Groeven (DNA)
Over het oppervlak van de dubbelstrengse DNA-helix lopen twee soorten inkepingen, de brede groeve en de smalle groeve.[1] In Engelstalige literatuur spreekt men respectievelijk van de major groove en de minor groove. De brede groeve is 12 ångström[Noot 1] breed, en de smalle groeve 6 ångström.[2] De groeven zijn van verschillende diepte omdat de nucleotideketens van het DNA niet precies symmetrisch om elkaar heen draaien.
De groeven zijn biologisch relevant. In de groeven kunnen DNA-bindende eiwitten, zoals transcriptiefactoren of endonucleases, contact maken met de stikstofbasen. Eiwitten die als taak hebben om bepaalde nucleotidesequenties te herkennen, kunnen via een groeve aan het DNA vasthechten. Aan de randen van de groeve bevinden zich namelijk patronen van waterstofbrug-vormende groepen die specifiek zijn voor bepaalde sequenties.[3] Op deze manier is het mogelijk dat de sequentie-informatie van het DNA door eiwitten herkend en afgelezen wordt zonder dat het nodig is de helix te openen. Dit gegeven is belangrijk voor het mechanisme waarmee DNA-replicatie en transcriptie worden gereguleerd.[2]
De brede groeve is ruim genoeg om alfa-helices en andere structuurelementen van eiwitten te accommoderen. De meeste eiwitten die DNA binden doen dit dan ook in de brede groeve. Sommige eiwitten kunnen na binding in deze groeve de DNA-helix behoorlijk deformeren (uit vorm brengen). Het TATA-bindende eiwit (TBP) maakt bijvoorbeeld een knik in de helix en verwijdt daarbij de smalle groeve. Deze conformatie is van belang bij het op gang brengen van het transcriptieproces.[2]
Zie ook
[bewerken | brontekst bewerken]Noten in de tekst
- ↑ Binnen de moleculaire biologie is de ångström nog een veelgebruikte eenheid, het is echter geen SI-eenheid. In het SI-stelsel dient de nm of de pm gebruikt te worden. De brede groef wordt dan 1,2 nm of 1200 pm breed.
Bronnen
- ↑ (nl) Schuit, F.C (2000). Medische biochemie. Bohn Stafleu Van Loghum, Houten, "Hoofdstuk 6: Nucleïnezuren", pp. 158-161. ISBN 90-313-3020-5.
- ↑ a b c (en) Kuriyan, J. Konforti, B. & Wemmer, D. (2013). The Molecules of Life. Garland Science, "Chapter 2: Nucleic Acid Structure", pp. 59-62. ISBN 978-0-8153-4188-8.
- ↑ (en) Privalov PL, Dragan AI, Crane-Robinson C, Remeta DP. (2007). What Drives Proteins into the Major or Minor Grooves of DNA?. Journal of Molecular Biology: 1–9. DOI: 10.1016/j.jmb.2006.09.059. Gearchiveerd van origineel op 12 oktober 2022.
Text is available under the CC BY-SA 4.0 license; additional terms may apply.
Images, videos and audio are available under their respective licenses.
