Fartøysjef er betegnelse på den som har det øverste ansvaret ombord på et skip, fly, ambulanse eller stridsvogn. Fartøysjefen betegnes ofte som kaptein og har ansvaret for fremføringen av fartøyet og har vide fullmakter til tiltak for å sikre personer ombord og fartøyet.

Luftfart/skipsfart Andre ombord kan gjerne styre og utføre oppgaver på vegne av fartøysjefen. Fartøysjefen har rett til å sette personer i arrest til fartøyet er i havn eller har landet, om de er til fare for fartøy eller personer ombord. Dersom fartøysjefen gir ordre til det har alle ombord rett til å bruke makt for å sikre fartøyet.

Fartøysjefen må ha de nødvendige sertifikatene for å føre fartøyet. Radiokommunikasjon om fartøyet skal ikke skje uten ordre eller delegasjon fra fartøysjefen.

Dersom fartøyets eier/reder er ombord og ikke er fartøysjef, eventuelt fordi han ikke har de nødvendige sertifikater, vil eieren være underordnet fartøysjefen i forhold som gjelder fartøyets føring og trygghet. Det er en alvorlig forseelse å ikke adlyde fartøysjefens ordre.

Ambulanse I norsk ambulansetjeneste benyttes benevnelsen fartøysjef om den person som har det øverste ansvaret på enheten. Fartøysjefen har det øverste ansvaret for medisinske og operative beslutninger. Hvem på enheten som er fartøysjef er en skjønnsmessig vurdering basert på kunnskapen/ferdighetene, erfaring og formell kompetanse til de enkelte medlemmene av enhetens besetning. I luft- og båtambulansetjeneste gjelder det imidlertid at det er fly-/sjøkaptein som er fartøysjef og sjef for det operasjonelle, mens man har eget personell som er medisinsk ansvarlige.