다음은 중화민국 해군의 조직 구조이다.

• 해군사령
• 해군부사령
• 참모장
• 부참모장
• 사관감독장

• 政治作戰室 정치작전실
• 督察長室 감찰장실
• 人事軍務處 인사군무처
• 軍事情報處 군사정보처
• 戰備訓練處 전비훈련처
• 後勤處 후근처(군수)
• 計畫處 계획처
• 戰鬥系統處 전투계통처
• 主計處 주계처

• 海軍艦隊指揮部 해군함대지휘부
• 陸戰隊指揮部 육전대지휘부
• 海軍教育訓練暨準則發展指揮部 해군교육훈련준칙발전지휘부
• 海軍保修指揮部 해군보수지휘부
• 중화민국 해군항공대

• 함대
  • 第一二四艦隊 제124함대
  • 第一三一艦隊 제131함대
  • 第一四六艦隊 제146함대
  • 第一五一艦隊 제151함대
  • 第一六八艦隊 제168함대
  • 第一九二艦隊 제192함대
• 전대
  • 第二五六戰隊 제256전대
  • 第二六一戰隊 제261전대
• 지휘부
  • 海軍海洋監偵指揮部 해군해양감정지휘부 (감시 정탐)
  • 金門基地指揮部 진먼 기지지휘부
  • 馬祖基地指揮部 마쭈 기지지휘부
  • 東引基地指揮部 둥인 기지지휘부
• 대대
  • 海軍反潛航空大隊 해군반잠항공대대
  • 海軍海鋒大隊 해군해봉대대
  • 海上戰術偵蒐大隊 해상전술정수대대 (정찰 및 수렵(사냥)))

• 陸戰六六旅 제66육전여단
• 陸戰九九旅 제99육전여단
• 防空警衛群 방공경위군
• 烏坵守備大隊 우추 수비대대
• 兩棲偵搜大隊 양서정찰대대
• 登陸戰車大隊 등륙전차대대
• 戰鬥支援大隊 전투지원대대
• 三軍聯合作戰訓練基地指揮部 3군연합자전훈련기지지휘부

• 海軍技術學校 해군기술학교
• 海軍新兵訓練中心 해군신병훈련소
• 海軍陸戰隊學校 해군육전대 학교
• 海軍陸戰隊新兵訓練中心 해군육전대 신병훈련소

• 地區後勤指揮部 지구후근지휘부
• 戰鬥系統工廠 전투계총공창
• 補給總庫 보급총고

• 海軍軍官學校해군군관학교
• 造船發展中心조함발촉소
• 通信系統指揮部 통신계총지휘부
• 大氣海洋局 대기해양국
• 勤務大隊 근무대대
• 國軍南區人才招募中心 국군남구인재소집원

• 중화민국 육군의 부대 목록
• 중화민국 공군의 부대 목록

v t e 중화민국 해군
해군사령부 사령 부사령 참모장
부대	도목원항훈련지대(중국어판) 해군군관학교 조함발전센터 통신계총지휘부 대기해양국 국군남구인재모집센터 함대지휘부 124함대 131함대 146함대 등륙:151함대 168함대 192함대 256전대 대대 대잠:반잠항공 대함:해봉 해상전술정수 지휘부 해양감정 기지지휘부 진먼 마쭈 둥인 육전대지휘부 육전 66여단 육전 99여단 방공경위군 우추 수비대대 양서정찰대대 등륙전차대대 전투지원대대 3군연합작전훈련기지지휘부 교육훈련 및 준칙발전지휘부 해군기술학교 해군육전대 학교 신병훈련소 해군 해군육전대 해군보수지휘부 후근지원지휘부 쭤잉 쑤아오 지룽 마쭈 전투계총공창 보급총고
역사	중국항일전쟁 제2차 국공 내전 9.2해전 둥산 해전 우추 해전 대만해협위기
목록	부대 함정 장비
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