Во 1478 била основана Шпанската инквизиција, што претставувала суд на Католичката црква поддржана од страна на тогашното шпанско кралство за заштита на верата против разни кривоверци и кривоверци со цел тие да ја прифатат католичката вера. Во оваа група подоцна спаднале и Евреите по што биле присилени (во 1492) да се преселат од пиринејскиот полуостров таканаречените Сефардички Евреи во Македонија ^{[се бара извор]} и други источни предели.

Општо земено, инквизицијата дејствувала во средниот век во сите земји на Западна Европа од 1289, а особено крвава и немилосрдна била озогласената шпанска инквизиција. Многу напредни умови биле жртви на инквизицијата, како на пример Јан Хус, Џордано Бруно и други. Шпанската инквизиција била укината во 1834.