Czynnik transkrypcyjny jest białkiem wiążącym DNA na obszarze promotora bądź sekwencji wzmacniającej w specyficznym miejscu lub regionie, gdzie reguluje proces transkrypcji. Czynniki transkrypcyjne mogą być selektywnie aktywowane, bądź dezaktywowane przez inne białka, najczęściej na ostatnim etapie przekazywania sygnału w komórce.

Ze względu na rodzaj mechanizmu regulacji transkrypcji wyróżnia się trzy klasy czynników transkrypcyjnych:

• Ogólne czynniki transkrypcyjne zaangażowane w tworzenie kompleksu preinicjacyjnego
• Wiodące czynniki transkrypcyjne nieregulowane białka wiążące się do nici wiodącej DNA przed miejscem inicjacji. Stymulują bądź inhibują proces transkrypcji
• Indukowalne czynniki transkrypcyjne podobne do wiodących czynników transkrypcyjnych, ale wymagają aktywacji bądź inhibicji.

W czynnikach transkrypcyjnych występują motywy białkowe:

• Helisa-Zwrot-Helisa (HTH, ang. Helix-Turn-Helix) wiąże się do głównego rowka DNA
• Palec cynkowy strukturalna płaszczyzna dla procesu wiązania DNA
• Domena zasadowa bogata w aminokwasy zasadowe, odpowiada za wiązanie się z DNA
• Zamek leucynowy (ang. leucine zipper) wiąże między sobą czynniki transkrypcyjne
• Helisa-Pętla-Helisa (HLH, ang. Helix-Loop-Helix) odpowiada za dimeryzację

• białko wiążące DNA