Tot het Werelderfgoed in Estland behoren tegenwoordig twee Werelderfgoederen, waaronder één internationaal Werelderfgoed. Het eerste Werelderfgoed werd in 1997 ingeschreven.

Deze lijst toont de twee Werelderfgoederen in Estland in chronologische volgorde (C – Cultuurerfgoed; N – Natuurerfgoed).

Naam	Jaar	Soort	Beschrijving	Afbeelding
Oude Stad van Tallinn[1]	1997	C	De oorsprong van Tallinn ligt in de 13e eeuw, toen er door de Kruisridders van de Duitse Orde een burcht werd gebouwd. De latere belangrijke positie in de Hanze en de daarmee verbonden rijkdom voerde tot een weelde aan openbare gebouwen (de kerken in het bijzonder) en een vergelijkbare architectuur van koopmanshuizen.
Geodetische boog van Struve[2]	2005	C	Omvat 34 speciaal gemarkeerde meetpunten langs de Geodetische boog van Struve in Estland, Finland, Letland, Litouwen, Moldavië, Noorwegen, Oekraïne, Rusland, Wit-Rusland en Zweden, die dienden voor de vaststelling van de precieze vorm van de Aarde in Noord- en Oost-Europa.

In de zogenaamde voorlopige lijst van de UNESCO worden objecten ingeschreven, die naar het inzicht van de betreffende regering potentieel voor de erkenning als Werelderfgoed in aanmerking komen. Dit zegt niets over de eventuele daadwerkelijke succesvolle inschrijving op de lijst. Tegenwoordig (2014) zijn op de lijst drie objecten uit Estland ingeschreven.^[3]

Naam	Jaar	Soort	Beschrijving	Afbeelding
Bisschopsburcht van Kuressaare	2002	C	De Bisschopsburcht van Kuressaare, voorheen Arensburg, is een van de best bewaard gebleven Middeleeuwse burchten in de Baltische staten. De beslissing over het Werelderfgoed werd in 2004 verdaagd en een uitbreiding met de stad Kuressaare aanbevolen.[4]
Baltische klippen	2004	N	De Baltische Klippen strekken zich uit van het Zweedse Öland tot aan Estland. Van de kust in Estland zijn 250 km door hun kalkformaties en watervallen beschermenswaardig.[5]
Baltische Loofweiden van Estland (Laelatu, Kalli-Nedrema, Mäepea, Allika, Tagamoisa, Loode, Koiva, Halliste)	2004	C / N	De Baltische Loofweiden zijn ontstaan door eeuwenlang aanhoudend gemengd gebruik van wouden en traditionele landbouw.[6]

Deze objecten werden ven de voorlopige lijst verwijderd en door nieuwe vervangen.^[7]

Naam	Jaar	Soort	Beschrijving	Afbeelding
Nationaal park Soomaa	2002	N	De vier grote Moerassen Kuresoo, Valgeraba, Kikepera en Öördi liggen in het stroomgebied van de rivier Pärnu, bij overstroming kan het gebied tot een maximaal oppervlak van 110 km² uitbreiden. Het Nationaal park stond op de nominatielijst, maar werd door Estland echter weer teruggetrokken.[8]
Klippen van Saka-Ontika-Toila	2002	N
Nationaal park Karula	2002	N
Kaali Meteorietenkraters	2002	N
West-Estische Archipel	2002	N

Deze lijst toont de documenten en archieven opgenomen in het Memory of the World-programma van UNESCO.

Naam	Jaar	Beschrijving	Afbeelding
Baltische Weg[9]	2009	Een serie documenten die de gebeurtenis registreren (met Letland en Litouwen)

Deze lijst toont tradities opgenomen als immaterieel werelderfgoed.

Naam	Jaar	Beschrijving	Afbeelding
de cultuur van Kihnu[10]	2008
De Baltiche zang en danstraditie[10]	2008	Samen met Letland en Litouwen
Seto Leelo[10]	2011	Een polyphonische zangtraditie van de Setomaa-regio
De Rooksauna-traditie in Võrumaa[10]	2014
Productie en gebruik van boomstamkano's in de Soomaa-regio	2021