Savivaldybių reforma 1994–1999 m. buvo įgyvendinta siekiant performuoti Lietuvos administracinio suskirstymo sistemą.

1994 m. buvo priimtas LR teritorijos administracinių vienetų ir jų ribų įstatymas, kuriuo buvo nustatyti teritorijos administraciniai vienetai – apskritys ir savivaldybės. Vadovaujantis LR teritorijos administracinių vienetų ir jų ribų įstatymu (Žin., 1994, Nr.60-1183; 1995, Nr.79-1819; 1997, Nr.65-1544; 1999, Nr.43-1362, Nr.109-3176) pirmajame teritorijos administracinių vienetų reformos etape buvo įsteigtos 56 savivaldybės ir 10 apskričių: Alytaus, Kauno, Klaipėdos, Marijampolės, Panevėžio, Šiaulių, Tauragės, Telšių, Utenos ir Vilniaus.

Įstatymas dėl reformos priimtas 1999 m. gruodžio 21 d. Didelės plotu ir (arba) gyventojų skaičiumi rajonų savivaldybės, kuriose buvo keli aiškūs centrai, buvo suskirstytos į dalis, nuo jų atskiriant naujas savivaldybes. Mažų miestų savivaldybės, kurios iki tol apėmė tik tuos miestus, buvo išplėstos, kad apimtų dar ir apylinkes, o jų pavadinimas pakeistas iš „miesto savivaldybės“ į tiesiog „savivaldybę“. Kai kurios sienos tarp savivaldybių pakeistos, taip kad teritorijos įeitų į tą savivaldybę, kurios sostinė yra arčiau jų.

Per savivaldybių reformą buvo:

• Įkurta Elektrėnų savivaldybė (iš Trakų rajono teritorijų, kurios arčiau Elektrėnų nei Trakų, taip pat iš rytinės Kaišiadorių rajono dalies).
• Įkurta Rietavo savivaldybė (iš Plungės rajono pietinės dalies)
• Įkurta Pagėgių savivaldybė (iš Šilutės rajono pietryčių); ji buvo atjungta nuo Klaipėdos apskrities ir priskirta Tauragės apskričiai, nes nuo visų jos teritorijų Tauragė arčiau nei Klaipėda.
• Išplėstos Druskininkų ir Birštono savivaldybės, iš miesto savivaldybių pervadintos į tiesiog savivaldybes. Pirmoji prijungė dalį Lazdijų rajono ir Varėnos rajono teritorijų, o antroji – Prienų rajono.
• Neringos miesto savivaldybė pervadinta į Neringos savivaldybę, kad atitiktų padėtį, nes miesto ten nėra.
• Viekšniai perduoti iš Akmenės rajono Mažeikių rajonui, taip padarant Akmenės rajoną mažiausia rajono savivaldybe.
• Išplėsta Marijampolės miesto savivaldybė ir tapo Marijampolės savivaldybe, apimančia trečdalį buvusio Marijampolės rajono, visą jo vidurį. Pastarasis panaikintas, jo pietūs tapo Kalvarijos savivaldybe, o šiaurė – Kazlų Rūdos savivaldybe. Kalvarijos savivaldybė taip pat prijungė dalį Vilkaviškio rajono, o Kazlų Rūdos savivaldybė – Šakių rajono.
• Grigiškės atskirtos nuo Trakų rajono ir prijungtos prie Vilniaus miesto.
• Suformuotos seniūnijos.

• Įstatymas, tiksliai apibrėžiantis savivaldybių pokyčius