RNA-interferens (RNAi) er en molekylærbiologisk mekanisme som er påvist i en rekke organismer, blant annet planter og rundormer, deriblant Caenorhabtitis elegans. Mekanismen bryter ned dobbelttrådet RNA, og ser ut til å ha en viktig funksjon i eukaryote organismer som beskyttelse mot dobbelttrådet RNA (dsRNA)-virus. Den kan også fungere som viktige faktorer i ekspressjonsregulering av gener.

Når dobbelttrådet RNA brytes ned ved RNAi vil det dannes små biter på 20-24 basepar kalt small interference RNA (siRNA) som fester seg til eventuelle mRNA-transkripsjoner av gener som er komplementære. RNAse-enzymer, RNA-degraderende proteiner vil så ødelegge disse trådene og hindre translasjon (dannelse av proteiner). De vil også hindre dannelse av nytt virus-arvestoff hvis RNA opprinnelig entret cellen via et virus.

RNAi har også en funksjon ved å regulere aktiviteten av visse gener. Såkalte mikroRNA transkriberes fra DNA i et av cellenes kromosomer. MikroRNA er små biter av RNA med en hårnålsstruktur, (for at dette skal kunne skje må de være helt eller delvis palindrome), og vil gjenkjennes som dsRNA av RNAi-maskineriet. Deretter vil det dannes siRNA igjen som hybridiserer med et mRNA og hindrer transkripsjon og dermed «stilner» genets ekspresjon. Dette er sannsynligvis en av de mange ukjente oppgavene til såkalt «junk»-DNA, DNA som ikke koder for proteiner.