台湾巡抚衙门为清朝福建台湾省地位最高的衙署，当时与邻近的钦差行台遥遥相望。原址位于今中山堂左侧、孙中山铜像后方、台北市政府警察局附近设有“清台湾巡抚衙门旧址”石碑。

依据旧址石碑内文的记载，刘铭传任台湾巡抚时期选定在北移后的台湾府（今台中市）桥仔头建造台湾省城，完工前刘铭传续留台北延平南路、武昌街口所建之巡抚衙门，故延平南路旧称为抚台街，以至于日治时期建于延平南路上的“大和町洋楼”被后世冠上台北抚台街洋楼。后继任巡抚邵友濂将省会由建造中的省城移往台北府，于承恩门内构筑巡抚衙门，耗资57,653银元，历经两年方告落成内，分文武两部，规模宏伟，为台湾官厅之冠。

1895年，清廷与日本签订《马关条约》，割让福建台湾省（含澎湖厅）予日本。日军进入台北城后，日军据台湾巡抚衙门及钦差行台为台湾总督府、布政使司衙门为近卫师团司令部（1917年又改为台湾总督办公厅舍）。直到1919年正式的台湾总督府（今中华民国总统府）落成。昭和6年（1931年），以纪念裕仁天皇登基为由，决定在布政使司衙门、钦差行台前广场兴建台北公会堂（今中山堂）。除了部分布政使司衙门及钦差行台建筑移往圆山动物园（台北市立儿童育乐中心昨日世界旧址，日后毁于台风）、净土宗台北别院（今善导寺）及台北植物园内保存外，其余附近房舍皆于1932年8月予以拆除。

• 钦差行台