റിപബ്ലിക് ഓഫ് പാകിസ്താനിലെ ഏറ്റവും വലിയ മതവും സ്റ്റേറ്റ് മതവും ആണ് ഇസ്ലാം. രാഷ്ട്രീയ ഇസ്ലാമിന്റെ കേന്ദ്രം എന്നും പാകിസ്താൻ അറിയപ്പെടന്നു.

ഏകദേശം 97.0% പാകിസ്താനികളും മുസ്ലിംഗളാണ്. ഇന്ത്യോനേഷ്യക്ക് ശേഷം ലോകത്തിലെ രണ്ടാമത്തെ മുസ്ലിം അംഗസംഖ്യയുള്ളത് പാകിസ്താനിലാണ്. സുന്നി വിഭാഗത്തിലുള്ളവരാണ് അതിൽ ഭൂരിഭാഗവും (75-95 %) ഷിയാ വിഭാഗത്തിലുള്ളവർ 5 മുതൽ 20 ശതമാനം വരെ കൈയ്യാളുന്നു. അഹമ്മദികൾ (ചിലർ മുസ്ലിം അല്ലാത്തവരായി കരുതുന്നു). ഒന്നുമുതൽ രണ്ടു ശതമാനം വരെ ആണ്.

മുസ്ലീം സാമ്രാജ്യങ്ങളെ കൂട്ടുപിടിച്ച് ആധുനിക പാകിസ്താനിലോട്ടുള്ള മുസ്ലിംകൾടെ ആഗമനം സൗത്ത് ഏഷ്യയിൽ മതപരമായ അതിർത്തി ഉണ്ടാക്കിയെടുക്കുകയും തന്മൂലം ആധുനിക പാകിസ്താൻ്റെ പുരോഗതിക്കും സൗത്ത് ഏഷ്യയിലാകമാനം ഇസ്ല്ലാം ഭരണം പടർന്നു പിടിക്കുന്നതിനുള്ള ചവിട്ടുപടിയാവുന്നതിനു കാരണമാവുകയും ചെയ്തു. ഗസ്നാവിദ് സാമ്രാജ്യം, ഗോറിദ് സാമ്രാജ്യം ഡൽഹി സുൽത്താനേറ്റ് എന്നിവയുൾപ്പെടെയുള്ള നിരവധി ഇസ്ലാമിക്ക് സാമ്രാജ്യത്തിൻ്റെ ഭരണത്തെ പിന്തുടർന്നു വന്ന മുഗൾ വംശം 1526 മുതൽ 1739 വരെ ആ പ്രദേശത്തെ തങ്ങളുടെ ഭരണ പരിധിയിലാക്കി. മിഡിൽ ഇസ്റ്റിൽ നിന്നും സെൻ്റട്രൽ ഏഷ്യയിൽ നിന്നും പല സൂഫി മിഷനറീസും  ദക്ഷിണേഷ്യ യിൽ ടിയേറി പാർക്കുകയും തന്മൂലം ബഹു ഭൂരിഭാഗം ജനങ്ങളും ഇസ്ലാമിലോട്ട് മാറുകയും ചെയ്തു. പാകിസ്താനിലെ സൂഫിസം എന്നത് രാജ്യത്ത് വളരെയധികം പ്രാധാന്യമർഹിക്കുന്ന ഒന്നായ് മാറി.

ദില്ലി സുൽത്താനത്തും പിന്നീട് മുഗൾ സാമ്രാജ്യവും വടക്കേ ഇന്ത്യയുടെ ഭാഗം ഭരിച്ചു.  ദില്ലി സുൽത്താനത്തിന്റെയും മുഗൾ ഭരണത്തിന്റെയും കാലഘട്ടത്തിൽ മുസ്ലീം അഭയാർഥികൾ, പ്രഭുക്കൾ, സാങ്കേതികവിദഗ്ദ്ധർ, ഉദ്യോഗസ്ഥർ, പടയാളികൾ, വ്യാപാരികൾ, ശാസ്ത്രജ്ഞർ, ആർക്കിടെക്റ്റുകൾ, കലാകാരന്മാർ, അധ്യാപകർ, കവികൾ, കലാകാരന്മാർ, ദൈവശാസ്ത്രജ്ഞന്മാർ, സുഫികൾ  മറ്റു ഇസ്ലാം ജനത എന്നിവരെ ഇസ്ലാമിലേക്ക് ആകർഷിപ്പിച്ചു. അങ്ങനെ അവർ കൂട്ടമായി പാലായനം ചെയ്യുകയും ദക്ഷിണേഷ്യയിൽ സ്ഥിരതാമസമാക്കുകയും ചെയ്തു.  സുൽത്താൻ ഗിയാസുദ്ദീൻ ബാൽബന്റെ ഭരണകാലത്ത്  (1266-1286) ഖാവരെസ്മിയയിൽ മുഗളിന്റെ കടന്നാക്രമണം കാരണം 15 ചക്രവർത്തിമാരുൾപ്പടെ ആയിരക്കണക്കിന് മധ്യേഷൻ മുസ്ലിംങ്ങൾ രാഷ്ട്രീയ ആശ്രയം തേടിയെത്തി.

മധ്യേഷ്യൻ വംശഹത്യയിൽ നിന്നും രക്ഷപ്പെടുന്ന ആദ്യ മുസ്ലീം അഭയാർഥികൾ, ഇറാനിൽ നിന്നുള്ള ഭരണാധികാരികൾ, ചൈനയിൽ നിന്നുള്ള ചിത്രകാരന്മാർ, സമർകണ്ട്, നിഷാപൂർ, ബുഖാറ, മുസ്ലീം രാജ്യങ്ങളിൽ നിന്നുള്ള വിശുദ്ധന്മാരും വിശുദ്ധന്മാരും, എല്ലാ മേഖലകളിൽ നിന്നുള്ള ശില്പികളുമായും പുരുഷന്മാരുമായും, ഗ്രീക്ക് വൈദ്യശാസ്ത്രത്തിൽ ഡോക്ടർമാരും, എല്ലായിടത്തുനിന്നുമുള്ള തത്ത്വചിന്തകന്മാരും സുൽത്താൻ ഇൽത്തെമിഷിന്റെ കോടതിയിൽ ഉണ്ടായിരുന്നു. 

വ്യത്യസ്ത വിഭാഗത്തിലുള്ള മുസ്ലിം പട്ടാളക്കാരുടെ സഹായത്തോടെ മുഗൾ രാജവംശം ലോഡി വംശത്തെ പരാജയപ്പെടുത്തിയ പാനിപ്പത്ത് യുദ്ധത്തിന് ശേഷം (1526)  അവർക്ക് എസ്റ്റേറ്റുകൾ സമ്മാനിക്കപ്പെട്ടു. തുടർന്ന് നവപാകിസ്താനിൽ അവർ സ്ഥിരതാമസമാക്കി.

711 CE യിൽ മുഹമ്മദ് ബിൻ ക്വാസിമിന്റെ നേതൃത്വത്തിൽ ഉമയ്യദ് രാജവംശം മുസ്ലിം അറബ് ആർമിയെ സിന്ധ് ഭരണാധിയായ രാജാ ദാഹിറിന് എതിരായി അയച്ചു.

 7-ആം നൂറ്റാണ്ടിന്റെ ആരംഭത്തിൽ അറേബ്യയിൽ ഇസ്ലാമിന്റെ ഉത്ഭവത്തെ തുടർന്ന്, മുസ്ലിം അറബികൾ 7-ാം നൂറ്റാണ്ടിന്റെ മദ്ധ്യത്തിൽ പടിഞ്ഞാറേ ഇന്ത്യയുടെ പ്രധാന ശക്തിയായി സൗരാഷ്ട്രയിലെ പേർഷ്യൻ സാമ്രാജ്യം സ്ഥാപിച്ചു. 711-713 AD യിൽ ഡമാസ്കസിന്റെ ഉമയാദ് ഖലീഫയിൽ നിന്നുള്ള അറബ് സൈന്യം സിന്ധു പിടിച്ചടക്കി ഇന്നത്തെ തെക്കൻ പഞ്ചാബിലേക്ക് മുൾട്ടാൻ നിയന്ത്രണം ഏറ്റെടുക്കുകയും ഇസ്ലാമിലെ ഇസ്മയിൽ വിഭാഗത്തിന്റെ കേന്ദ്രമായി മാറുകയും ചെയ്തു.

1930 ൽ അലഹബാദിലെ മുസ്ലീം ലീഗിനെ അഭിസംബോധന ചെയ്തപ്പോഴാണ്  മുസ്ലിം പണ്ഡിതനും കവിയുമായ സർ അല്ലമ മുഹമ്മദ് ഇഖ്ബാൽ വടക്ക് പടിഞ്ഞാറ് ദക്ഷിണേഷ്യയെ മുസ്ലിം സ്റ്റേറ്റ് ആക്കാനുള്ള ആദ്യം തന്റെ നിർദ്ദേശം മുന്നോട്ട് വെച്ചത്. പഞ്ചാബ്, സിന്ധ്, ബലൂചിസ്ഥാൻ, വടക്കുപടിഞ്ഞാറൻ എന്നീ നാലു പ്രവിശ്യകളെയാണ് അദ്ദേഹം നിർദ്ദേശിച്ചത്. 

CIA World Factbook ന്റെ അടിസ്ഥാനത്തിലും ഓക്സ്ഫോർഡ് സെന്റർ ഫോർ ഇസ്ലാമിക് സ്റ്റഡീസിന്റെ അടിസ്ഥാനത്തിലും 95 മുതൽ 97 ശതമാനം വരെയുള്ള പാകിസ്താൻ ജനങ്ങൾ മുസ്ലിംങ്ങളാണ്. പാകിസ്താനി മുസ്ലിംഗളിൽ ഭൂരിഭാഗവും സുന്നി ഹനഫി മദ്ഹബിൽ പെടുന്നവരാണ്.  (school of jurisprudence) പാകിസ്താനിലെ സുന്നികളുടെ കണക്ക് ഏകദേശം 75 മുതൽ 95 ശതമാനം വരെയാണ്. 

പാകിസ്താനിലെ മത ന്യൂനപക്ഷങ്ങളിൽ നിന്ന് ഇസ്ലാമിലേക്ക് പരിവർത്തനം ചെയ്യപ്പെട്ടിട്ടുണ്ട്. സിന്ധ് പ്രവിശ്യയിലെ ബാഡിൻ ജില്ലയിൽ മാറ്റ്ലിയിൽ നിന്നുള്ള ഒരു മുസ്ലീം മിഷനറിയാണ് ഡെൻ മുഹമ്മദ് ഷെയ്ഖ്. 110,000 ഹിന്ദുക്കൾ ഇസ്ലാം മതത്തിലേക്ക് മാറ്റപ്പെട്ടു.