Y хромозомот (се чита ипсилон хромозом) е полово-одредувачкиот хромозом кај повеќето цицачи, вклучувајќи ги и луѓето. Кај цицачите, тој го содржи генот SRY, кој го започнува и иницира развојот на семениците (тестисите), со што се одредува полот. Човечкиот Y хромозом се состои од околу 60 милиони базни парови.

Повеќето цицачи имаат еден пар на полови хромозоми во секоја клетка (иако, на пример, клунарот, Ornithorhynchus anatinus, поседува пет пара). Машките единки поседуваат еден Y хромозом и еден X-хромозом, додека женките имаат два X-хромозоми. Кај цицачите, Y хромозомот го содржи генот кој го насочува ембрионалниот развиток кон создавање на машка единка. Овој ген е SRY. Другите гени на овој хромозом се потребни за нормалното производство на сперматозоиди.

Постојат и исклучоци од горното правило. Меѓу луѓето, некои мажи имаат два X-хромозоми и еден Y хромозом (XXY или Клинефелтеров синдром), или еден Х и два Y хромозоми (XYY синдром), додека некои жени поседуваат три X-хромозоми или само еден неспарен X-хромозом (генетско нарушување познато како Тарнеров синдром). Постојат и други исклучоци каде SRY генот е оштетен (нарушување познато како XY женка) или копиран на X-хромозомот (што доведува до нарушувањето ХХ мажјак). За слични вакви феномени, видете синдром на инсензитивност на андроген и интерсекс.

Присуството или отсуството на Y хромозомот е метод за полова детерминација.

Многу ектотермни ‘рбетници немаат полови хромозоми. Доколку тие имаат разделни полови, полот во тој случај се детерминира под дејство на еколошките фактори на средината, отколку по генетски пат. За некои од нив, особено влекачите, полот зависи од температурата на која се вршела инкубацијата, а останатите се хермафродити.