Inverted repeat
Een inverted repeat (afgekort als IR) is een sequentie van nucleotiden die downstream (verderop in het DNA) op de complementaire keten in tegengestelde richting wordt herhaald.[1] Deze stroomafwaartse sequentie noemt men de reverse complement. De afstand tussen de initiële sequentie en het reverse complement varieert. Als er geen tussenliggende nucleotiden voorkomen spreekt men van een palindroomsequentie. Een voorbeeld van een inverted repeat is: 5'--TTACGnnnnnnCGTAA--3'. De in hoofdletter genoemde nucleotiden zijn complementair aan elkaar.
Dergelijke herhalingssequenties kunnen betrekking hebben op een paar nucleotiden of op een volledig gen. Ze kunnen zeer verspreid over het chromosoom voorkomen of juist direct achter elkaar liggen: men spreekt dan van een tandemsequentie.[a] Een tandemsequentie kan in eukaryoten wel duizenden keren verspreid over het genoom terugkomen.[2] Herhalingssequenties van ongeveer 10-100 basenparen noemt men minisatellieten, kortere herhalingssequenties van 2-4 basenparen noemt men microsatellieten. Hoewel de meeste herhalingssequenties in de centromeren en telomeren voorkomen, bevindt een groot deel zich in het niet-coderend DNA.[3]
Inverted repeats komen voor bij eukaryoten, prokaryoten en zelfs in het genoom van chloroplasten en mitochondriën. Ze vervullen een aantal belangrijke biologische functies. Ze vormen de grenzen van transposons en geven regio's aan die in staat zijn tot zelfcomplementaire basenparing (zoals pseudoknopen). Deze aspecten spelen een belangrijke rol bij de stabiliteit van het genoom en dragen bij aan de celevolutie, genetische diversiteit[4] en afwending van mutaties.[5]
Voorbeelden
[bewerken | brontekst bewerken]Een ander voorbeeld van een inverted repeat is:
- 5’--CCATGnnnnnnCATGG--3’
- 3’--GGTACnnnnnnGTACC--5’
Een inverted repeat moet niet worden verward met een direct repeat, waarin de herhaalde sequentie niet is omgekeerd:
- 5’--TTACGnnnnnnTTACG--3’
- 3’--AATGCnnnnnnAATGC--5’
Zie ook
[bewerken | brontekst bewerken]- Noten
- ↑ Een groep nucleotiden dat zich achtereenvolgens herhaald.
- Referenties
- ↑ (en) David W. Ussery, Trudy Wassenaar, Stefano Borini (2008). Computing for Comparative Microbial Genomics: Bioinformatics for Microbiologists, 1. Springer, 133–144. ISBN 978-1-84800-254-8.
- ↑ (en) van Belkum A, Scherer S, van Alphen L, Verbrugh H (June 1998). Short-sequence DNA repeats in prokaryotic genomes. Microbiology and molecular biology reviews : MMBR 62 (2): 275–93. PMID 9618442. PMC 98915.
- ↑ (en) Ramel, C (1997). Mini- and microsatellites. Environmental Health Perspectives 105 Suppl 4 (Suppl 4): 781–9. PMID 9255562. PMC 1470042. DOI: 10.2307/3433284.
- ↑ (en) Lin, CT, Lin, WH, Lyu, YL (1 september 2001). Inverted repeats as genetic elements for promoting DNA inverted duplication: implications in gene amplification. Nucleic Acids Research 29 (17): 3529–38. PMID 11522822. PMC 55881. DOI: 10.1093/nar/29.17.3529.
- ↑ (en) Bissler, JJ (1998). DNA inverted repeats and human disease.. Frontiers in Bioscience 3: d408-18. PMID 9516381. DOI: 10.2741/a284.
Text is available under the CC BY-SA 4.0 license; additional terms may apply.
Images, videos and audio are available under their respective licenses.
