Innavlsdepresjon er redusert fitness i en populasjon som følge av paring mellom beslekta individer (innavl). Ordet depresjon brukes her i sin opprinnelige betydning, dvs. forsenkning eller lavere enn. Årsaken til den reduserte fitnessen er at økt innavl gir avkom med redusert heterozygositet.

Det er to hovedteorier for hvordan redusert heterozygositet kan gi innavlsdepresjon^[1]: overdominans og delvis dominans. Overdominanshypotesen bygger på at heterozygoter har høyere fitness (heterozygot fordel) og dermed vil redusert heterozygositet gi avkom med lavere fitness. Delvis dominans-hypotesen baserer seg på at det hos alle individer forekommer dødelige eller skadelige alleler hvis genuttrykk skjules i heterozygot form. Ved innavl øker forekomsten av homozygote loci og individer som er homozygote for de dødelige eller skadelige allelene vil få redusert fitness.

De fleste populasjoner har noen grad av innavlsdepresjon, fordi det i alle populasjoner finnes mutasjoner som har skadelig effekt, og populasjonene er ikke uendelig store. Dermed vil parringer skje mellom individer som i noen grad (ofte liten hvis populasjonen er stor) er i slekt og dermed vil de skadelige allelenes effekt komme til uttrykk.

Hos hermafroditter finnes muligheten for den mest ekstreme formen for innavl, sjølbefruktning og innavlsdepresjon kan derfor være spesielt viktig hos slike organismer, som for eksempel blomsterplanter. Det er imidlertid ikke slik at graden av innavlsdepresjon følger direkte av populasjonens innavlsnivå, effekten av innavl er underlagt evolusjon. For eksempel kan effekten av innavlsdepresjon avta gjennom sterk innavl hvis de skadelige allelene fjernes fordi de uttrykkes i flere avkom. Slik «purging» kan gi økt gjennomsnittlig fitness i populasjonen.

En nøkkel for å forhindre innavlsdepresjon er å beregne minimum effektiv populasjonsstørrelse (MEP).