1. 外交部　　部长：钱其琛
 2. 国防部　　部长：秦基伟（兼）
 3. 国家计划委员会　　主任：姚依林 → 邹家华（兼）
 4. 国家经济体制改革委员会　　主任：李鹏（兼） → 陈锦华
 5. 国家教育委员会　　主任：李铁映（兼）
 6. 国家科学技术委员会　　主任：宋健（兼）
 7. 国防科学技术工业委员会　　主任：丁衡高
 8. 国家民族事务委员会　　主任：司马义·艾买提（维吾尔族）
 9. 公安部　　部长：王芳（兼） → 陶驷驹
10. 国家安全部　　部长：贾春旺
11. 监察部　　部长：尉健行
12. 民政部　　部长：崔乃夫
13. 司法部　　部长：蔡诚
14. 财政部　　部长：王丙乾（兼） → 刘仲藜
15. 人事部　　部长：赵东宛
16. 劳动部　　部长：罗干 → 阮崇武
17. 地质矿产部　　部长：朱训
18. 建设部　　部长：林汉雄 → 侯捷
19. 能源部　　部长：黄毅诚
20. 铁道部　　部长：李森茂 → 韩杼滨
21. 交通部　　部长：钱永昌 → 黄镇东

22. 机械电子工业部　　部长：邹家华（兼） → 何光远
23. 航空航天工业部　　部长：林宗棠
24. 冶金工业部　　部长：戚元靖
25. 化学工业部　　部长：秦仲达 → 顾秀莲（女）
26. 轻工业部　　部长：曾宪林
27. 纺织工业部　　部长：吴文英（女）
28. 邮电部　　部长：杨泰芳
29. 水利部　　部长：杨振怀
30. 农业部　　部长：何康 → 刘中一
31. 林业部　　部长：高德占
32. 商业部　　部长：胡平
33. 对外经济贸易部　　部长：郑拓彬 → 李岚清
34. 物资部　　部长：柳随年
35. 文化部　　部长：王蒙 → 贺敬之（代） → 刘忠德（代）
36. 广播电影电视部　　部长：艾知生
37. 卫生部　　部长：陈敏章
38. 国家体育运动委员会　　主任：李梦华 → 伍绍祖
39. 国家计划生育委员会　　主任：彭珮云（女）
40. 中国人民银行　　行长：李贵鲜（兼）
41. 审计署　　审计长：吕培俭