Saint-Pierre og Miquelons flagg viser gjennom de ulike feltene øygruppens historie og innbyggernes opprinnelse. Hovedfeltet i flaggets frie ende er blått og viser et skip av spansk 1500-tallstype i gult. Dette skal symbolisere at Saint-Pierre og Miquelon ble erklært som tilhørende den franske krone av Jacques Cartier i 1535. De tre feltene langs stangsiden av flagget viser hvorfra øyenes første kolonister og innbyggere kom fra. Øverst vises Baskerlands flagg, for de baskiske innvandrerne. Deretter står et hermelinsfelt for Bretagne og bretonerne som kom til øyene. Nederst står to gule løver på rødt felt. Dette er Normandies gamle våpen og visert til at også mange fra denne franske regionen reiste over havet til fiskebankene utenfor Canada og bosatte seg på Saint-Pierre og Miquelon.

Flagget er ikke offisielt vedtatt. Ettersom øyene tilhører Frankrike, er også Frankrikes flagg offisielt flagg for Saint-Pierre og Miquelon som Collectivité territoriale.