三别抄是高丽王朝时期一支战斗部队，是左别抄、右别抄与神义军的统称。崔氏政权的私兵军团，后来发展成为高丽的正规军。

“别抄”的意思是精锐部队，“夜别抄”最早是为了平定地方叛乱而临时组成的组织，崔氏政权时代成为常设组织，人数增多，分为左别抄与右别抄两支部队，再加上被蒙古俘虏逃回者组成的神义军，合称三别抄，成为武人持续掌握高丽政权的重要权力基础。

高丽权臣崔瑀以备盗为名建立具有崔家私兵性质的骑马部队“马别抄”和夜间巡察部队“夜别抄”。为其最早的由来。这些两支部队后来被并入三别抄。崔氏政权崩坏后，高丽军事制度改变，三别抄军成为了高丽事实上的政府军。

在崔氏政权执掌高丽政权的同时，蒙古帝国开始崛起，征服了大量国家。1219年与高丽结为同盟，但蒙古要求高丽向其朝贡导致了两国关系的恶化。1231年，蒙古第一次入侵高丽。三别抄军是崔氏政权的私兵，而崔氏政权对蒙古持强硬态度，因此三别抄坚持抗击蒙古。1232年，高丽的都城从开城迁到了汉江河口的江华岛。蒙古断续的进攻高丽，高丽朝廷以文臣为首倾向于与蒙古讲和，1258年联合金俊、林衍等反对派武臣推翻了崔氏政权，向蒙古投降。

林衍等武臣不愿投降，1269年废黜了亲蒙古的高丽元宗，掌握政权。蒙古以讨伐林衍为由进攻高丽，林衍动员三别抄军抵抗，但在期间死去。1270年5月，其子林惟茂倒台，武臣政权灭亡。元宗从江华岛回到了开城，下令解散三别抄军。

1270年5月，三别抄的将军裴仲孙、夜别抄的卢永禧拥戴宗室承化侯王温，占据江华岛抗击蒙古。三别抄举兵的原因是其反蒙古的性格以及害怕被官军征讨。此后在江华岛自行任命官吏，拒绝承认开城的高丽朝廷。6月，三别抄政权迁到了西南的珍岛。

1271年，三别抄军向日本镰仓幕府求救，但镰仓幕府没有回应。同年2月又请求向蒙古投降，同时要求蒙古先退兵，并将全罗道让给三别抄军统治。但蒙古拒绝了这个要求，同时高丽派遣金方庆、洪茶丘联合蒙古攻陷了珍岛。金通精率领残部逃往耽罗（济州岛），驱逐了耽罗国王并占据了该岛。

1273年，高丽、蒙古联军攻占了济州岛，三别抄之乱被平定。此后蒙古在该岛设置耽罗总管府，高丽全境成为蒙古的附庸国。新任的高丽国王忠烈王向日本派遣使节。

1274年，高丽积极建议蒙古进攻日本，并为蒙古提供军船兵粮以及兵将。

20世纪后半叶，在冲绳县浦添市的浦添极乐陵中发掘出高丽瓦。该瓦的文字，与三别抄军在珍岛的据点龙藏城迹中出土的瓦上文字十分相似。浦添极乐陵出土的瓦上刻着“癸酉年高丽瓦匠造”的字样，癸酉年可能是1153年、1273年、1333年、1393年等等。其中1273年正是三别抄军在济州岛被完全消灭的那一年。因此有学者推断，三别抄军生还者逃亡琉球避难。