Die Gemeinde Moosbrunn verfügte bis zum Jahre 1989 über kein eigenes Gemeindewappen, sondern lediglich über einfache Gemeindeamtssiegel. Das älteste bekannte Amtssiegel ist auf einem noch erhaltenen Heimatschein mit Datum 29. 6. 1860 aufgedruckt. Diese Siegel haben sich in ihrem Aussehen mehrfach verändert und sind im vorliegenden Kapitel nach der Beschreibung und bildlichen Darstellung des nunmehrigen Gemeindewappens abgebildet. Über Vorschlag des damaligen Bürgermeisters Karl Eichenseder hat der Gemeinderat in seiner Sitzung vom 28. 10.1988 den einstimmigen Beschluss gefasst, an die Niederösterreichische Landesregierung ein Ansuchen um Verleihung eines Gemeindewappens und einer Gemeindefahne einzubringen. für die Wappendarstellung sollte auf den Ortsnamen Moosbrunn Bedacht genommen werden, und zwar mittels einer stilisierten Darstellung des Wassers anhand eines Brunnens. Weiters sollte darin die vorherrschende Landwirtschaft sowie die langjährige pfarrliche Zugehörigkeit zum Stift Melk und die Errichtung der Pfarre Moosbrunn im Jahre 1312 durch die Darstellung eines Schlüssels, der dem Wappen des Stiftes Melk entnommen wurde, Berücksichtigung finden.

Im Einvernehmen mit der zuständigen Abteilung des Amtes der Niederösterreichischen Landesregierung wurde ein entsprechender Entwurf erarbeitet, der die Grundlage für das vorerwähnte Ansuchen bildete. Die Niederösterreichische Landesregierung hat daraufhin mit Beschluss vom 7.2.1989 der Gemeinde Moosbrunn in Anerkennung und Würdigung der ständigen Verbesserung der kommunalen Einrichtungen in den beiden letzten Jahrzehnten das Recht zur Führung eines Gemeindewappens in der folgenden Darstellung und genauer Textanführung genehmigt.

Die aus dem Gemeindewappen abgeleiteten Farben der Gemeindefahne sind Grün-Gelb-Blau.