Sebuah sekolah kerajaan yang hanya ada pelajar lelaki di tingkatan 1 hingga 5 kecuali tingkatan 6. Sekolah ini berstatuskan agama bertekad melahirkan Ulama' dan Umara' di masa hadapan. Selain itu, sekolah ini juga terdapat Pra-Universiti/Tingkatan 6 untuk pelajar yang ingin mengambil STPM dan menyediakan asrama untuk semua tingkatan. Terletak di Batu Berendam, Melaka

Tingkatan 1:142
Tingkatan 2:157
Tingkatan 3:147
Tingkatan 4:123
Tingkatan 5:74
Jumlah=643(tidak termasuk tingkatan 6)

• BAHASA ARAB:

• BAHASA INGGERIS: PUAN SHAFINAZS EIDAYU IRMA BINTI ABDUL SAMAD

• BAHASA MELAYU:

• MATEMATIK: PUAN NURHIDAYU BINTI ABDUL RAHMAN

• SAINS: PUAN NOOR HAZWANI BINTI OTHMAN

• SEJARAH: ENCIK SIVARAJAH A/L PITCHAMUTHU

• GEOGRAFI:

• REKA BENTUK DAN TEKNOLOGI: PUAN ROSILAWATI BINTI ADNAN

• ASAS SAINS KOMPUTER: PUAN FADZILAH BINTI YUSOF

• PENDIDIKAN SENI VISUAL: ENCIK MOHD YATIM BASORI BIN ABU@HASSAN

• PENDIDIKAN JASMANI DAN KESIHATAN: ENCIK JERAIE BIN SITAM

• PENDIDIKAN ISLAM: ENCIK JASMI BIN AMIN

• PENDIDIKAN AL-QURAN DAN ASSUNNAH: PUAN AZLIN AIZAT BINTI ABDUL JALIL

• PENDIDIKAN SYARIAH ISLAMIAH: PUAN NOREDAH BINTI IBRAHIM

• PRINSIP PERAKAUNAN: PUAN FAZILATULLIZA BINTI ABU BAKAR

• EKONOMI: PUAN NORADILA BINTI MOHAMMADI

• MATEMATIK TAMBAHAN: PUAN NURHIDAYU BINTI ABDUL RAHMAN

• FIZIK: ENCIK ASRULLAH BIN SABIT

• KIMIA: PUAN ROZILA BINTI RAHMAT

• BIOLOGI: ENCIK ABDUL LATIP BIN MOHD ALI

• REKA CIPTA: PUAN ROSILAWATI BINTI ADNAN

• SAINS KOMPUTER: PUAN FADZILAH BINTI YUSOF

2013: 3.22
2014: 3.46
2015: 3.66
2016: 3.28
2017: 3.24
2018: 3.62
2019: 3.01
2020: 2.92
2021: 3.47
2022: 3.10
2023: 2.89

1. Tuan Haji Sabli bin Haji Mohamad (1967 - 1976)
2. Tuan Haji Abd. Kadir bin Haji Md. Yassin (PJK) (1977 - 1985)
3. Tuan Haji Jaafar bin A. Hamid (1986 - 1994)
4. Tuan Haji Md Salleh bin Ahmadi (1994 - 2000)
5. Tuan Haji Kamisan bin Nor (2000 - 2002)
6. Tuan Haji Dziaruddin bin Abdul Rahman (2002 - 2005)
7. Tuan Haji Abdullah bin Jusoh (2005 - 2008)
8. Tuan Haji Muhd Hairi bin Tamam (2008 - 2009)
9. Tuan Haji Ariffin bin Omar (2009 - 2011)
10. Tuan Haji Muhd Hairi bin Tamam (2012 - 2017)
11. Puan Hatina binti Yaakob (2017 - 2021)
​12. Encik Roslan Bin Abd Latip (2021-2022)
13. Encik Zulkifli Bin Baharom (2022-2024)
14. Puan Hajah Puspa binti Adam (2024-kini)

• GPK TINGKATAN 6: PUAN HAJAH NOR IMANI BINTI MD. NOR (USTAZAH)

• GKMP BAHASA: PUAN LIS QURAISIN BINTI DOLHALIT

• GKMP KEMANUSIAAN: PUAN ROZITA BINTI ABDUL HAMID (USTAZAH)

• GKMP PAI & BA: PUAN KHAIRUL IZZAH BINTI AROM (USTAZAH)

• GKMP SAINS & MATEMATIK: PUAN ZAHARINA BINTI MOHAMAT SANI

• GKMP TEKNIK DAN VOKASIONAL: PUAN FAZILATULLIZA BINTI ABU BAKAR

• KETUA WARDEN: ENCIK MOHD KHUZAINI BIN ROZALI

Sekolah ini telah ditubuhkan pada 1 Mei 1967 bagi memenuhi dasar pendidikan negara ketika itu yang mahukan pendidikan ditekankan dalam pelbagai aliran khususnya aliran agama. Tuan Pengetua pertama yang bertanggungjawab ketika itu ialah Ustaz Sabil bin Haji Mohamed. Pada peringkat awal penubuhan, sekolah ini hanya mempunyai 2 orang guru, 3 orang pekerja dan 70 orang pelajar lelaki yang dikhusukan dalam aliran agama. Sekolah ini pada mulanya di bawah pentadbiran Majlis Agama Islam Melaka (MAIM) dan menggunakan nama Sekolah Menengah Sultan Muhammad (Menengah Tinggi Agama) bersempena dengan gelaran Sultan Melaka iaitu Sri Maharaja.

Pembukaan sekolah ini telah dirasmikan oleh DYMM Seri Paduka Baginda Tuanku Ismail Nasiruddin Shah Ibni Al-Marhum Sultan Zainal Abidin, Yang di-Pertuan Agong ke-4 pada 21 Ogos 1967. Pada awal 1969, seramai 99 orang pelajar perempuan dari pelbagai sekolah agama rakyat telah diterima belajar di sekolah ini dan diserapkan terus ke tingkatan dua. Pada peringkat itu, umur pelajar di sekolah ini tidak dihadkan.

Pada tahun 1974, sekolah ini adalah antara 13 buah sekolah agama negeri di seluruh semenanjung Malaysia yang telah diambil alih pengurusannya oleh Kementerian Pendidikan Malaysia (KPM). Sekolah ini telah menukar nama sekolahnya kepada Sekolah Menengah Kebangsaan Agama Sultan Muhammad, Melaka. Mulai dari itu juga sekolah ini telah diletakkan di bawah pengurusan pengambilan pelajar di sekolah lain. Sekolah ini juga dikhaskan untuk pelajar lelaki sahaja.

Pada tahun 2014, SMKA Sultan Muhammad telah dinobatkan sebagai Sekolah Kluster Kecemerlangan Kohort 8. Pada tahun 2017, sekolah ini berjaya meletakkan kedudukannya setanding dengan sekolah-sekolah ternama lain di peringkat negeri dan kebangsaan di bawah pimpinan Tuan Pengetua, Tuan Haji Muhd Hairi bin Tamam bersama 85 orang guru dan 17 orang kakitangan sokongan.