De marathon van Eindhoven 2006 vond plaats op zondag 8 oktober 2006. Het was de 21e editie van deze marathon. In totaal finishten er 866 marathonlopers.

De wedstrijd bij de mannen werd gewonnen door de Keniaan Philip Singoei. Hij won de wedstrijd in 2:08.18 en verbeterde hiermee tevens het parcoursrecord. Agnes Hijman won de wedstrijd bij de vrouwen in 2:54.36 en was tevens de enige dame die het parcours in drie uur voltooide.

rang	naam	land	tijd
1	Philip Singoei	KEN	2:08.18
2	Samson Barmao	KEN	2:09.28
3	Luke Kibet	KEN	2:10.06
4	Yussuf Songoka	KEN	2:11.37
5	John Kirui	KEN	2:11.49
6	Sammy Chumba	KEN	2:12.58
7	Tesfaye Tola	ETH	2:13.12
8	Joël Rono	KEN	2:15.07
9	Thomas Migwi	KEN	2:15.33
10	Sammy Rono	KEN	2:15.37
11	David Mutai	KEN	2:15.49
12	Joshua Chelanga	KEN	2:18.08
13	Benjamin Kipkosgei	KEN	2:18.10
14	John Kelai	KEN	2:18.37
15	Benjamin Kipngetich	KEN	2:18.56
16	Jeroen van Damme	NED	2:19.44
17	Eric Gerome	BEL	2:20.07
18	Guy Fays	BEL	2:21.17
19	Peter Lomuria	KEN	2:21.32
20	John Itati	KEN	2:21.40

rang	naam	land	tijd
1	Agnes Hijman	NED	2:54.36
2	Armande Petit	BEL	3:00.05
3	Helmie Ramakers	NED	3:02.06
4	Birgit Krämer	NED	3:04.37