Joan Cunaeus (Leiden, 1617 - aldaar, 12 mei 1673) was een Nederlands diplomaat en VOC-bestuurder.

Joan Cunaeus werd geboren als de oudste zoon van Petrus Cunaeus en Maria van Zeyst. Op 15 september 1644 werd hij aangesteld tot fiscaal-generaal van de vloot bij de VOC en trad hij aldaar in dienst en vertrok hij naar Indië. In de periode 1645-1648 was hij secretaris van de Gouverneur-generaal Cornelis van der Lijn en tussen 1647 en 1650 was hij baljuw van Batavia, tevens was hij lid van de Raad van Indië. Tussen september 1651 en november 1652 verbleef hij als gezant van de VOC bij de Safawieden. Cunaeus secretaris Cornelis Speelman schreef een reisjournaal over hun reis. In 1658 keerde hij terug in Nederland en vestigde hij zich weer in Leiden. Hij pakte daar zijn studie weer op en hij wist op 16 februari 1667 zijn doctorstitel in rechtsgeleerdheid te behalen. In Leiden vervulde Cunaeus vervolgens diverse functies en was hij onder meer regent van het Sint Elisabeth Gasthuis. Hij was getrouwd met Sara Calendrinl en had met haar negen kinderen.