San Francisco şehir bayrağı, göğe doğru yükselen bir huma kuşunu betimler ve şehrin 1906 San Francisco Depremi'nden beri hızla ilerlemesini gösterir. Fakat bayrak bu depremden önce 1900 civarında ortaya çıkmıştır. San Francisco, 1849 ve 1852 yılları arasında iki büyük deprem ve altı yıkıcı yangından çok zarar görmüştür. Özellikle 1852'deki yangın şehrin tamamına yakınını yok etmiştir. Şehir her zaman mitolojideki huma kuşu gibi küllerinden doğup yükselmesini bilmiş ve her seferinde görkemli bir şekilde yeniden inşa edilebilmiştir.

Huma kuşunun altında İspanyolca: "Oro en Paz—Fierro en Guerra" yazmaktadır. Anlamı: "Barışta altın, savaşta demir"dir. Zaten bayraktaki ana renkler de siyah ve altın sarısıdır.