Den russisk-ortodokse kirke er organisert i 158 eparkier (bispedømmer) og sju mer eller mindre selvstendige delkirker. De fleste eparkiene ligger i Russland. De selvstendige delkirkene befinner seg enten i land som har vært under russisk styre, eller der russiske misjonærer har vært aktive.

Russland er (per 2012) delt i 136 eparkier. 30 av disse ledes av metropolitter, som er overordnet eparkene (biskopene) i sine respektive metropolitandistrikter (kirkeprovinser). 89 av eparkiene er således gruppert i disse 30 metropolitandistriktene (metropolitansetene er fremhevet i halvfeit):

• Arkhangelsk metropolitandistrikt: Arkhangelsk og Kholmogory eparki, Kotlas og Belsky eparki, Narjan-Mar og Mezen eparki
• Basjkortostan metropolitandistrikt: Neftekamsk og Belebej eparki, Salavat og Kumertau eparki, Ufa og Basjkortostan eparki
• Belgorod metropolitandistrikt: Belgorod og Stary Oskol eparki, Gubkin og Grajvoron eparki, Valujki og Aleksejevka eparki
• Don metropolitandistrikt: Rostov-na-Donu og Novotsjerkask eparki, Sjakhty og Millerovo eparki, Volgodonsk og Salsk eparki
• Irkutsk metropolitandistrikt: Bratsk og Ust-Ilimsk eparki, Irkutsk og Angarsk eparki, Sajansk og Nizjneudinsk eparki
• Ivanovo metropolitandistrikt: Ivanovo-Vosnesensk og Vitsjuga eparki, Kinesjma og Palekh eparki, Sjuja og Tejkovo eparki
• Jaroslavl metropolitandistrikt: Jaroslavl og Rostov eparki, Rybinsk og Uglitsj eparki
• Jekaterinburg metropolitandistrikt: Jekaterinburg og Verkhoturje eparki, Kamensk-Uralskij og Alapajevsk eparki, Nizjnij Tagil og Serov eparki
• Krasnojarsk metropolitandistrikt: Jenisej og Norilsk eparki, Kansk og Bogutsjany eparki, Krasnojarsk og Atsjinsk eparki
• Kursk metropolitandistrikt: Kursk og Rylsk eparki, Sjtsjigry og Manturovo eparki, Zjeleznogorsk og Lgov eparki
• Kusbass metropolitandistrikt: Kemerovo og Propokjevsk eparki, Mariinsk og Jurga eparki, Novokuznetsk og Tasjtagol eparki
• Mordovia metropolitandistrikt: Ardatov og Atjasjevo eparki, Krasnoslobodsk og Temnikov eparki, Saransk og Mordovia eparki
• Nizjegorod metropolitandistrikt: Gorodets og Vetluzjskij eparki, Lyskovo og Lukojanov eparki, Nizjegorod og Arzamas eparki, Vyksa og Pavlovo eparki
• Novgorod metropolitandistrikt: Borovitsji og Pestovo eparki, Novgorod og Staraja Russa eparki
• Novosibirsk metropolitandistrikt: Iskitim og Tsjerepanovo eparki, Kainsk og Barabinsk eparki, Karasuk og Ordynskoje eparki, Novosibirsk og Berdsk eparki
• Omsk metropolitandistrikt: Isilkul og Russkaja Poljana eparki, Kalatsjinsk og Muromtsevo eparki, Omsk og Tavritsjeskoje eparki, Tara og Tjukalinsk eparki
• Orenburg metropolitandistrikt: Buzuluk og Sorotsjinsk eparki, Orenburg og Saraktasj eparki, Orsk og Gaj eparki
• Penza metropolitandistrikt: Kuznetsk og Nikolsk eparki, Penza og Nizjnij Lomov eparki, Serdobsk og Spassk eparki
• Primorje metropolitandistrikt: Arsenjev og Dalnegorsk eparki, Nakhodka og Preobrazjenije eparki, Vladivostok og Primorje eparki
• Rjazan metropolitandistrikt: Kasimov og Sasovo eparki, Rjazan og Mikhajlov eparki, Skopin og Sjatsk eparki
• Samara metropolitandistrikt: Kinel og Bezentsjuk eparki, Otradnyj og Pokhvistnevo eparki, Samara og Syzran eparki
• Saratov metropolitandistrikt: Balasjov og Rtisjtsjevo eparki, Pokrovsk og Nikolajevsk eparki, Saratov og Volsk eparki
• Simbirsk metropolitandistrikt: Barysj og Inza eparki, Melekess og Tsjerdakly eparki, Simbirsk og Novospasskoje eparki
• Stavropol metropolitandistrikt: Georgijevsk og Praskovejskij eparki, Pjatigorsk og Tsjerkessk eparki, Stavropol og Newinnomyssk eparki
• Tatarstan metropolitandistrikt: Almetjevsk og Bugulma eparki, Kazan og Tatarstan eparki, Tsjistopol og Nizjnekamsk eparki
• Tver metropolitandistrikt: Bezjetsk og Vesjegonsk eparki, Rzjev og Toropets eparki, Tver og Kasjin eparki
• Tula metropolitandistrikt: Beljov og Aleksin eparki, Tula og Jefremov eparki
• Tsjeljabinsk metropolitandistrikt: Magnitogorsk og Verkhneuralsk eparki, Troitsk og Juzjnouralsk eparki, Tsjeljabinsk og Zlatoust eparki
• Volgograd metropolitandistrikt: Kalatsj-na-Donu og Pallasovka eparki, Urjupinsk og Novoanninskij eparki, Volgograd og Kamysjin eparki
• Ytre Mandsjuria metropolitandistrikt: Amur og Tsjegdomyn eparki, Khabarovsk og Ytre Mandsjuria eparki

De resterende 47 eparkiene er ikke underlagt noen metropolitter:

Eparkiene i noen av de forhenværende sovjetrepublikkene er organisert i metropolitandistrikter:

• Kasakhstan metropolitandistrikt
  • Astana og Almaty eparki  
  • Karaganda og Sjakhtinsk eparki  
  • Koksjetau og Akmola eparki  
  • Kostanaj og Rudnyj eparki  
  • Pavlodar og Ekibastuz eparki  
  • Petropavlovsk og Bulajev eparki  
  • Tsjimkent og Taraz eparki  
  • Uralsk og Gurjev eparki  
  • Ust-Kamenogorsk og Semipalatinsk eparki  
• Sentral-Asia metropolitandistrikt
  • Bisjkek og Kirgisistan eparki  
  • Dusjanbe og Tadsjikistan eparki  
  • Tasjkent og Usbekistan eparki  

I tillegg fins det ytterligere ti eparkier i diasporaen:

• Argentina og Sør-Amerika eparki (sete i Buenos Aires)          
• Baku og Aserbajdsjan eparki  
• Berlin og Tyskland eparki 
• Brussel og Belgia eparki  
• Budapest og Ungarn eparki  
• Den Haag og Nederland eparki  
• Korsun eparki (Paris)          
• Surozj eparki (London)    
• Vilnius og Litauen eparki  
• Wien og Østerrike eparki  

I noen land eksisterer russisk-ortodokse menigheter, men for få til at de har blitt sammenfattet til eparkier. Disse menighetene er stavropegiale, dvs. direkte underlagt patriarken. Dette er bl.a. tilfellet for:

• Canada (25 menigheter)
• Finland (7)
• Italia (42)
• Norge (7)
• Turkmenistan (12; inngår i det sentralasiatiske metropolitandistriktet)
• USA (30)

I tillegg kommer en rekke stavropegiale klostre, både i Russland (f.eks. Solovkiklosteret, Valamoklosteret) og utlandet (f.eks. Pühtitsaklosteret i Estland). Også disse ligger direkte under patriarken av Moskva.

De følgende ortodokse kirkene har ulik grad av selvstyre innenfor den russisk-ortodokse kirka:

• Den estisk-ortodokse kirke (selvstyrt; ikke anerkjent av den økumeniske patriarken)
• Den hviterussisk-ortodokse kirke (eksarkat)
• Den japansk-ortodokse kirke (autonom)
• Den kinesisk-ortodokse kirke (autonom; de facto ikke-eksisterende)
• Den latvisk-ortodokse kirke (selvstyrt)
• Den moldovsk-ortodokse kirke (selvstyrt; ikke anerkjent av patriarken av București)
• Den russisk-ortodokse utenlandskirke (selvstyrt)
• Den ukrainsk-ortodokse kirke (selvstyrt)

Selvstendigheten øker i rekkefølgen eksarkat–selvstyrt–autonom. Autonome kirker er helt uavhengige i alle åndelige og administrative spørsmål, bortsett fra at kirkenes overhoder må godkjennes og innsettes av patriarken av Moskva.

• Kirkas liste over eparkier (russisk)
• Kart over de russiske eparkiene (russisk)