กระบวนการฟาโกไซโทซิส (อังกฤษ: phagocytosis แปลตรงตัวแปลว่า "การกินเซลล์") หรือเ^[1] คือรูปแบบหนึ่งของการย่อยอาหารในเซลล์ หรือเอนโดไซโทซิส (endocytosis) โดยที่อนุภาคขนาดใหญ่ (อาจเป็นสิ่งแปลกปลอมหรืออาหาร) ถูกโอบล้อมรอบโดยเยื่อหุ้มเซลล์ของเซลล์ (ส่วนมากจะใหญ่กว่าอนุภาคที่ทำการโอบ) และถูกนำเข้าไปอยู่ภายในเซลล์ (คล้ายกับการกิน) เพื่อทำให้อนุภาคกลายเป็นฟาโกโซม (phagosome) หรือฟูดแวคิวโอล (food vacuole) ซึ่งก็คือช่องว่างในเซลล์ที่มีอาหารหรือสิ่งแปลกปลอมบรรจุอยู่นั่นเอง

ในสัตว์นั้น กระบวนการฟาโกไซโทซิสจะมีเซลล์ที่ถูกสร้างขึ้นเพื่อการนี้โดยเฉพาะเรียกว่า ฟาโกไซต์ (phagocytes) ซึ่งจะทำหน้าที่ในการกำจัดสิ่งแปลกปลอมในร่างกาย ซึ่งก็คือการกำจัดเชื้อโรคนั่นเอง ส่วนในสัตว์มีกระดูกสันหลังนั้น ยังมีเซลล์อื่นนอกจากฟาโกไซต์ ทำหน้าที่เดียวกันอยู่ คือแมโครเฟจ (macrophages) ที่มีขนาดใหญ่กว่าฟาโกไซต์ และกรานูโลไซต์ (granulocytes) ที่มีขนาดเล็กกว่า โดยที่เซลล์ทั้งสองแบบนี้ล้วนอยู่ในเม็ดเลือดขาวทั้งสิ้น สิ่งที่ถือว่าเป็นสิ่งแปลกปลอมที่จะถูกกำจัดโดยวิธีการฟาโกไซโทซิสได้แก่ แบคทีเรีย, เซลล์เนื้อเยื่อที่ตายแล้ว และอนุภาคแร่ธาตุขนาดเล็ก ในกรณีที่แบคทีเรียนั้นอาจทำให้เซลล์ที่ทำการฟาโกไซโทซิสติดเชื้อได้จะถูกเคลือบด้วยแอนติบอดีก่อนที่จะถูกโอบเข้าไป แต่ในกรณีของแบคทีเรียที่เป็นเชื้อของโรคบางชนิดเช่นโรคเรื้อน และวัณโรค ซึ่งเมื่อถูกนำเข้าไปในเซลล์ผ่านกระบวนการฟาโกไซโทซิสแล้ว จะไม่สามารถถูกทำลายได้โดยเซลล์ฟาโกไซต์ที่ได้โอบเชื้อเข้าไป โดยจะเรียกเชื้อโรคเหล่านี้รวมไปถึงทุกสิ่งที่ขัดขวางหรือยับยั้งกระบวนการฟาโกไซโทซิสว่าแอนติฟาโกไลติก (antiphagolytic)

จากการรู้ถึงความสามารถของเชื้อโรคในการต่อต้านเซลล์ฟาโกไซต์ธรรมดา ๆ ได้ ทำให้สรุปได้ว่าแมโครเฟจ และกรานูโลไซต์ (ซึ่งส่วนใหญ่มักจะเป็นแกรนูโลไซต์ประเภทนิวโทรฟิล, neutrophil granulocytes) นั้นอาจถือได้ว่าเป็น "ฟาโกไซต์ที่เก่งกว่า" แต่นี่เป็นเพียงแค่ผลสรุปของการวิจัยเซลล์ประเภทนี้หลาย ๆ การวิจัยที่ตรงกันเท่านั้น

ส่วนจุดที่สำคัญที่สุดในกระบวนการฟาโกไซโทซิสก็คือความสามารถในการควบคุมการอักเสบของมัน ซึ่งก็ขึ้นอยู่กับอนุภาคที่ถูกโอบ โดยกระบวนการฟาโกไซโทซิสนี้สามารถบรรเทาอาการอักเสบได้ หรือในกรณีของเซลล์ที่ตายแบบอะพอพโทซิส จะช่วยชะลอการหายอักเสบของเซลล์เหล่านั้น กระบวนการฟาโกไซโทซิสยังมีส่วนเกี่ยวข้องในการต้านทางต่อภูมิคุ้มกัน ซึ่งจะช่วยป้องกันการอักเสบกับส่วนต่าง ๆ ของร่างกายที่เป็นปกติ โดยการกำจัดสิ่งแปลกปลอมก่อนที่แอนติบอดีจะกำจัดซึ่งจะทำให้เกิดอาการอักเสบ