Europska unija ima vrlo složen sustav institucija. U početku su tri Zajednice imale svaka vlastita izvršna tijela, a zajednički su im bili Skupština predstavnika (kasnije Europski parlament) i Sud pravde. Tek su 1967. godine na osnovi Ugovor o spajanju spojena istovrsna tijela Zajednica.

Najvažnije institucije Europske unije su:

• Vijeće EU ili poznatije kao Vijeće ministara EU - najvažnije tijelo Europske unije koje donosi odluke. Vijeće ima 27 članova (ministri država članica). Sjedište Vijeća EU je u Bruxellesu. Vijeću ministara pomaže u radu Odbor stalnih predstavnika (COREPER).
• Europska komisija - jedna od temeljnih institucija EU, koja predstavlja i štiti interese Zajednice. Ima 27 članova (povjernici, 5 potpredsjednika i predsjednik EK).
• Europski parlament - predstavničko tijelo građana EU. Ima 785 članova. Sjedište Parlamenta je u Strasbourgu, neka zasjedanja i sastanci odbora se održavaju u Bruxellesu, a Tajništvo se nalazi u Luksemburgu.
• Europski sud pravde, koji uključuje i Prvostupanjski sud - jedini ovlašteni tumač odredaba osnivačkih ugovora i rješava sporove po tužbama država članica i građana čija su prava povrijeđena nekom od odluka tijela Unije. Sjedište suda je u Luksemburgu.
• Europsko vijeće koje i nije tijelo (kvazi-institucija), već sastanak na vrhu (summit) šefova država ili vlada država članica i predsjednika Europske komisije.

Postoje i druga tijela i ustanove:

• Revizorski sud - čine ga 27 sudaca revizora, osnovan 1977. godine radi kontrole prihoda i rashoda Unije te dodjele proračunskih sredstava. Ima sjedište u Bruxellesu.
• Gospodarski i socijalni odbor - savjetodavno tijelo EU, sastavljeno od 317 članova. Ima sjedište u Bruxellesu.
• Odbor regija - također savjetodavno tijelo EU, sastavljeno od 317 članova koje delegiraju tijela lokalnih i regionalnh vlasti država čnica EU kako bi zastupali interese regija jedinica lokalne samouprave na razin Unije. Ima sjedište u Bruxellesu.
• Europska središnja banka - osnovana sredinom 1998., a 1999. godine preuzela je odgovornost za provedbu europske monetarne politike. Glavna joj je zadaća održavanje stabilnosti jedinstvene europske valute - eura. Sjedište joj je u Frankfurtu na Majni.
• Europska investicijska banka - ustrojena je Rimskim ugovorom o osnivanju EZ-a, s ciljem pridonošenja uravoteženosti razvoja Europske zajednice gospodarskom integracijom i socijalnom kohezijom. Banka osigurava dugoročno financiranje određenih kapitalnih projekata u Uniji te u drugim državama svijeta. Ima sjedište u Luksemburgu.
• Europska banka za obnovu i razvoj - osnovana je 1991. godne kako bi pomogla bivšim komunističkim državama u njihovoj transformaciji u tržišna gospodarstva. Banka se bavi investiranjem u privatna poduzeća, samostalno ili s drugim partnerima. Sjedište banke je u Londonu.

Također postoji i velik broj specijaliziranih agencija.

Institucije Evropske unije na Wikimedijinoj ostavi