กอยโตรเจน (อังกฤษ: goitrogen) เป็นสารเคมีในพืชชนิดหนึ่งที่พบมากในพืชตระกูลกะหล่ำ และพืชตระกูลหอม มีฤทธิ์ในการยับยั้งการสร้างฮอร์โมนในต่อมไทรอยด์ทำให้ร่างกายนำไอโอดีนในเลือดไปใช้ได้น้อยกว่าปกติ หากรับประทานผักผลไม้ที่มีสารชนิดนี้มากเกินไปอาจจะทำให้มีอาการท้องอืดและทำให้ร่างกายได้ขาดสารไอโอดีนจนทำให้เป็นโรคคอพอกได้ พืชที่มีสารกอยโตรเจน ได้แก่ กะหล่ำปลี หัวผักกาด บรอกโคลี คะน้า หัวหอม กระเทียม ฯลฯ

สารกอยโตรเจนในพืชเมื่อโดนความร้อนจะสลายตัวอย่างรวดเร็ว ดังนั้นควรปรุงให้สุกก่อนรับประทาน นอกจากนั้นยังมีพืชบางชนิดที่มีคาเฟอีน เช่น ชา กาแฟ จะมีสารที่ออกฤทธิ์ตรงข้ามกับกอยโตรเจน กล่าวคือกระตุ้นการทำงานของต่อมไทรอยด์ให้มากขึ้น