De marathon van Rome 1999 werd gelopen op zondag 21 maart 1999. Het was de vijfde editie van deze marathon. In totaal finishten er 4268 lopers waarvan 379 vrouwen.

Philip Tanui was de eerste Keniaan die in Rome zegevierde. Hij was bij de mannen het snelst en finishte in 2:09.56. Bij de vrouwen was de Italiaanse Maura Viceconte de sterkste; zij won in 2:29.36.

Mannen

rang	naam	land	tijd
1	Philip Tanui	KEN	2:09.56
2	Dmitriy Kapitonov	RUS	2:10.10
3	Philip Chirchir	KEN	2:10.15
4	Roberto Barbi	ITA	2:10.46
5	Osmiro da Silva	BRA	2:10.49
6	William Koech	KEN	2:11.09
7	Bedaso Turbe	ETH	2:12.39
8	Vincenzo Modica	ITA	2:12.58
9	Jonah Koech	KEN	2:13.44
10	David Menjo	KEN	2:15.07
11	Francesco Ingargiola	ITA	2:17.21
12	Willie Kering	KEN	2:17.34
13	Giuseppe Carella	ITA	2:17.45
14	Mark Too	KEN	2:18.13
15	Edgar Sanchez	COL	2:18.34
16	Michael Mukoma	KEN	2:19.26
17	Abdelkrim Yetimi	TUN	2:20.06
18	Juan Carlos Gutierrez	COL	2:21.54

Vrouwen

rang	naam	land	tijd
1	Maura Viceconte	ITA	2:29.36
2	Jane Salumäe	EST	2:30.40
3	Gadisse Edato	ETH	2:32.36
4	Karina Szymańska	POL	2:34.46
5	Natalia Galushko	BLR	2:35.16
6	Halina Karnatevicz	BLR	2:35.59
7	Mieke Pullen	NED	2:42.18
8	Larisa Malikova	RUS	2:43.00