Masių spektrometrija (MS) – analitinis metodas, kuriuo matuojamas įkrautos dalelės masės ir krūvio santykis.^[1]

Metodas nustato dalelių masę, kad būtų galima sužinoti bandinio arba molekulės cheminę struktūrą, pvz., baltymo. Tipinė MS procedūra:

1. Bandinys yra pakraunamas ant MS prietaiso ir yra garinamas.
2. Bandinio dalys yra jonizuojamos kelias metodais (pvz., paveikiant jas elektronų pluoštu, kuris lemia įkrautų dalelių, jonų susidarymą).
3. Jonai analizatoriuje yra atskiriami elektromagnetiniais laukais pagal jų masės ir krūvio santykį.
4. Jonai paprastai yra aptinkami kiekybiniu metodu.
5. Joninis signalas yra perdirbamas į masių spektrą.

MS prietaisai yra sudaryti iš 3 modulių:

• Jonų šaltinis, kuris gali paversti dujų fazės mėginio molekules į jonus.
• Masių analizatorius, kuris rikiuoja jonus pagal jų mases panaudodamas elektromagnetinius laukus.
• Detektorius, kuris matuoja indikatoriaus kiekybinę vertę ir tai teikia informaciją skaičiuojant kiekvieno jono gausą nežinomoje medžiagoje.

Pirmasis masių spektrometro panaudojimas analizuojant aminorūgštis ir baltymus buvo paskelbtas 1958 m.^[2]