门马祖，而中国大陸却早就将金马划入其领海基线内侧，等于是默认了大陸方面的做法。

行政院新闻局稱，金门和马祖位于中華民國实质管辖的范围之内，在研究制订领海基线的过程当中，也从来没有放弃过这两个地区。當時的中華民國内政部长江宜桦在立法院接受质询时也强调，中華民國政府对于金门马祖的主权或是实际管辖权并没有退让。他说，预计在未来1年之内，金门和马祖将会被纳入第2批领海基线公布的范围。最后，马英九任内始终没有公布包含金門、馬祖在內的第二批領海基線。

中華民國領海範圍劃定，始於1914年北洋政府頒布《中華民國地圖》。因應中華人民共和國於1964年首次核試爆成功，成為核武國家，中華民國內政部於1976年邀集各部會以及專家開始進行法律制定，進行中華民國領海法制化的工作^[5]。現行法律主要受到聯合國在1982年提出的海洋公約，以及中華人民共和國法律的影響。

中華人民共和國於1992年通過《中華人民共和國領海及鄰接區法》，於1996年頒布領海基線。為了避免中華民國主權及相關權益受損，中華民國立法院於1998年通過《中華民國領海及鄰接區法》以及《中華民國專屬經濟海域及大陸礁層法》，作為劃定領海的法源依據。根據大法官釋字第328號解釋與《中華民國領海及鄰接區法》規定，領海範圍由行政院公告^[6]。中華民國行政院於1999年首次公告中華民國領海基線，於2009年第一次修正。

中華民國政府方面，在金門與馬祖地區依照《兩岸人民關係條例》的「臺灣地區限制或禁止水域」處理，尚未劃定領海基線^[7][8][9]。

根據1982年《联合国海洋法公约》和1998年《中華民國領海及鄰接區法》，為領海基線向外12海浬。

维基文库中的相关原始文献：中華民國領海及鄰接區法

维基文库中的相关原始文献：中華民國專屬經濟海域及大陸礁層法

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1. 中華民國八十八年二月十日行政院台八十八內字第〇六一六一號令公告

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• 中華民國第一批領海基線、領海及鄰接區外界線^{[失效連結]}
• 第2610次院會通過「中華民國第一批領海基線、領海及鄰接區外界線」草案, 行政院新聞局
• 我國在研訂領海基線過程中，從未放棄金門馬祖地區, 行政院新聞局
• 內政部地政司 （页面存档备份，存于互联网档案馆）