以下是提倡台湾独立运动的团体所提议的台湾国旗。

台独派人士反对或拒绝承认国民政府或中华民国在台湾的管辖，主张台湾地位未定论。早年较多积极鼓吹者离台赴日，日本成为此种主张较为集中的地方。于日本从事台湾独立运动的廖文毅与台湾民主独立党，于1956年2月28日宣布于东京成立台湾共和国临时政府，举廖文毅为大统领，吴振南为副大统领，简文介为政府秘书长，以蓝底日月旗为国旗。并组织台湾共和国临时国民议会（1955年9月），但没有获得任何国家的承认。不过此组织获得不少海外台侨支持，廖文毅曾往印尼与马来西亚进行访问，陈智雄获派“台湾共和国临时政府东南亚巡回大使”。

1965年5月，廖文毅返台之后，运动衰败；到1977年1月7日林台元过世后，台湾共和国临时政府便宣告结束。

《台湾教会公报》报导，台湾同心旗是由台福基督教会（俗称“台福教会”）总干事刘瑞义牧师绘制，1991年被以台湾教授协会等台独人士组成的“台湾人民制宪会议”选为“台湾新国旗”^[1]；同年10月，民主进步党将“建立主权独立自主的台湾共和国”写入党纲，此即台独党纲。此后，台湾同心旗即成为岛内与海外台独运动支持者较常使用的旗帜。1993年，部分台独人士曾在国立台湾大学校门前广场举行“台湾国升旗典礼”。1994年6月24、25日，“第二次台湾人民制宪会议”正式通过，未来将倡议台湾同心旗取代现有青天白日满地红旗。“四个同心”即所谓“台湾四大族群”同心之意；绿边象征台湾美好的自然环境；白底象征纯洁。

“同心”或称“八菊”，有谓与日本皇室菊花纹章“十六瓣菊”过于接近。而且台湾同心旗白底红心，除加上民主进步党党旗所使用的绿边外，与日本的徽、旗近似之处不少。四心被切为八瓣，也使台湾同心旗受到不少批评，更时常被统派人士拿来讽刺“台独是日本傀儡”。^[2]

支持台湾同心旗的论点认为，世界各国国旗有类似设计者所在多有，例如西欧多国的以条状色块为国旗，马来西亚国旗与美国国旗的横条类似；同心与他国图案近似，纯属巧合，不需渲染。^[3]不过由于台湾同心旗争议较多，部分台独支持者也不完全认同台湾同心旗，在主张台湾独立的游行活动中，有时另举台湾独立建国联盟旗或民主进步党党旗。^{[来源请求]}

台湾独立建国联盟的部分人士曾提出把1990年野百合学运会场中正纪念堂广场的野百合塑像纳入未来的独立后的台湾国旗，其旗帜尚未有固定图样。^{[来源请求]}目前，台湾同心旗已少被台湾独立运动所使用。^{[来源请求]}

台湾旗，由世界台湾人大会（World Taiwanese Congress, "WTC"）首倡之台湾代表旗帜，以加拿大国旗作为设计参考^[4]，为世界台湾人大会会旗，因近似于民主进步党党旗而有些批评。与民主进步党党旗不同处为其并非“十字路口”白十字底，而是“一条路直走”白直线底，旗帜上为台湾、澎湖地图，但无画入金门、马祖。目前广泛于国内外台独团体活动场合使用，以彰显台湾主体性。^[5][6]公投护台湾联盟在立法院门前长期驻扎抗议的帐篷，悬挂的旗帜即是台湾旗。

以日治时期台湾的代表纹章——“台字章”为设计核心，由台湾国护照贴纸发明者、台中默契咖啡店店长陈致豪（老丹）所设计，于2016年发表。深蓝色主色调，寓意大海、白色象征浪花、翠青色表达台湾主体核心的原住民的高山国、台字纹则作为台湾象征。对角线分割的描绘层层山峦，翠青色（pantone 3255C）三角为翠绿青山，以台字纹作为台湾符码，前行扬起浪花向独立建国前进。但由于台字章是日本殖民的产物而有争议。^[7]

目前“台字翠青旗”与“世界台湾人大会旗”为较常被台湾独立相关活动使用的旗帜图像。

以下旗帜为用于台独运动与相关活动场合中，但并未被提议成台湾国旗的旗帜。

908台湾国运动旗之设计意涵：上蓝下绿，中间部分是白底加上红色大太阳，因为台湾曾被日本统治过，紧接着是中国国民党，而后是民主进步党执政，这面旗帜是要让台湾人看清楚自己的历史。^[8][9]亦有将此解释为日头是全人类共有资产，诠释不同，但都可以使用，加上象征台湾地理特性的蓝色海洋与绿色大地，总口号为：“蓝海、绿地、台湾红。”^{[来源请求]}

台湾独立鲸鱼旗与玉山旗，与台字翠青旗同样由陈致豪设计^[10]，为近年来台湾的公民运动广泛使用。

• 台湾民主国国旗
• 台湾独立运动
• 台湾共和国